8月27日，八路军参谋长叶剑英向蒋介石转报八路军兵力部署时说：“百团大战除职部之115师主力、山东部队未编入战斗序列外，120师、129师、晋察冀军区各部主力及决死队之请示参战，部署计105个团。这是华北抗战以来空前未有之积极主动向敌进攻。”
8月31日，彭德怀在向部队发布的命令上是这样写的：
贺、关、荣臻、刘、邓诸同志并报毛、朱、王：
此次百团战役胜利中已暴露敌之严重弱点，是兵力不够分配，华北战场上之兵力缺乏，已抽调出去不少，因此引起我们考虑以下问题，彻底毁灭正太路和彻底毁灭全同蒲路之忻县、朔县段，并可引起华北战局某些变化，你们认为可能时请电告并同时准备继续扩大之。
彭德怀
1940年9月1日，中共中央社会部发出《关于锄奸政策与锄奸工作的指示》，《指示》中说：
“不放过一个敌探，不错办一个好人，不放过一个敌人，不制造一个敌人，不放过一个内奸，不冤枉一个同志。”
在初秋的一个上午，延安马列学院的党总支书记张启龙、副院长范文澜通知教育处长邓力群、院务处长韩世福、教育干事安平生和宣传干事马洪，要他们去杨家岭接毛泽东到学院作报告。邓力群一行4人刚走上延水河桥头，就和毛泽东相遇了。毛泽东开口问他们：
“你们4个风风火火地要干么子去？”
邓力群答道：
“学院领导派我们来接主席。”
毛泽东笑了笑，说：
“接我？嗯，我晓得了，是怕我忘了今天有报告会吧。你们放心好了，学院给我的任务，那是忘不了的。”
邓力群不好意思地说：
“是要我们来接主席的，我们来晚啦，很不像话。”
毛泽东扬起手摇了摇，说：
“这样做有点不好，一个人作报告要4个人接，要不得！要不得！”
毛泽东故意环视一周，好像很认真的样子，说：
“哦！4个人，轿子呢？你们不是抬轿子来接我呀？下回呀，跟你们领导说，再加4个人，来个8抬大轿，又体面，又威风。要是还有人，再来几个鸣锣开道的，派几个摇旗呐喊的，你们说好不好？”
邓力群4人都笑了，谁也不说话。毛泽东看看他们，也笑了，一个劲地摇手说：
“那才不像话嘛，对不对？皇帝出朝，要乘龙车凤辇；官僚出阁，要坐8抬大轿，前簇后拥，浩浩荡荡摆威风。我们是共产党人，是讲革命的，要革皇帝官僚的命，把旧世界打它个落花流水。我们既要革命，既要和旧的制度决裂，就万万不能沾染官僚习气。从杨家岭到马列学院，十里八里路，二万五千里长征都走过来了，这几步路算不了什么，我又不是不知道路，不要接接送送嘛。我们要养成一种新的风气，延安作风。我们要用延安作风打败西安作风。”
毛泽东这一次在马列学院了解了许多情况，他作了报告后，在和马列学院的负责人分手时说：
“韩愈的《师说》是有真知灼见的，‘生乎吾前，其闻道也，固先乎吾，吾从而师之；生乎吾后，其闻道也，亦先乎吾，吾从而师之。’一路上，你们给我介绍了很好的情况，真是‘亦先乎吾，吾从而师之’，谢谢你们！然而我还要坚持一条原则，再作报告时，不搞接接送送了。”
9月5日，毛泽东给历史学家范文澜写了一封信。
原来在延安新哲学会第一届年会开始后，学术研究的每一场学术报告，毛泽东都要到场，吸取别人的长处，学习自己未精通的学问。他对范文澜讲的中国经学史的演变非常重视，听完报告还要向范文澜索要演讲提纲再读一遍。范文澜在9月初的第3次演讲，毛泽东因病未能参加，便给范文澜写了一封信，他写道：
文澜同志：
提纲读了，十分高兴，倘能写出来，必有大益，因为用马克思主义清算经学这是头一次，因为目前大地主大资产阶级的复古反动十分猖獗，目前思想斗争的第一任务就是反对这种反动。你的历史学工作继续下去，对这一斗争必有大的影响。第3次讲演因病没有听到，不知对康有为、梁启超、章太炎、胡适的错误一面有所批判否？不知涉及廖平、吴虞、叶德辉等人否？越对这些近人有所批判，越能在学术界发生影响。我对历史完全无研究，倘能因你的研究学得一点，深为幸事。
毛泽东
9月10日，百团大战第一阶段作战结束，八路军以一部分作战部队转入休整，准备参加第二阶段作战。
在第一阶段中，八路军的口号是“不留一根铁轨、不留一根枕木、不留一个车站、不留一个碉堡、不留一座桥梁”，“让敌人用脚同我们赛跑”，“让敌人用牛驴搬炮弹、飞机大炮”。八路军每攻克一处，便使用各种办法，如爆破、火烧、搬拆、水淹等，将之彻底破坏。正太路大部被破坏，日军交通完全中断。
