各地整风运动的发展是不平衡的。中共中央认为在高级干部整风学习的同时，普遍整风要继续开展下去。一九四三年四月十三日，中共中央发布《关于继续开展整风运动的决定》，明确规定继续开展普遍的整风运动的任务主要是两项：一是纠正干部中的非无产阶级思想，二是肃清党内暗藏的反革命分子。
为了实现前一项任务，毛泽东强调：“自由主义是目前党内斗争中的主要不良倾向，在整风中必须克服此种倾向，才能达到彻底整风之目的”。因为：“整风是一个伟大的党的思想斗争，实行此种斗争的武器就是自我批评。有自由主义偏向的人则不愿拿起这个武器，尤其是许多中级与高级干部害怕自我批评，这种现象必须在此次整风中着重地纠正过来。”①为了搞好整风运动，毛泽东提出注意领导方法的极端重要性。他指出，一九四二年的整风，凡是取得成绩的，都是采用了一般号召和个别指导相结合、领导骨干和广大群众相结合的方法。“从群众中集中起来又到群众中坚持下去，以形成正确的领导意见，这是基本的领导方法。”“我党一切领导同志必须随时拿马克思主义的科学的领导方法去同主观主义的和官僚主义的领导方法相对立，而以前者去克服后者。”②
后一项任务，也就是审查干部的工作，是在王实味问题等发生后提出来的。毛泽东认为：“整风是思想上的清党，审干是组织上的清党。”中共中央决定由中央总学委负责领导这项工作，日常事务由康生主持。为了加强对审干工作的领导，中央还成立了反内奸斗争委员会，由刘少奇任主任，康生、彭真、高岗为副主任。
在当时十分复杂的社会政治环境下，在各种敌对势力千方百计对中国共产党和根据地进行渗透和破坏的情况下，对干部队伍进行一次认真的审查是完全必要的，通过这项工作可以清除特务，纯洁革命队伍。鉴于以往的经验教训，毛泽东向有关负责工作人员强调：“我们过去在肃反中有很沉痛的教训。我们这次无论如何不要搞逼供信，要调查研究，要重证据。”③七月二日，毛泽东写信给康生，要求把他阐述防奸工作的两条路线的一段话刊载在《防奸经验》第六期上。毛泽东写的这段话是：“防奸工作的两条路线。正确路线是：‘首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众。’错误路线是：‘逼，供，信。’我们应该执行正确路线，反对错误路线。”但是，在实际工作中，由于过分严重地估计了敌情，由于抗日根据地处于同外界隔绝的状况，对干部的历史状况的调查研究十分困难，在这方面所花的力气不多，出现了严重的偏差，一个时期搞得“特务如麻”。七月十五日，康生在中央直属机关大会上作了危言耸听的《抢救失足者》的报告后，更出现相当普遍地大搞“逼供信”的过火斗争，使整风运动中的审干工作变成了抢救失足者运动，单在延安地区十几天内就骇人听闻地揪出所谓特务分子一千四百多人④，造成大批冤假错案，使审干工作大大偏离了正确的轨道。
中央党校副校长彭真和中央社会部副部长李克农看到问题的严重性，向毛泽东作了报告。毛泽东听完后说：我看是扩大化了。我们要很快纠正这一种错误做法。我们的政策是一个不杀，大部不抓。这些同志的问题是会搞清楚的，现在可不能随便作结论。我们如果给哪一个同志作错了结论，那就会害人一辈子。现在作错了我们要给人家平反，给受害的同志道歉。要彻底纠正这种“左”倾扩大化的错误。⑤他后来总结审干工作的教训时指出，发生错误的原因主要是两条：一条是缺乏调查研究；一条是没有区别对待。
