事件发生后，罗瑞卿将黄克功逮捕入狱，并将案情报告给毛泽东。毛泽东立即赶到抗大研究处理意见，他神色严肃地说：
“我们正从全国各地吸收大批知识青年来延安学习，黄克功的行为有极大的破坏作用，一定要审判处决，严肃法纪。”
边区高等法院根据毛泽东的意见，成立了以雷经天为审判长的审判庭，审理此案。在审判庭调查审理此案期间，国统区的国民党喉舌《中央日报》将这个案件作为“桃色事件”大肆渲染，攻击和污蔑边区政府“封建割据”、“无法无天”、“蹂躏人权”。这些叫嚣一时混淆了视听，引起了部分不明真相人士的猜疑和不满。延安各界及广大军民也是群情激愤，舆论纷纷。
9月6日，陕北苏维埃政府正式宣布改称为陕甘宁边区政府，拒绝国民党方面派遣任何人参与。由林伯渠、张国焘、秦邦宪、董必武、徐特立、谢觉哉、郭洪涛、马明方、高岗9人组成边区政府主席团，以林伯渠为主席，张国焘为副主席。
国民政府承认划出陕西省的延安、安塞、保安、安定、延长、延川、旬邑、淳化、定边、靖边、甘泉、富县、米脂、绥德、佳县（旧称葭县）、清涧、吴堡，甘肃省的庆阳、合水、环县、镇原、宁县、正宁，宁夏的盐池、神府、关中部分地区，一共有25个县市，归陕甘宁边区政府直接管辖，并为八路军之募补区。
9月7日，周恩来、彭德怀、林彪、聂荣臻、徐向前、萧克等赶往代县太和岭口阎锡山行营指挥部，与阎锡山会谈。阎锡山正在部署大同会战，见客人到来，满面春风，热烈欢迎。周恩来等根据毛泽东9月4日关于“整个华北战线酝酿着极大危机，利用红军新到壮其气，而改变其做法，是一极好时机”等一系列重要指示，与阎锡山在友好的气氛中，就八路军进入山西后的活动地区、作战原则、指挥关系、补充计划，以及平型关、雁门关的防御等问题进行会谈。双方商定：
（一）八路军进入山西后以太行山脉及太行山北端为根据地，进行独立自主的游击运动战；（二）在第二战区行营的直接指挥下，成立有共产党、八路军代表参加领导的各级战地总动员委员会，发动民众，组织游击战争，其工作纲领由中共拟出；（三）八路军在山西境内只发动群众，不干涉县政；（四）国民政府给红军补充的物品，二战区兵站帮助运输。
阎锡山还向中共中央代表扼要介绍了大同会战预案，征求周恩来等人的意见，并建议周恩来等去大同见见傅作义。
是日晚，周恩来一行到达大同，同傅作义谈了两三个小时。傅作义表示拥护共产党的统一战线主张，坚决抗战，服从阎锡山的统一调度。
9月7日晚，毛泽东撰写了短小精悍影响深远的《反对自由主义》一文，全文如次：
我们主张积极的思想斗争，因为它是达到党内和革命团体内的团结使之利于战斗的武器。每个共产党员和革命分子，应该拿起这个武器。但是自由主义取消思想斗争，主张无原则的和平，结果是腐朽庸俗的作风发生，使党和革命团体的某些组织和某些个人在政治上腐化起来。
自由主义有各种表现。因为是熟人、同乡、同学、知心朋友、亲爱者、老同事、老部下，明知不对，也不同他们作原则上的争论，任其下去，求得和平和亲热。或者轻描淡写地说一顿，不做彻底解决，保持一团和气。结果是有害于团体，也有害于个人。这是第1种。
不负责任的背后批评，不是积极地向组织建议。当面不说，背后乱说；开会不说，会后乱说；心目中没有集体生活的原则，只有自由放任。这是第2种。
事不关己，高高挂起；明知不对，少说为佳；明哲保身，但求无过。这是第3种。
命令不服从，个人意见第一。只要组织照顾，不要组织纪律。这是第4种。
不是为了团结，为了进步，为了把事情弄好，向不正确的意见斗争和争论，而是个人攻击，闹意气，泄私愤，图报复。这是第5种。
听了不正确的议论也不争辩，甚至听了反革命分子的话也不报告，泰然处之，行若无事。这是第6种。
见群众不宣传，不鼓动，不演说，不调查，不询问，不关心其痛痒，漠然处之，忘记了自己是一个共产党员，把一个共产党员混同于一个普通的老百姓。这是第7种。
见损害群众利益的行为不愤恨，不劝告，不制止，不解释，听之任之。这是第8种。
办事不认真，无一定计划，无一定方向，敷衍了事，得过且过，做一天和尚撞一天钟。这是第9种。
