御史台勘状奏上后，十月十五日奉御批：“见勘治苏轼公事，应内外文武官曾与苏轼交往，以文字讥讪政事者，该取会问验看若干人，闻奏。”
但是，在此同一日，因太皇太后患病，肆赦天下的诏令也发表了，假如不问死罪，苏轼至少已无生命之忧，大家松了一口气。而中书省复奏：该案内收受苏轼有讥讽文字，不申缴入司者，计有王巩等二十九人；承受无讥讽文字者，计有章传、苏舜举等四十七人。
十一月三十日结案，御史台具状申奏，神宗派遣发运三司度支副使陈睦赴狱录问。
杭州有王复秀才，世代业医，家在候潮门外，大门前有两棵桧木，枝叶繁茂，数百年的古树，苏轼在杭时，为王复赋此诗。群小于勘状外后又搜获得此，先于台狱里，问过苏轼：“蛰龙有无讥讽？”
轼回答得非常巧妙：“王安石诗：天下苍生待霖雨，不知龙向此中蟠。此龙是也。”
狱吏就不敢往下再问。[〔宋〕叶梦得：《石林诗话》。]
这时候，李定、舒亶辈功败垂成，非常着急，只有再想办法激怒神宗，要把他搞到大逆不道的死罪，就不入赦免之列。于是就想用双桧诗这条新证据，由右相王珪（禹玉）于进见皇上时，忽言：“苏轼于陛下确有不臣之意。”
神宗改容道：“卿何以知之？”
王珪就举出轼作双桧诗内，有“根到九泉无曲处，此心惟有蛰龙知”句为证，对曰：“陛下飞龙在天，轼以为不知己，而求知于地下之蛰龙，非不臣而何？”
神宗道：“诗人之词，安可如此论。彼自咏桧，何预朕事。”
章惇在旁，接口疏解道：“龙者，非独人君，人臣俱可以言龙也。”
神宗也说：“自古称龙者多矣，如荀氏八龙，孔明卧龙，岂人君也。”
王珪语塞，退朝后，章惇诘问王珪道：“相公乃欲覆人家族吗？”
珪曰：“这是舒亶说的。”
章惇气愤得大嚷道：“舒亶的口水也可以吃的吗！”[〔宋〕胡仔：《苕溪渔隐丛话》。]
即此之故，苏轼非常感激章惇，后在黄州致章子厚书，有曰：“一旦有患难，无复相哀者，子厚平居遗我药石。及困急，又有以救恤之，真与世俗异矣。”即是指此。
王珪，字禹玉，四川华阳人，一向盘踞在翰林院里，受知于英宗，掌内外制者十五年，为诗文好用金玉锦绣字样，时人讥之为“至宝丹”[〔宋〕王直方：《王直方诗话》。]，而他自以为文章独步天下，不料后起的苏轼，文名掩盖了他的光彩，非常嫉视，一定不能让他出头。
政治上，他只是一个庸俗的官僚，只要高官厚禄。王安石势盛时，他就竭力逢迎他，传说有这样一个笑话：
一日，珪与安石同侍朝，有一只大虱子从安石的襦头上，爬到须上去了，皇上看到，笑了一笑，安石并不知道。
退朝后，王珪指以告安石，安石命侍从来捉它，珪说：“不可轻去，辄献一言，以颂虱之功。”
“如何？”安石问，珪应声曰：“屡游相须，曾经御览。”[〔宋〕彭乘：《墨客挥犀》。]
现在，安石退休了，他所推荐自代的吴充却事事要与他为异，所以依附王安石的这一辈丧家之犬，就群归王相国之门，他也利用他们，增进自己的政治地位，原是非常自然的情势。
诏派陈睦复审，录问无异，罪名是以文字谤讪朝政及中外臣僚，该处徒刑二年，案在大赦期中，应蒙恩赦。
这个结论，使李定、舒亶等大为着慌，于是李定再进言道：
轼起于草野，垢贱之余，朝廷待以郎官、馆职，不为不厚。所宜忠信正直，思所以报上之恩。而乃怨未显用，肆意纵言，讥讽时政。自熙宁以来，陛下所造法度，悉以为非。古之议令者，犹有死而无赦。况轼所著文字，讪上惑众，岂徒议令之比？轼之奸慝，今已具服，不屏之远方则乱俗，再使之从政则坏法。乞特行废绝，以释天下之惑。
御史舒亶则已迹近疯狂，不但认为牵连入案的王诜、王巩都罪不容诛，甚至因收受讥讽文字，不申入司的张方平、司马光、范镇等也都该杀头，其言曰：
驸马都尉王诜，收受轼讥讽朝政文字及遗轼钱物，并与王巩往还，漏泄禁中语。窃以轼之怨望，诋讪君父，盖虽行路，犹所讳闻。而诜恬闻轼言，不以上报，既乃阴通货赂，密与燕游。至若巩者，向连逆党，已坐废停（定国曾被牵入赵世居谋叛案，被追两官勒停）。诜于此时，同罣论议，而不自省惧，尚相关通。按诜受国厚恩，列在近戚，而朋比匪人，志趣如此，原情议罪，实不容诛，乞不以赦论。
又言：