在康生作了《抢救失足者》的报告以后一个月，八月十五日，中共中央作出《关于审查干部的决定》，以中央文件正式公布毛泽东提出的“首长负责，自己动手，领导骨干与广大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众”的审干工作九条方针。⑥这九条方针的正式下达起了重要的作用。参加过延安整风的邓力群回忆说：“我们这些负责审查干部工作的，搞了逼供信，被审查的不愿也不能交待政治问题，双方的关系很紧张。正是这个时候，中央下达了毛主席的《九条方针》，它解放了被审查者，也唤醒了审查者，使我们从自己的亲身经验中，认识了主观主义的极大危险性。”⑦十月，毛泽东在绥德反奸大会材料上的批语中，又提出“一个不杀大部不抓，是此次反特务斗争中必须坚持的政策”。
这年年底，延安审查干部的工作转入甄别阶段。一九四四年一月，毛泽东在书记处会议上总结时，指出一种已经出现的严重倾向：过去延安重视知识分子，不重视工农分子；“抢救运动”以来，又走到完全不相信知识分子。现在应估计大多数知识分子是好的。⑧他要求对搞错的同志“均应平反，取消特务帽子，而按其情况作出适当结论”。⑨“在反特务斗争中要注意保护知识分子”。
为了防止延安审干工作中的错误在其他地区再发生，毛泽东还要求各地做到：灵活地运用坦白运动，不要机械地搬用延安各机关的经验；要正确地估计敌人的力量，不要把一切从敌占区及国统区来的学生、知识分子、军人、文化人、技术工作人员等都看成是特务分子，不可将一切敌后或大后方的党组织或“左”倾革命团体，都看成是红旗政策的特务组织；要教育干部注重调查研究，不要轻信口供，要在干部和群众中深刻地广泛地进行反对逼供信的教育，要懂得逼供信的绝大害处；坚持一个不杀、大部不捉的原则。⑩这些意见对各地审干运动健康发展有重要指导意义。
对延安审干工作中出现的偏差，毛泽东主动承担了责任，并不断总结教训。他多次向受到错误伤害的同志“脱帽鞠躬”，“赔礼道歉”。一九四四年五月，他在中央党校讲话时说：整风中的一些问题，是则是，非则非，搞错了的，摘下帽子，赔个不是。说到这里，他向大家行礼赔不是。同年十月，他再次在中央党校讲话，说：去年“抢救运动”，搞了十几天，我们马上就使它停止了。“抢救运动”的基本错误是缺乏调查研究和缺乏分别对待这两点。一九四五年二月，他又一次在中央党校讲话，说：在审干中，“整个延安犯了许多错误，谁负责？我负责，因为发号施令是我。别的地方搞错了谁负责？也是我，发号施令的也是我。”“我是党校的校长，党校也搞错了，如果在座有这样的同志，我赔一个不是，因为搞错了。”⑾毛泽东的自我批评，化解了许多人心中的怨愤，重新实现了同志之间不存芥蒂的团结。
整风运动的一个重要内容是反对主观主义，但在审查干部工作中却出现了由于主观主义而造成的大量冤假错案，这是不应该发生的错误。但由于中共中央和毛泽东发现并纠正了这个错误，它在延安整风中只是一个支流。
当整风运动按照毛泽东的部署向前发展的时候，传来了共产国际解散的消息。这件事也有利于正确解决中共党内高层领导的问题。
中国共产党自从在党的二大决定加入共产国际后，作为它的一个支部，不仅思想上受到共产国际很大影响，组织上也得受到它的一定约束。共产国际对中国革命做过许多有益的工作，也做过不少错误的决定。中国共产党在处理各种政治上以至组织上的重大问题时，常常不能不考虑到共产国际的态度这个因素，尽管在后期共产国际对中国共产党的干预已经越来越少了。
