治平二年（1065）正月，苏轼返京，与父亲和弟弟一家团聚。旋奉诏命，差判登闻鼓院。
这登闻鼓院是谏官组织中的一个单位，隶属于司谏和正言，掌管收受官民投递的章奏表疏，不论是说朝政得失、公私利害，还是理雪冤滥等，皆许到鼓院来击鼓进状，如为告密或检举官吏，并许密封呈进。吏民如有冤屈，都可借此申告，是北宋政制中一个很好的制度。
英宗皇帝自在藩邸，久已习闻苏轼的文名，是时，便欲循唐朝的先例，特命召入翰林，知制诰。
宰相韩琦以为不可，对曰：“轼之才，远大器也，他日自当为天下用。要在朝廷培养之，使天下之士，莫不畏慕降伏，皆欲朝廷进用，然后取而用之，则人人无复异辞矣。今骤用之，则天下之士，未必以为然，适足以累之也。”
英宗说：“且与修注，如何？”
琦对曰：“记注与制诰为邻，未可遽授。不若于馆阁中近上贴职与之，且请召试。”
英宗说：“未知其能否，则试之。如轼，有不能耶？”
韩琦仍然坚持苏轼年少资浅，未经试用，不可骤与侍从之职，最后决定依照一般通例，召试学士院，且与馆职。
殿陛间这番讨论的言语，不免外传，欧阳修还怕执政官中有与韩琦不睦者（暗指曾公亮），借此挑拨是非，所以特地向苏轼解说，苏轼道：“韩公所以于某之意，乃古之所谓君子爱人以德者。”[〔宋〕李廌：《师友谈记》。]对于韩琦此举，倒是后来的史论家有很多批评，以为韩琦号为名相，但面对杰出异能的人才，仍计寻常尺寸，不能破格擢用，认为他太官僚化了。
二月，召试学士院。试两篇论文，题一为《孔子从先进论》，一为《春秋定天下之邪正论》，轼复以最高分的“三等”入选，于治平三年（1066）二月乙酉，得以殿中丞直史馆。
宋设三馆——集贤院、史馆与昭文馆，掌管校雠典籍，管理图书等事。馆职首重文才，故试论文，一经入选，便为名流，其职位高者为修撰，次为直馆，再次为校理，卑者曰校勘、检讨等。苏轼作《夜值秘阁呈王敏甫》诗，一时也颇有些许富贵气象：
蓬瀛宫阙隔埃氛，帝乐天香似许闻。
瓦弄寒晖鸳卧月，楼生晴霭凤盘云。
共谁交臂论今古，只有闲心对此君（藏书）。
大隐本来无境界，北山猿鹤谩移文。
苏轼既已回京供职，老父得人随侍，闲居南园已历三年的苏辙便开始活动，三月得为大名府推官。
但至五月二十八日，苏轼忽又逢丧妻之痛。夫人王弗时仅二十七岁，只有一个儿子，还不满七岁。他俩的婚姻生活只有十年，而这十年里面，正是丈夫出外求取功名，家庭残破，离合无常的艰难时期。她在家侍奉翁姑，勤俭谨肃，声闻戚党；到随夫游宦凤翔，深知她的丈夫缺乏社会经验，生性又大而化之，她就专心注意他在外面的每日行事，细心观察与丈夫交往的朋友，以她精明的头脑，帮他辨析人情事理，及时谏诤，避免上当。
王弗夫人的谨言慎行，正是苏轼所最缺乏的修养。她的精明干练，使苏轼对她产生很多依赖，隐然做了丈夫的护身神，而今一旦丧逝，怎不令他痛恸。
父亲也嘱咐儿子道：媳妇从你于艰难，将来，你必须要将她葬在其姑之侧。这在当时的家族观念里，是一种崇尚与敬爱的表征。所以苏轼作《亡妻王氏墓志铭》说：“君得从先夫人于九泉，余不能。呜呼哀哉！余永无所依怙。君虽没，其有与为妇，何伤乎？呜呼哀哉！”
苏轼对夫人王弗的敬爱，也永远不衰。后十年，熙宁八年（1075）的正月二十日，他在密州梦见夫人，犹是凄切难遣，作《江城子》词：
十年生死两茫茫。不思量，自难忘。千里孤坟，无处话凄凉。纵使相逢应不识，尘满面，鬓如霜。
夜来幽梦忽还乡。小轩窗，正梳妆。相顾无言，惟有泪千行。料得年年肠断处，明月夜，短松冈。
六月初六，殡王夫人于京城之西，后来运柩回籍，葬于翁姑茔墓之西北八步。