自以为对革命有功，摆老资格，大事做不来，小事又不做，工作随便，学习松懈。这是第10种。
自己错了，也已经懂得，又不想改正，自己对自己采取自由主义。这是第11种。
还可以举出一些。主要的有这11种。所有这些，都是自由主义的表现。
革命的集体组织中的自由主义是十分有害的。它是一种腐蚀剂，使团结涣散，关系松懈，工作消极，意见分歧。它使革命队伍失掉严密的组织和纪律，政策不能贯彻到底，党的组织和党所领导的群众发生隔离。这是一种严重的恶劣倾向。
自由主义的来源，在于小资产阶级的自私自利性，以个人利益放在第一位，革命利益放在第二位，因此产生思想上、政治上、组织上的自由主义。
自由主义者以抽象的教条看待马克思主义的原则。他们赞成马克思主义，但是不准备实行之，或不准备完全实行之，不准备拿马克思主义代替自己的自由主义。这些人，马克思主义是有的，自由主义也是有的：说的是马克思主义，行的是自由主义；对人是马克思主义，对己是自由主义。两样货色齐备，各有各的用处。这是一部分人的思想方法。
自由主义是机会主义的一种表现，是和马克思主义根本冲突的。它是消极的东西，客观上起着援助敌人的作用，因此敌人是欢迎我们内部保存自由主义的。自由主义的性质如此，革命队伍中不应该保留它的地位。
我们要用马克思主义的积极精神，克服消极的自由主义。一个共产党员，应该是襟怀坦白，忠实，积极，以革命利益为第一生命，以个人利益服从革命利益；无论何时何地，坚持正确的原则，同一切不正确的思想和行为作不疲倦的斗争，用以巩固党的集体生活，巩固党和群众的联系；关心党和群众比关心个人为重，关心他人比关心自己为重。这样才算得一个共产党员。
一切忠诚、坦白、积极、正直的共产党员团结起来，反对一部分人的自由主义的倾向，使他们改变到正确的方面来。这是思想战线的任务之一。
9月8日，毛泽东致电八路军太原办事处主任彭雪枫等，说明西北战地服务团动身时间和行程，要求办事处派人携通行证到吉县迎接。
9月10日，张闻天、毛泽东联名致电林伯渠，全文如下：
伯渠：
请告罗汉我们对托派分子的下列原则：
甲、我们不拒绝同过去犯过错误而现在真心悔悟，愿意抗日的人联合，而且竭诚欢迎他们的转变。
乙、在陈独秀等托派分子能够实现下列3条件时，我们亦愿与之联合抗日：一、公开放弃并坚决反对托派全部理论与行动，并公开声明同托派组织脱离关系，承认自己过去加入托派的错误。二、公开表示拥护抗日民族统一战线政策。三、在实际行动中，表示这种拥护的诚意。
丙、至于其他关系，则在上述3条件实现之后，可以再行考虑。
洛 毛
9月10日这一天，驻西安办事处的林伯渠致电毛泽东说，根据湘鄂赣边区游击队在武汉的谈判代表刘玉堂、黄耀南的电报和书信报告得知，他们在与国民党谈判改编问题时，已经允许国民党提出的由武汉行营在红军游击队改编的“抗日军第1 游击支队”中安插副司令、参谋长、副官主任、军需主任、副官等6 人，且防区有一部分与保安团混驻一地。
毛泽东当即复电林伯渠说：
“湘鄂赣在武汉的谈判，根本错误，请兄不待董（指董必武——笔者注）到即行通知在汉代表停止谈判。董老已在中部途中。请董老到鄂后，立令湘鄂赣代表回去，由傅秋涛（湘鄂赣省委和军区主要负责人，抗日军第1 游击支队司令员——笔者注）换任新代表，否认旧谈判一切不利条件，重新提出有利条件。董老到后，坚持下列原则：1、部队包办，国民党不得插一个人。2、一定防区，此防区背山地，有险可守，不与国民党军队及民团混杂，不争移驻大地方。3、一定的足够的饷款。4、对鄂豫皖边区谈判原则同上。”
后来，湘鄂赣省委在董必武指导下，按照毛泽东的指示纠正了谈判中出现的失误，对国民党军派来的人，或用下层群众反对的办法予以驱逐，或将其束之高阁般地孤立起来，或用其它办法迫其辞职，最后使他们全部离开了游击支队。
9月11日，国民政府军事委员会将八路军的番号又改为第十八集团军，总指挥部改为总司令部，正、副总指挥改为正、副总司令。