一九四三年五月二十日，季米特洛夫致电毛泽东，通报关于共产国际主席团将于二十二日宣布解散共产国际一事。当翻译师哲将国际来电送给他时，毛泽东兴奋地说：“他们做得对，我就主张不要这个机构”。⑿二十一日，毛泽东主持中央政治局会议，讨论国际来电。会议决定：先由毛泽东复电季米特洛夫，表示赞成共产国际主席团的提议；待共产国际公开宣布主席团的这一提议后，中共中央再作正式决定。二十六日，中共中央收到苏联《真理报》发表的共产国际执委会主席团《关于提议解散共产国际的决定》后，立即召开政治局会议，一致通过《中国共产党中央委员会关于共产国际执委会主席团提议解散共产国际的决定》。
当天晚上，中央书记处召开延安干部大会。毛泽东在大会上讲话。他首先充分肯定了共产国际在它存在的整个历史时期中，在帮助各国组成真正革命的工人政党上，在组织反法西斯战争的伟大事业上，特别是在帮助中国革命事业上，有巨大功劳。接着指出，但是现在共产国际这个革命的组织形式，已经不适合斗争的需要了，如果还继续保存这个组织形式，便反而会妨碍各国革命的发展。现在需要的是加强各国民族共产党，而无需这个国际的领导中心了。他强调：共产国际的解散，不是为了减弱各国共产党，而是为了加强各国共产党，使各国共产党更加民族化，这就增加了我们的责任心。⒀共产国际的解散，更便利了中国党能够独立自主地按照中国的实际情况去处理中国革命问题。
共产国际的解散，也打破了国共两党之间保持了两年的相对平静状态。国民党顽固派错误地估计了形势，趁机发动新的反共高潮。他们一面以共产国际解散为借口，制造舆论，要求解散中国共产党，取消边区，另一面调集二十多个师的兵力，准备向边区发动突然袭击，形势十分严峻。
毛泽东从西安八路军办事处得到准确的情报后，立即做出紧急部署：“以宣传对付他们的反共宣传，以军事对付他们的军事进攻。”⒁他从晋西北调兵力保卫边区；在延安召开三万余人的群众大会，紧急动员全边区人民积极做好武装自卫反击的准备，由大会发出呼吁团结、反对内战的通电。同时，他又指示重庆、西安等地的八路军办事处把蒋介石、胡宗南准备进攻边区的消息向外界广为传布，并亲自为《解放日报》撰写社论《质问国民党》，呼吁爱国的国民党人行动起来，“制止这个内战危机”。
由于中共中央和毛泽东采取正确的斗争方针并作出周密的部署，揭穿了国民党的密谋，取得国内各界的同情，英美等国也对蒋施加了压力，蒋介石不得不改变计划。这场来势汹汹的反共浪潮还没有完全掀起就被打退了。事后，毛泽东致电八路军西安办事处负责人周子健，表扬他们提供的准确情报“帮助中央甚大”。⒂
接着，毛泽东和中共中央乘势在全国范围内发动了一场巨大的宣传攻势，批判蒋介石在这年三月出版的著作《中国之命运》，反对中国的法西斯主义的势力，以消除中国的内战危机。为了反驳蒋介石“没有国民党就没有中国”的宣传，中国共产党先后发表《国共两党抗战成绩的比较》、《共产党抗击的全部伪军概况》的材料，说明中国抗日战争的真实情况。在中国共产党强大的政治攻势面前，九月六日至十三日，国民党召开五届十一中全会，蒋介石在会上不得不表示，中共问题是“一个政治问题，应用政治方法解决”。⒃毛泽东给这个时期的斗争以高度评价，他说：“过去宣传总是不痛不痒，唯独此次打到痛处，故能动员群众压倒反动派气势。”⒄
同时，中国共产党在党内系统地进行了关于国民党统治的本质及如何对待国民党的政策教育，用抗战以来直到眼前的种种具体事实来加以说明。一些原来对国民党抱有幻想的党员，通过这场斗争和党内的政策教育，提高了觉悟。在这些事实面前，经过对照比较，人们对王明所鼓吹并推行的右倾投降主义错误就看得更清楚了。