收受轼讥讽朝政文字人，除王诜、王巩、李清臣外，张方平而下凡二十二人，如盛侨、周邠辈，固无足论。乃若方平、司马光、范镇、钱藻、陈襄、曾巩、孙觉、李常、刘攽、刘挚等，盖皆略能诵说先王之言，辱在公卿士大夫之列，而陛下所当以君臣之义望之者，所怀如此，顾可置而不诛乎？
神宗不失为一个颇有理性的人主，对于舒亶这番狂言，极抱反感，置之不理。不过，他自来听多了毁谤苏轼的话，心中不能无疑，但他相信凡人做了错事，心里总有愧疚，不免恐惧，这种内心的罪恶感，亦必将有焦躁不安、言行失常的形迹流露于外，若能一切坦然，即是问心无愧之人。他又想，一个喜欢谤讪他人的人，身陷狱中，必多怨言，所以到了这件案狱必须决定处分时，神宗就秘密派遣一个小黄门去狱中察看苏轼的动静。
这件事太戏剧化了，不容易使人相信，但《春渚纪闻》的作者何薳是根据他的父亲何去非亲耳闻于苏轼的记述，而去非又是宋代杰出的兵学家，是苏轼谈兵的好朋友，去非撰《备论》一书，也由苏轼具状进呈朝廷，这父子二人都不是编造故事的人，似乎可以信有其事。
据何去非说，元祐中苏轼出知杭州，邀去非与刘景文（景文也是武官）同游西湖，亲聆苏轼对景文道：“某今日余生，皆裕陵（神宗）之赐。”景文问其故，轼续言道：“某被逮系御史狱，审理毕，案已奏上。这一晚上，夜鼓打后，某方就寝，忽见一人排闼而入，投箧于地，就席地枕箧而卧，到了四更时分，某熟睡中，被人摇醒，他连声道：‘贺喜学士，贺喜学士！’我转侧间，问是怎么，他说：‘安心熟寝就好。’此人即匆匆挈箧而出。后来我才知道，狱案结奏后，舒亶这帮人还在皇上面前竭力攻讦，非欲置之死地不可，而皇上却并无深罪之意，秘密派遣一个小黄门来，察看某起居情状，适某熟睡，鼻息如雷，他就以所见驰报皇上，皇上顾谓左右道：‘朕知苏轼胸中无事者。’”[〔宋〕何薳：《春渚纪闻》。]
于是，神宗就自禁中特遣冯宗道赴御史台覆按本案，归报后，即行定谳。所为处分是：
一、苏轼责授检校尚书、水部员外郎充黄州团练副使，本州安置，不得签书公事。令御史台差人转押前去。
二、绛州团练使、驸马都尉王诜，追两官，勒停（勒令停职）。
三、著作佐郎、签书应天府判官苏辙，监筠州盐酒税务。
四、正字王巩监宾州盐酒务，令开封府差人押出京城，督促赴任。
五、收受有讥讽文字而不申缴官司者，二十二人，各罚铜有差（宋制，犯罪官员可纳铜赎罪）：计张方平、李清臣各罚铜三十斤；司马光、范镇、钱藻、陈襄、刘攽、李常、孙觉、曾巩、王汾、刘挚、黄庭坚、戚秉道、吴琯、盛侨、王安上、周邠、杜子方、颜复、陈珪、钱世雄，各罚铜二十斤。
六、收受无讥讽文字者，不罪。
苏轼于八月十八日入狱，至十二月二十九日出狱，历时四个月又十二日。
据南宋诗人周必大说：元丰己未东坡所供诗案，南宋时已经有印本行世，题为《乌台诗案》。原供真迹，在靖康之变时台吏随驾携至扬州，张全真时为御史中丞，南渡后，取而藏之于家。
全真死，其子乞张丞相德远撰写墓志，割其半赠与德远为润笔。全真家余存的一半，周必大曾借来观看，全部都是苏轼亲笔所写，凡有涂改，皆一一画押于下，而每页纸幅上端，都盖有御史台的大印，是正式的公文档卷。[〔宋〕周必大：《二老堂诗话》。]
历时千年，此一档卷真迹，当然早已泯灭，即印本的《乌台诗案》，亦不易得见[《乌台诗案》有“函海本”（宋朋九万撰）及“学海类编本”（宋周紫芝撰）。]，而施（元之）注苏诗，逐一系于诗下注中，可以寻绎，但是宋人喜欢穿凿附会，其间杂说甚多，不见得都是真实。
不过，此案本身，原是基于曲解和罗织，故入人罪，所以如何取证，如何判断等，也就并不重要了。
元祐时，苏轼为避谤乞外，状奏平生，溯述此事的前因后果，则非常鲜明平实，引以为结。
……昔先帝召臣上殿，访问古今，敕臣今后遇事即言。其后臣屡议事，未蒙施行，乃复作为诗文，寓物托讽，庶几流传上达，感悟圣意。而李定、舒亶、何正臣三人，因此言臣诽谤，然犹有近似者，以讽谏为诽谤也。
臣得罪下狱，定等选差悍吏皇甫遵（遵通僎）如捕寇贼。即与妻子诀别，留书与弟辙，处置后事，自期必死。过扬子江，便欲自投江中，而吏卒监守不果。到狱即欲不食求死，而先帝遣使就狱，有所约敕，故狱吏不敢别加非横。臣知先帝无意杀臣，故复留残喘，得至今日。
