孔孟之道战胜了诸子百家的理论，从汉朝开始，就成为统治全国的指导思想。时代愈是往前发展，统治者对它的依赖程度也愈大。到10世纪以后，也就是唐宋两代，中国经历了一次巨大的变化：经济的重心，由华北旱田地带移至华中和华南的水田地带。随之产生的显著后果，则是内部的复杂性相继增加。官僚阶层过去为豪门大族所垄断，至此改变而为与绅士阶层相表里。军队中的将领逐渐失去了左右政治的力量，文官政治确立为统治帝国的原则。这种多方的改变，使集权的中央政府不得不创立新的哲学理论，以维系社会上成千成万的优秀分子，即读书的土人。这些土人就是绅士阶层，和以前的门阀士族比较，人数多，流动性大，生活面和知识面也远为广阔。以此，儒家单独的伦理性格已经不能完全适应时代的需要，而必须掺和理智上的新因素，才能适应于新的环境。
针对这种需要，很多学者不断把孔孟的著述加以新的注释，而把这些注释综合调和以构成一种思想系统的，则是宋代的大儒朱直。他是孔孟以后儒家学派中最有影响的思想家，死后被尊为贤人。他对儒家经典的论述具有权威性，他的《四书集注入是明朝、清朝两代士人规定的教科书，也是科举考试的标准答案。
他的治学方法被称为“理智化”、“客观”、“归纳法”，有时甚至被认为有“科学”的根据。未亮对过去的历史和哲学著作熟读深思，进行整理。他的结论是，历史上各个朝代的盛衰兴亡，以及宇宙中的各种自然现象，都有共通的原则，而且彼此印证。其学说的基础，乃是宇宙和人间的各种事物都由“气”构成，通过“理”的不同形式而成为不同的“物”。这所谓“物”，包括具体的事物如日月星辰，也包括抽象的伦理如孝梯忠信。这种把具体和抽象混为一谈的方法，是中国思想家的传统习惯，也合于他们一无论的宇宙观。因为他们认为，一个人看到一件事物，这种事物就不是孤立的，不可能与环境隔离。他们着重于事物的功能。一件事物具有特性，就是因为它和其他事物发生了关系。白色的东西有白色的特质，是因为有光线的反射，见于人眼。这也就是说，凡“物”皆有动作，光线的反射见于人眼是一种动作，为人忠孝也是一种动作。运用这样的观点，未竟把雷霆和鞭炮看成相似之物，因为两者都是“郁积之气”企图发散。
孔子的仁，孟子的性善论，乃至中国社会传统的组织和习惯，都被朱熹视为“天理”。但是人可能违反天理，因为各人秉气不同，有清有浊。如果浊气抬头，天理就被“人欲”所取代。补救的办法是“格物”，也就是接受事物和观察、研究事物。他说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”通过格物，可以使人发现天理。
事实上，朱熹所使用的方法并不是归纳法，也很难说得上科学性。用类比以说明主题，是战国时代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其实人性与水性并没有联系，所谓相似，不过是存在于孟子的主观之中。朱熹的格物，在方法上也与之相同。在很多场合之下，他假借现实的形态以描写一种抽象的观念。他认为一草一木都包涵了“理”，因此他所格的“物”包括自然界。在他看来，传统的社会习惯，乃是人的天赋性格。但是他在作出结论时，却总是用自然界之“理”去支持孔孟伦理之“理”。这也就是以类似之处代替逻辑。
对未合的思想系统，可以从不同的角度批判。其中重要的一个方面是，假如人之愚顽不肖，如他所说在于气浊，则这种生理性的缺点就应当采取机械性的方式补救，例如着眼于遗传，或者如道家的注重吐纳。然而朱莲反对这样的办法。他认为这些气浊的人应该接受教育，经过不断的努力，才可能接近真理。这样一来，朱熹之一个全体的、有组织的宇宙，已成问题，即伦理之理有别于物理之理。