9月12日，毛泽东致电彭德怀，嘱咐他“在晋在冀在京，均着重解释我军‘独立自主的山地游击战争’这个基本原则”；并强调说：
“这一方针的基本原则包含：（一）依照情况使用兵力的自由。（二）红军有发动群众创造根据地组织义勇军之自由，地方政权与邻近友军不得干涉。（三）南京只能作战略规定，红军有执行此战略之一切自由。（四）坚持依傍山地与不打硬仗的原则。”
9月16日，毛泽东复电给正在率领八路军总部东渡黄河的朱德、任弼时，他说：
“我3个师已无集中晋东北一处之可能，更无此必要。”“拟以115师位于晋东北，以五台为活动中心，暂时在灵丘、涞源，不利时逐渐南移，改以太行山脉为活动地区。以120师位于晋西北，以管涔山脉及吕梁山脉之北部为活动地区。以129师位于晋南以太岳山脉为活动地区。”
9月16日，日军一部从山西天镇南下广灵，关东军由蔚县西进。阎锡山拟集中14个团与敌决战，并希望八路军115师参加作战。毛泽东在给林彪等人的电报中写道：
林彪同志并告朱、任、贺、关、聂、雪枫：
（甲）据彭雪枫称，日寇某军自天镇向广灵，关东军自蔚县急进，晋阎拟集中14个团与敌决战，希望我百十五师参加作战等语。
（乙）我军应坚持既定方针用游击战斗配合友军作战，此方针在京与蒋何决定，周彭又在晋与阎当面决定，基本不应动摇此方针。
（丙）请你将当前情况及如何配合友军作战之意见即电告，尔后即时电告。
（丁）115师现到何处？
毛 16日
林彪复电毛泽东说：
“想以陈光的第343旅集中相机给敌以打击，暂时不分散。”
9月17日，日军沿平汉、同蒲西路，向国民党华北防线的恒山支点合围。毛泽东决定改变八路军原来的部署。他在给朱德、彭德怀的电文中说：根据华北日军大迂回进攻的形势，恒山山脉必为敌军夺取冀察晋3省的战略中枢，敌军向这里出动主力，阎锡山指挥的各军已失锐气，节节败退。
他还说：
“红军此时是支队性质，不起决战的决定作用。但如部署得当，能起在华北（主要在山西）支持游击战争的决定作用。”因此，八路军全部在恒山山脉创造游击根据地的计划，已不适用。“此时如依原计划执行，将全部处于敌之战略大迂回中，即使第二步撤向太行山脉，亦在其大迂回中（设想敌占太原之情况下），将完全陷入被动地位。”
“依上述情况及判断，为战略上展开于机动地位，即展开于敌之翼侧，钳制敌军进攻太原与继续南下，援助晋绥军使之不过于损失力量，为真正进行独立自主的山地游击战，为广泛发动群众，组织义勇军，创建游击根据地，支持华北游击战争，并为壮大红军本身起见，”拟变更原定部署，采取如下之战略部署：“我二方面军应集结于太原以北之忻县待命，准备在取得阎之同意下，转至晋西北管涔山脉地区活动。”129师于适当时机进至以吕梁山脉为依托的晋西南地区；115师即进入恒山山脉南段，并准备逐渐南移，展开于太行、太岳两山脉中。
9月18日，毛泽东致电朱德、任弼时说：恒山山脉是第一战区与第二战区接合部，敌主力必从此进。林彪师现已当了正面，处于完全的被动地位，贺龙师决不能再用此方，应速向晋西北转进。
9月19日，毛泽东在回复贺龙、关向应并告朱、彭、任的电报中说：
“19日电悉，你师集中忻县待命转向晋西北活动，候周、彭（雪枫）与阎交涉防地后，听朱、彭（德怀）命令执行。”
接着，他在给彭德怀的电报中强调说：
贺龙率领的120师主力“应速赴晋西北：敌于太原，志在必得，此时部署应远看一步。五台、定襄、盂县地区狭小，敌进太原后，即在其包围中，因此，贺龙师应位于晋西北，处于大同、太原之外冀，向绥远与大同展开游击，方能给进攻太原之敌以相当有效的钳制。所以，贺龙师应速赴晋西北占先着，如叫再去五台则失去战略意义。”
9月20日，第二战区民族革命战争战地总动员委员会在太原成立。这是一个有共产党参与领导的统一战线组织，由国民党爱国将领续范亭任主任委员。共产党方面的委员有4人，他们是：彭雪枫、邓小平、程子华、南汉宸。程子华任人民武装部部长，南汉宸任政治部副部长，另有中共党员武新宇任动员分配部副部长。