在这个时期中，王稼祥、刘少奇先后提出“毛泽东思想，便是马克思列宁主义与中国革命运动实际经验相结合的结果”⒅，“应该用毛泽东同志的思想来武装自己”⒆的重要论断，并被党内广大干部所接受。
在这种有利形势下，系统地清算王明的错误路线、统一全党思想的历史条件已经成熟。整风运动按照原定计划转入最后一个阶段——总结党的历史经验时期。
八月三十日，毛泽东在政治局会议上结合蒋介石发动第三次反共高潮的事实指出：国民党的政策是两面政策，抗日和反共，我们对国民党的斗争是以斗争求团结。中央的路线是正确的，王明只要团结不要斗争的路线是错误的。针对王明在一九四一年九月会议以来一直坚持错误，到处宣传中央的路线是错误的，所以毛泽东提议，继续召开政治局会议，讨论抗日时期党的路线问题。⒇
一九四三年九月七日至十月六日，毛泽东主持召开中共中央政治局会议。这次会议是一九四一年九月会议的继续和发展。
从九月七日至九日会议连续开了三天，王明称病没有参加。这三天中，博古、林伯渠、叶剑英、朱德等发了言。他们对抗战以来王明的路线错误开展了严肃的批评，博古又进一步作了自我批评。他说：武汉时期有两条路线，一条是毛泽东为首的党的正确路线——布尔什维克路线；一条是王明在武汉时期的错误路线——孟什维克的新陈独秀主义。这条路线，只看见国民党抗战的一面，忘记了它反动的一面，只看见并夸大它变化的方面，忘记了它不变的方面；对八路军，不敢大胆深入敌后，不敢大胆扩充，华中、华南失去许多机会；对根据地，不建立政权，一切要合国民党的法；对国民党不敢批评；对抗战，强调运动战，忽视游击战，对持久战基本观点是不同意的。(21)针对王明把错误的责任都推给博古，毛泽东在会上插话说：内战时期的错误路线，第一个是王明，第二个是博古。王明是这个路线理论的创造者与支持者，博古等是执行者与发挥者。(22)
在九月十三日的会议上，康生提出：要用历史的方法来检讨王明的投降主义错误，这就是不能孤立地看他抗战时期的问题，而要联系十年内战时期王明主义的来源。他说：过去我们说，“左”的路线应从一九三一年九月二十日决议起，现在看来要重新考虑，因为王明是在四中全会之前就有一个从中国革命根本问题起的比立三“左”的机会主义纲领——《为中共更加布尔什维克化而斗争》的小册子。一九四0年，他不经中央同意，又将这本书印发到延安及各抗日根据地。康生要求在武汉工作过的同志应当对这些情况多多揭发。康生提出的王明的小册子这个问题，受到毛泽东的重视。毛泽东在会议的最后一天说：“九月的会是有收获的，以前许多同志未注意的问题引起了注意，如王明《为中共更加布尔什维克化而斗争》一书。”“现在康生、少奇、恩来等议论，四中全会是错误的，此事大家可以研究。”(23)
在九月十三日的会上，毛泽东也发了言，他指出：从四中全会后，党内有两个宗派，一个是教条主义的宗派，一个是经验主义的宗派。“教条主义是主观主义的第一个形态，经验主义是主观主义的第二个形态。反掉这两个具体东西，党才能够真正的统一。”他说：“教条主义宗派，其思想是主观主义，政治上是投降主义，组织上是宗派主义。”他着重强调：“两种宗派主义，教条主义是主要的”，“所以破坏整个宗派主义，首先应从破坏教条宗派开始。”(24)他的这个发言，对党的历史上许多问题作了深刻的分析，提出教条主义和经验主义是主观主义在党内的两种具体形态是正确的，但其中有一些过激的话，他自己不久作了纠正。如两个宗派的问题，在扩大的六届七中全会上，肯定了毛泽东的提议：“在党的历史上曾经存在过教条宗派和经验宗派，但自遵义会议以来，经过各种变化，作为政治纲领与组织形态的这两个宗派，现在已经不存在了。”