9月11日，毛泽东在中共中央政治局会议上谈到百团大战时，告诫大家说：
“不要说是大规模的战役进攻，现在还是游击性的反攻。”
9月11日，毛泽东起草了《中央关于击敌和友的军事行动总方针的指示》，指示中说：
“中央七七宣言与七一宣言决定，我八路军、新四军全部力量在目前加强团结时，应集中其主要注意力打击敌人，应按照华北百团大战役，先向山东及华中组织一次有计划的大规模的进攻行动，在华北则应扩大百团战役的行动，到那些尚未遭受打击的敌人方面去，将以缩小占领区，扩大根据地，打破封锁线，提高战斗力，并在山东、华北方面，继续扩大我军之数量，而给予200万友军，国民党大后方与敌占区内千千万万人民以良好影响，给予敌人向重庆等地进攻计划以延缓作用。”“一切大规模行动，应是更加有计划、有准备的，不应轻率举行。”“对于友军则不论何部，即使是最反动、最顽固者，在目前时期中，在彼等没有向我进攻或进攻已为我击破时，均应采取缓和态度。”
9月13日午后，毛泽东睡觉起来对贺清华说：
“告诉老周，我们到中央医院去看看关向应政委。”
晋西北军区政治委员关向应因长期鞍马劳顿，患上了严重的肺病，不久前才从前线回到延安，住进了中央医院疗养。
周西林开来了汽车，拉着毛泽东向中央医院驰去。中央医院在延安城北一二十里的地方。这个医院位于一座大山上，从下到上，是一排排整齐的诊疗室和病房。关向应的病房在最高一排的窑洞里。
毛泽东下了车，向山上走去。山高坡陡，天气又热，毛泽东和警卫员们吃力地走着，中途休息了两次才来到关向应的病房前。毛泽东轻轻地推开房门，走进病房，正躺在病床上的关向应看到毛泽东来了，便要坐起来。毛泽东赶紧走上前握着他的手，亲切地问道：
“身体好些了吗？”
毛泽东还没有来得及坐下，忽然从门外进来一个小姑娘，穿着洁白的衣服，戴着白帽子，她看到毛泽东，觉得很面熟，可又想不起来是谁，就走到毛泽东面前说：
“同志，对不起，医生说了，病人需要安静，现在不能会客。请你马上出去。”
“啊，对不起，小同志，我不知道医生有这个吩咐。医院的纪律应当遵守，我马上就走。”
毛泽东谦和地微笑着，又对关向应说：
“好吧，你一定要安心养病。”
毛泽东走出病房，转身进了护士办公室，办公室里没有其他人，他就问随身跟来的小护士：
“同志，你叫什么名字？”
小护士回答：
“我姓刘，人家叫我小刘。”
“噢，小刘同志，我有一点事想和你谈谈。”
小刘移过一张凳子，请毛泽东坐下。毛泽东询问了关向应的病情和治疗情况，又询问了医院的工作，询问了医生和护士的生活学习情况，与小刘握手告别。小刘又回到关向应的病房，关向应说：
“小刘，你干的好事，你把他赶走了，你知道他是谁吗？”
“外面站着警卫员，反正是位首长。”小刘理直气壮地说：“不管是谁，我有责任执行大夫的吩咐，不准别人扰乱你的休息。”
“好嘛，”关向应看着小刘的那副脾气，不由得笑了，他说：“那是毛主席！”
“啊！”小刘听说是毛泽东主席，不由得怔住了。
此时，毛泽东正在看望其他伤病员，他走进最北面的一个窑洞，见到了正处于昏迷状态中的老病号肖玉璧。
肖玉璧，陕西省清涧县马家村人，小个子，从小给财东放马为生，1933年4月加入陕甘红军游击大队清涧支队；1939年底调任边区贸易局副局长。
毛泽东看着肖玉璧问身边的医生：
“我们这位老战士患的是什么病？”
医生撩开肖玉璧的被子，指着他肚子上的几处伤疤说：
“他的这种病是由于几处掼穿伤没处理好，造成消化功能弱化，再加上过度劳累和营养不良，致使身体过度虚弱形成的重度昏迷。”
毛泽东关切地问：
“这可好治愈？”
医生说：
“其实非常好治，只要给他吃一个月好饭就行了。”
“营养极度欠缺？”毛泽东非常惊讶：“到了难以维持生命的地步？”
医生点点头。毛泽东心情沉重地说：
“目前我们还很困难，把伙食全部提高做不到啊！”
他再度撩开肖玉璧的被子，看到密布在肖玉璧身上那疙疙瘩瘩的伤疤，总计87处枪伤、刀伤，眼睛渐渐潮湿了。走出窑洞时，他特别叮嘱身边的工作人员，一定要把中央配发给他的每天半斤牛奶的取奶证送来，由院方负责取奶让肖玉璧饮用。