大凡高度的概括，总带有想象的成分。尤其是在现代科学尚未发达的时代，哲学家不可能说明宇宙就是这样，而只能假定宇宙就是这样。在这一点上，朱熹和其他哲学家并无区别。既然如此，他所使用的方法就是一种浪费。他的植物，要求别人接触植物、地质、历史和地理等各个学科，但目的不在这些学科的本身上追求真理。因为对任何问题，他的结论已作出于观察之先，而且作出这些结论的也不是他自己，而是孔子和孟子。既然如此，人们就不能不产生疑问：这种博学多闻是否有确切的需要，也就是说，朱景的成就，是否能和他付出的精力相当？
朱熹治学的方法可谓“支离”。避免这样支离，另有捷径。此即以每一个人自己的心理，作为结构宇宙的工具，而所谓心理，即包括视觉和听觉，也包括直觉和灵感。宇宙的自然法则和社会的伦理道德合为一体，很难获得实证，但在心理上却可以不言自明。宇宙的伟大与完美，无须有赖分析，就可以在个人的心理上引起合群为善的精神，从而自然而然地领悟到社会道德的真谛。其最高境界，可以使人摆脱日常生活的忧虑，心灵上达到澄澈超然。持这种看法的人，常说“将发未发之际”也就是杂念冰消、情绪宁静之际，此时视觉、听觉、触觉还没有全部开动，而是凭个人的直觉可以领会到宇宙间一种无可形容的美感。
以这种方法治学是为“心学”，和朱熹的“理学”相对。心学派反对理学派累赘的格物致知，提倡直接追求心理的“自然自在”；理学派则认为心学派也大有可以非议之处：宇宙的真实性如果存在于人的心中，任何人都可以由于心的开闭而承认或者拒绝这一真实性。这样，世间的真理就失去了客观的价值，儒家所提倡的宇宙的一元化和道家的“道”、释家的“无’电很难再有区别。一个人可以用参梯的方式寻求顿悟，顿悟之后，所获得澄澈超然的乐趣仅止于一身，而对社会的道德伦理则不再负有责任。耿定理的终身不士就是一例。再则，儒家的经典一贯是土大夫行动的标准和议论的根据，而心学一经风行，各人以直觉为主宰，全部经典就可以弃置不顾。李蛰全凭个人的直觉和见解解释经典又是一例。
如果知识分子放弃了正统的儒家观念，则王朝的安全会立即受到威胁。知识分子在政治上是政府中的各级官员，在经济上是中等以上的地主，因而也是这个社会的真正主人。而正统的儒家观念又是维系他们的纽带，除此而外，再无别的因素足以使他们相聚一堂，和衷共济。所以李蛰在晚年被捕入狱，虽然也被指控为行为不检，但审判官在审讯的时候对此并不斤斤计筑所注意的乃是他“惑世诬民”的著作。李蛰本人也早就预感到了这一点。他把他的一部著作题为《焚书人》意思是早晚必将付之一炬；另一部著作题为《藏书人》意思是有干时议，必须藏之名山，等待适当的时机再行传播。
李蛰与耿定向决裂以后，随即公布了他写给耿定向的函件，指斥他的虚伪。耿定向以眼还眼，如法炮制，也把他写给另一位朋友的信广为抄传，信上说：“昔颜山农（颜钧）于讲学会中忽起就地打滚，曰：“试看我良知！”士友至今传为笑柄。”在这一似乎是漫不经意的开场之后，他跟着就指出，李蛰的种种古怪行为，无非是就地打滚之意，目的在于不受拘检，参会禅机。但是耿定向又不无恶意地提到，李蛰曾经强迫他的幼弟押妓，还提到李蛰有一次率领僧众，跑到一个寡妇的卧室里化缘。在耿定向看来，这些放荡的行为，也是李蛰以良知为主宰，寻求顿悟的方法，与颜山农的就地打滚无异。
李蛰在1587年对这种攻击作出答辩。除了关于寡妇的事件以外，他对自己的不拘形迹毫不掩饰。最值得注意的是他对“就地打滚”的评论。他说，他从来没有听到过这一故事，如果真有这件事，只能证明颜山农确实参透了“良知真趣”。他又说：“世间打滚人何限？日夜无休时。大庭广众之中，渔事权贵人以保一日之荣；暗室屋漏之内，为奴颜婢膝事以幸一时之宠。无人不滚，无时不然，无一刻不打滚。”当一个人真能领悟到打滚的真趣，则另有境界，此即“当打滚时，内不见已，外不见人，无美于中，无丑于外，不背而身不获，行庭而人不见，内外两忘，身心如一。难矣，难矣！”他认为耿定向的耻笑无损于颜山农，“即千笑万笑、百年笑千年笑，山农不理也。何也？佛法原不为庸众说也，原不为不可语上者说也，原不以恐人笑不敢说而止也”。