这些年来，苏氏的家运实在不好，死亡相继，骨肉凋零，苏洵《极乐院造六菩萨记》说：“自长女之夭，不四五年而丁母夫人之忧。……其后五年，而丧兄希白（苏澹），又一年而长子（景先）死，又四年而幼姊亡，又五年而次女卒。至于丁亥之岁，先君（父苏序）去世，又六年而失其幼女（嫁程之才之八娘），服未既，而有长姊之丧。悲忧惨怆之气，郁积而未散。”越四年，轼、辙兄弟又丁程太夫人之忧，所谓“三十年之间，而骨肉之亲零落无几”，这也是促使老苏誓去远游四方的一个重要原因。
然而，曾不几年，丧母之后，苏轼又悼妻亡。距妻亡十一个月，治平三年（1066）之四月，老父忽又疾革，二十五日逝世，享年五十八岁。苏洵所编礼书，甫经脱稿，由欧阳修领衔，与礼官李柬之、宋敏求、陈绎、李育、姚辟、苏洵等联名奏上，尚未得报；而私撰《易传》，亦未完稿。临终前，苏洵遗嘱两件大事：“未完成的《易传》，希望他们两兄弟续写成书；兄澹（希白）过世得早，子孙未立，要他们照顾；妹嫁杜氏，死而未葬，要轼负责葬事。”苏轼涕泣受命。后于熙宁元年遵遗命为这个杜氏姑母茔葬于眉山，又当他官可荫补亲族时，奏请荫补大伯父（苏澹）的曾孙苏彭，都决定于这个时候。
苏洵逝世事，奏闻于朝，英宗诏赐银一百两，绢一百匹。苏轼辞赐银绢，为父求赐官爵。六月九日诰赠光禄寺丞，同时特饬有司备具船只，载送灵柩归蜀。
韩琦、欧阳修各致厚赙，均辞不受。
据欧阳修所撰墓志，苏洵的著述有《文集》二十卷、《谥法》三卷、又《易传》未成。另见于其他著录者则有《洪范图论》《皇祐谥录》（《宋史·艺文志》）及《批点孟子》二卷。
六月，兄弟扶护父亲的灵榇和王弗夫人柩，一舟两棺，自汴入淮，溯江而上。
至江陵，初识他夙所敬佩、风骨嶙嶙的刘挚，其时他为江陵府的观察推官；在途中又与史馆的同事李师中相遇，其时师中方欲出守凤翔，赴任中山。
兄弟护丧还乡，遵礼在家守制。治平四年八月，合葬父母于武阳（彭山）县安镇（蟆颐）山之老翁泉；同时葬王弗夫人于其侧。
家居无事，苏轼在整理旧书中，发现父亲疏写数纸祖父（苏序）的事迹，似乎是想要写篇行状而并未完稿的残篇，于是决定代他父亲了此心愿，撰《苏廷评行状》。然后又将这篇行状抄录副本，写了信托人携交曾巩，求撰墓碣书。《曾南丰集》有《赠职方员外郎苏君墓志铭》，即是轼所求文。
居丧期间，听了许多道家的神秘故事，也看了不少名画，他的族兄僧惟简从成都来看他，以苏辙所得的河朔兰亭拓本交他带回寺去刻石，并为作跋。苏轼在凤翔所购得的四扇吴道子画四菩萨真迹的门板，这次也带回家来，就代他父亲施舍给惟简的庙中，要惟简造一大阁，专藏此画，且绘苏洵像于其上，以为永念。造这大阁预算需钱百万，苏轼认捐二十分之一。[本集：《四菩萨阁记》。]
熙宁元年（1068）七月除丧。十月，苏轼续娶王弗夫人的堂妹王闰之为继室。闰之夫人字季璋，青神县王介（君锡）的幼女，其弟王箴（元直）于苏轼前次母丧归乡时，两人尝同坐在庄门前吃瓜子炒豆者，现在则已长大，时从苏轼问学。
十二月，轼、辙兄弟再度携同家属还京，将乡中祖坟的修护照看，田宅的出纳经纪，亲戚家的酬酢等事，委托了老邻居而又总角之交的杨五哥（济甫），如遇大事，则要堂兄子安做主。
同乡的父执辈王淮奇（庆源）、蔡褒（子华）、杨宗文（君素）来送行，蔡褒在他纱縠行的老宅中为种荔树一棵，说待荔树长大，望能见他回来。
但是苏轼此去，过了二十二年，他还在杭州任上，不能还乡，《寄蔡子华》诗，无限惆怅：
故人送我东来时，手栽荔子待我归。
荔子已丹吾发白，犹作江南未归客。
