（壹）黑色裂变
《黑色裂变》主要写秦国由弱变强的崛起历史，并穿插回顾秦早期历史与六国历史；中心事件是商鞅变法，中心人物是商鞅、秦孝公与战国初期的一批伟人名士。截止于车裂商鞅；以旧贵族复辟势力抬头、秦国命运重新陷入危机为结构悬念。
（贰）国命纵横
是秦国东出与六国纵横争雄史。以商地民众按古老习俗厚葬商君为序幕，秦惠王重新与变法势力结盟，铁腕镇压旧贵族叛乱，并整肃朝局，破格起用忠实于新法的年轻官吏，形成了生机勃勃的新一代权力，全力准备东出中原。神秘的鬼谷子门下又有两位刚学成的新一代名士出山，苏秦、张仪的名字已经悄悄传到了秦国的公府。
（叁）金戈铁马
以秦军东进，雒阳周天子君臣惊慌迎接为序幕。连续展开两场冲突：一为秦军东进开道的宜阳之战，千夫长白起崭露头角；二为秦武王进军雒阳，举鼎暴死。白起奉秦武王遗诏，率一千铁骑从阴山北上秘密进入燕国，克难克险，设计迎回在燕国做人质的少年王子稷；甘茂与魏冉、白起等将士结盟，合力粉碎公子离的夺位政变，拥立公子稷（秦昭王）继位；燕国主政大臣乐毅说服燕昭王结好秦国，送回公子稷生母芈八子（宣太后）；芈八子拨乱反正廓清朝局，破格起用族弟魏冉为丞相，亲自摄政稳定秦国。
（肆）阳谋春秋
大秦帝国第四部以蔡泽入秦路遇相学名家唐举预言命运拉开序幕，是秦国连续度过三次交接危机的惊险低谷史。
（伍）铁血文明
本部自吕不韦"千金易字"而始，于秦始皇崩于沙丘而终，描述了秦朝最为璀璨的短暂几十年历史。整部分为四大阶段。第一阶段整肃军政，超拔新锐，一大批年轻将领与主政大臣形成新生代势力，同时大力建设秦国腹地的水利工程郑国渠，使秦川成天府之国;第二阶段展开统一中国的连绵大战，展开六国逐一灭亡的故事;第三阶段 ，统一架构华夏文明体系，发动彻底驱赶匈奴的阴山大战，建立万里长城与其他大型工程;第四阶段秦始皇勤政巡视天下，积劳成疾而依赖方士奇术救治，第六次巡视时突然病重，死于巡狩途中(沙丘)。
（陆）帝国烽烟
秦始皇骤然客死沙丘拉开序幕，赵高、胡亥密谋政变，总领国政的功勋丞相李斯被利诱挟持加入密谋，终使人才济济久经锤炼的秦帝国最高层权力发生巨大分裂。