以上一段公案，可以看作当时心学派反对理学派的一个事例。李蛰与耿定向的个性不同，但是他们之间互相嘲讽侮弄，已经超出了个性的冲突。其中的微妙之处，乃是耿定向并不属于正统的理学派，而是和李蛰同属心学派中的泰州学派。仅仅在攻击李蛰“未信先抗’这个问题上，他的立场近似于理学派。
心学的发展在明代进入高潮。由于王阳明的创造发挥，这种思想已经形成一个完整的系统。王阳明原来也属于朱熹的信徒，据他自己说，他曾经按照朱熹的方法格物，坐在竹子之前冥思苦想。但是格来格去，始终没有格出一个所以然，自己反而为此病倒。这个故事反映了他相信物质之理和道德之理相通，但是他没有接受理学的类比方法。既然此路不通，他就另辟蹊径，最后终于悟出一个道理，即宇宙间各种事物的“有”，完全出于个人心理上的反映，比如花开花落，如果不被人所看见，花就与心“同归于寂”。所谓天理，就是先天存在于各人心中的、最高尚的原则。忠孝是天理，也是心中自然而然产生的观念。
王阳明受过佛家思想的影响，他的宇宙观也属于一无论。他的所谓“良知”，是自然赋予每一个人的不可缺少的力量。它近似于我们常说的良心。但是良知并不能详尽知悉各种事物的形态功用，具有这种知悉作用的是“意念”。良知只是近似于意念的主宰者，可以立即对意念作出是非善恶的评判。他的思想系统中还有一个主要方面，就是对因果关系的重视。在他看来，一件白的物体的白色乃是因，在观察者的心中产生了白色的感觉才是果。这种对因果关系的理解推导出了他的“知行合一”说。他认为，知识是一种决断，必定引起一种行动。一个人见到美色就发生爱慕，闻到臭味就发生厌恶，见和闻是“知”，爱慕和厌恶则为行，前者立即产生后者。所以，在王阳明看来，“致良知”是很简单的，人可以立时而且自然地“致良知”，但是不断地按照良知行事就很困难。这和孔子关于“仁”的学说颇为相似：凡人立志于七就可以得到仁，但是每日每时都不违背仁，即在圣贤也不易做到。
王阳明并没有为真理而真理的倾向。和朱熹一样，他的目的也在于利用他的思想系统，去证实他从小接受的儒家教条，以求经世致用。他的方法较之朱熹更为直接，然而这里也埋伏着危险。如果一个人把王阳明的学说看成一种单纯的方法，施用于孔孟教条之前，就很可能发生耿定向所说的“朱信先横”，以为自己的灵感可以为真理的主宰。其后果，则可以由于各人的个性和背景而趋向于泛神主义、浪漫主义、个人主义、自由主义、实用主义，甚至无政府主义。这也就是王学的危险之所在。它存在着鼓励各人以自己的良心指导行动，而不顾习惯的道德标准这一趋向。1587年，李蛰就走到了这条道路的交叉点。
几个世纪以后，对李蛰的缺点，很少有人指斥为过激，而是被认为缺乏前后一致的完整性。他的学说破坏性强而建设性弱。他没有能创造一种思想体系去代替正统的教条，原因不在于他缺乏决心和能力，而在于当时的社会不具备接受改造的条件。和别的思想家一样，当他发现自己的学说没有付诸实施的可能，他就只好把它美术化或神秘化。
李蛰的学说一半唯物，一半唯心，这在当时儒家的思想家中并非罕见。这种情形的产生，又可以追究到王阳明。
王阳明所使用的方法简单明白，不像来直那样的烦琐累赘。但是在他的体系里，还存在一些关键的问题，例如良知的内涵是什么？良知与意念的关系，是从属还是并行，是调和还是排斥？他应该直接的说良知是一种无法分析的灵感，有如人类为善的可能性属于生命中的奥妙。但是王阳明不如此直截了当。他又含糊地说，良知无善无恶，意念则有善有恶。这些问题，为他的入室弟子王毅作出断然的解答：一个人企图致良知，就应当摈绝意念。理由是，人的肉体和思想，都处于一种流动的状态之下，等于一种幻影，没有绝对的真实性。所以，意念乃是技节性的牵缠，良知则是永恒的、不借外力的存在。良知超越于各种性格，它的存在寓于无形，有如灵魂，既无年龄性别，也无籍贯个性，更不受生老病死的限制。按照王酷的解释，良知已不再是工具而成了目的，这在实际上已经越出了儒家伦理的范围，而跨进了释家神学的领域。李蛰在北京担任和部司务的时候，经常阅读王阳明和王回的书，之后他又两度拜访王回，面聆教益。他对王银备加推崇，自称无岁不读王回之书，亦无岁不谈王殿之学，后来又主持翻刻了王银的《文抄录入》并且为之作序。
按照王前的学说，一个人就理应集中他的意志，放弃或简化物质生活，避免环境的干扰，以达到无善无恶的至高境界。然则一切的真实性既然只存在于心中，则所谓放弃、简化与避免，也无须见诸行动，而只是存在于精神之中。一个人不存在恶念，他就不会见恶闻恶，更彻底地说，就是世界上根本不存在恶。基于这种的立场和信念，李蛰对耿定向的攻击不屑一顾。耿定向说他拥妓，李蛰就承认他确实在麻城“出入于花街柳市之间”。但是这种世俗所认为不对的行为在无善无恶的领域中，不足成为指责的根本。在李蛰看来，他的行为不过是佛家的“游戏三床’，道家的“和光同尘”。他以“无善无恶”作为标帜，硬是不肯认错示弱，另一方面李蛰则并不认为这种自由系每个人都能具有，而只是进入了无善无恶境界的优秀分子的特权。这种优越感，在他的著作中经常流露。
李蛰又有他的另一面。当他说到“穿衣吃饭即是人伦物理”，他又站到了王良这一边。王良是泰州学派的创始人，也是王阳明的信徒。很多历史学家认为，王良把王阳明的学说推广而成为“群众运动”，这可以算得是一种历史的误会。因为在明代社会里，并不存在以哲学领导群众运动的可能；如果存在这种可能，与之相联系的历史因素势必引起剧烈的变化，但事实上毫无这种迹象。然则王良确实在比较广泛的范围里传播了王学，他所说的“百姓日用即道”、“百姓日用条理处，即是圣人之条理处”，又正是王学的发挥。因为王阳明的知行合一说，其宗旨在于知圣人之道，行圣人之志。李蛰虽然渴望自由，然而他不能超然物外，对这样堂皇的旗号无动于衷。因此，以学术的流派而论，他始终被认为属于泰州学派。
在第三位姓王的影响之下，李蛰重视物质，也重视功利。他仍然不断地提到“心”，但是这已经不是就地打滚、无美于中无丑于外的心，而是考虑到日常需要的心。因为自己有所需要，就谁知别人也有同样的需要，这就是孟子所谓“他人有心，予忖度之”。在这些场合中，他的思想已经脱离了形而上学的挂碍，而是以日用常识作为基础。这种态度在他评论历史时尤为明显。
李蛰的历史观大多符合于传统的看法，比如他确认王莽为“篡试盗贼”，指斥张角为“妖贼”。在他看来，历史的治乱，既循环不断，又与“文”“质’相关联。一代人君如果专注于“文”而使之臻于极致，则已经开了祸乱之基；反之，息乱创业之君，则专注于“质”，只求使百姓免于饥寒而不去顾及是否粗析。这种认为文化与生活水平和国家安全不能相容的看法，是中国传统历史的产物，也是官僚政治的特点。李蛰自然无法理解，用中央集权的方式，以为数众多的官僚治理亿万农民，就要求整齐划一、按部就班，不能鼓励特殊分子或特殊成分发展新的技术或创造新的法则。在他所处的时代，文官集团业已丧失了发展技术的可能，也没有对付新的历史问题的能力。社会物质文明（即李蛰所谓“文”）往前发展，而国家的法律和组织机构不能随之而改进，势必发生动乱。受到时代的限制，李蛰认为历史循环之无法避免，乃是命运的安排，几乎带有神秘的力量，所以也不必再白费心力去寻找任何新的解决方案。这样来看，李蛰的唯心论并不彻底，因为他承认了客观的真实性，治乱兴亡并不决定于人的主观，当然更不承认，所谓人心不在，治乱就不成其为治乱这样的理论了。
君主一生事业的成败既为历史循环的后果，李蛰对于历代君主的评论，也只是着重在他们适应时代的识见和气魄。对于“天下之重”的责任，李蛰则认为应该由宰辅大臣来承担。他所期望于大臣的，是他们的执政的功绩而不是道德的言辞。一个奇才卓识的人，在为公众的福利作出贡献的过程中，决不能过于爱惜声名，因而瞻前顾后，拘束了自己的行动。他可以忍辱负重，也可以不择手段以取得事业上的成功。这种舍小节而顾大局的做法被视为正当，其前提是以公众的利益为归依，而在伦理上的解释则是公众道德不同于私人道德，目的纯正则不妨手段不纯。李蛰在这些方面的看法，和欧洲哲学家马基雅弗利（Machiavelli）极其相似。
李蛰重视历史上对财政经济问题有创造性的执政者。他推崇战国的李俚、汉代的桑弘羊、唐代的杨炎，但是对宋代的王安石却缺乏好感。这当然并非因为王安石在道德上遭到非议，而是因为他的才力不逮他的宏愿，“不知富强之术而必欲富强”。与上述的论点相联系，李蛰更为大胆的结论是一个贪官可以为害至小，一个清官却可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞过于拘泥于传统的道德，只是“万年青草”，“可以傲霜雪而不可以任栋梁者”。对于俞大欧和戚继光，李蛰极为倾倒，赞扬说：“此二老者，固嘉、隆间赫赫著闻，而为千百世之人物者也。”在同时代的人物中，他最崇拜张居正，称之为“宰相之杰”，“胆如天六”。张居正死后遭到清算，李蛰感到愤愤不平，写信给周思敬责备他不能主持公道，仗义执言，但求保全声名而有负于张居正对他的知遇。
李蛰和耿定向的冲突，许多当代的哲学史家把原因归之于他们经济地位的不同。李蛰属于地主阶级的下层，所以他对传统有反抗的倾向；耿定向是大地主，所以偏于保守。
这种论点缺乏事实的根据。耿家在黄安确实是有声望的家族，但是李蛰的后半生，却一直依附于这样的家族而得以维持相当优裕的生活。他与耿定向决裂以后，随即投奔麻城周家，依靠周思敏和周思久。这周家作为地主望族，较之耿家毫无逊色，何况两家又是姻家世好。另外还有梅家，其社会地位也与耿、周二家相评。当年麻城（黄安初属麻城，1563年始分治）土人进学中举，几乎为这三家包办。在麻城的时候，李蛰还和梅国恢过从甚密，梅国恢后来为《焚书》写作了序言。在晚年，李蛰又和清运总督刘东星有极深的交往。刘东星为沁水人，不仅自己身居高位，而且把女儿嫁给山西阳城的大族王家，成了户部尚书王国光的姻亲。在盛名之下，甚至连亲藩沈正也对李挚感觉兴趣，邀请他去作客。李蛰托言严冬不便就道，辞谢未赴。他的最后一位居停为马经纶。此人官居御史，家住通州，发财富有。他特意为李整修造了一所“假年别馆”，并且拨出果园菜圃和另一块土地，雇人耕种，以收入作为其客居的供应之资。在李蛰的朋辈之中，惟有焦坡家道清贫，但却无妨于这一家在上层社会中的地位。总之，李蛰所交往的人都属于社会的上层，而且是这个阶层中的优秀分子。
李蛰本人的著作以及有关他的传记资料，从来没有表示出他有参加任何群众运动的痕迹或者企图。他对于工业农业的技术改进和商业的经营管理都毫无兴趣。他的所谓“吃饭穿衣即是人伦物理”，不过是要求高级的官僚以其实际的政绩使百姓受惠，而不是去高谈虚伪的道德，崇尚烦琐的礼仪。但这并不表示李蛰自己有意于实践，而只能表示他是一个提倡实践的理论家。至于他对女性的看法，也常常被后人误解。他不承认女性的天赋低劣，在他看来，历史上有一些特殊的女性甚至比男人还要能干，比如他就屡次称颂武则天为“好后”。但是赞扬有成就的女性，并不等于提倡男女平权，宣传妇女解放。一个明显的证据是李蛰对寡妇的守节，其褒扬仍然不遗余力。
