1897年8月16日，孙文经由加拿大，再次踏上了当年的亡命第一站——横滨。他对此地可算得上熟门熟路了。
起初，孙文是计划重返香港再建革命据点的，毕竟那儿曾是清国领地，又紧邻内陆。谁知线人来报，说是港英当局针对自己下达了长达五年的“禁入令”。他只得退而求其次，选择相对较远的日本。
孙文所乘坐的是自温哥华起航的“Empress Of India”号。耐人寻味的是，伦敦清公使馆的三等书记官曾广铨亦招摇地同孙文上船，并大张旗鼓地在横滨上岸，好似唯恐天下不知一般。
孙文在大英博物馆涉猎群书，在国际法方面倒算得上深谙。他初至横滨，便领上已操着一口流利日语的陈少白同往加贺町警察署，出示伦敦的报刊，以申请日政府的保护。
署长郑重承诺道：“即便孙先生不出面申请，我等也会确保您在日期间万无一失。前年的下关事件，实乃武士道之辱。以至于去年中堂阁下途经我国时，不愿下船登岸。可恨，因少数宵小之辈，我日本民众在国际上颜面尽失。”
见署长对前年中堂遇袭之事如此懊悔，陈少白安慰道：“对过往再做懊恼也无济于事，做好当下便是最好的补偿。”
时日本外务省特派遣宫崎寅蔵、可儿长一、平山周三员间谍至清，专门调查“反清秘密结社”。
其中，风头最盛的当属宫崎滔天（即宫崎寅蔵）[宫崎寅藏（1871—1922年）：日本浪人，别号白浪庵滔天，故一般人都称他为宫崎滔天。]了。宫崎与陈少白颇为熟识，自然从对方口中听说过“反动头目”孙文的大名。
宫崎返日时，恰逢陈少白赴台公办，无人为其引荐孙文，但滔天可不是拘泥于礼节的人。孙文亦从陈少白口中听闻过此人，心中颇期待结识这位豪爽的日本男儿，只是没料到这位滔天的初次造访会是如此唐突。
陈少白所描述的孙文，是反清革命的领导者，是重阳起义中率领同志在枪林弹火下逃出生天的帅才。兴中会创始人孙逸仙的英雄形象已在宫崎心中扎了根。然而，眼前这来开门的男人，睡眼惺忪，肩上胡乱披着皱巴巴的睡衣，不修边幅地挠着被枕头压扁的头发，用一口蹩脚的日语与自己打招呼：“早上好，初次见面，您好您好。”
唔，这就是当世豪杰孙逸仙？——宫崎此时心中的落差，在其后回忆录中更有详细叙述。
两人入座后，开始纸上交谈。孙文的惺忪睡眼愈发明晰，蕴藏已久的热情更如奔流一般喷涌而出。这让宫崎心中的期待死灰复燃：是他！他便是华夏翘首以盼的英雄——孙文！
感慨至深，滔天的眼眶竟然湿润了。这丝毫不掩饰情感的性子，倒与南方熊楠极像。
至于南方那驱逐洋人出境之野望，孙文认为这仅是个起点。“反洋人”与“反清革命”就像是那天平的两端，欲抵达征途的终点“大同”，势必在两者中找寻平衡点。
自西医书院时代起，孙文便开始苦心钻研黑格尔之学说。如今所言之理论，无不思绪整然。尤其在笔谈时，更是条理清晰到极致。
滔天久居清国，“笔谈”于其为家常便饭般频繁了。要谈字迹美型工整，优于孙文之人大有人在，其中更不乏“落笔生花”的举人，但在滔天眼中，都难逃装腔作势之嫌。而眼前的孙文一身睡衣打扮，笔尖起落间，毫无矫揉造作之感。心中所想，寄于笔上，仅此而已。
孙文这一落笔，拉开了两人持续了数十年友谊的帷幕。
而缺席的陈少白，此刻正赶赴台湾收拾局面。重阳起义失败后，“四大寇”之一的杨鹤龄的表弟、兴中会会员杨心如逃赴台湾。那时，逃亡台湾的何止他一人，刚纳入日本辖下的台湾对起义残党而言，无疑是最佳避难地。
清国领土是万万待不得了，随时会有性命之忧。至于香港，针对起义领袖孙文的五年禁入令，也令反清分子对其退避三舍。
反观被割让于日本的台湾，倒成了容得下反清分子招摇过市的乐土。陈少白入台后，即刻便与藏身于永乐町某外国商社的杨心如取得了联系。
依照《媾和条约》[即《马关条约》。]，台湾在住民众皆入籍日本。而条约缔结时，不在岛上的居民，即便是台湾本土民众，也无缘做日本国民了，就算是归乡，也会被视作入台的清国人，换言之便是“华侨”。
这也闹出许多乌龙。例如说，合约签署期间，兄长赴厦门周边办事，弟弟留守家中。兄弟再次团聚时，互相却成了外国人。遑论既非台湾土著，签约时亦不在台湾的杨心如与陈少白，自然是被视作华侨对待。
一方周折，陈少白相继与容祺年、吴文秀、赵满潮等一众残党取得联系，启动兴中会台湾分会后，便起程返日。旅途全程倒也不长，却正巧错过了滔天造访孙文。
横滨诸事毕，孙文便移居东京。宫崎滔天等横滨友人引荐的日本政商界豪强大多聚居在东京。
孙文暂落脚于银座某旅店。与此同时，清廷犹不死心，通过驻日公使馆，要求日政府驱逐孙文出境。
甲午战争后，驻日清公使便由汉军旗人裕庚担任，至今未作更换。孙文前番逃亡日本时，正逢裕庚上任之初，忙碌于战败处理（赔款等），驱逐孙文出境仅为一纸空文，未付诸实施。而如今态势，对孙文而言，真正可畏的不是这类“在明”的要求，而是“在暗”的刺客。
所幸孙文长了教训，再不敢松懈分毫。即便如此，仍有日本同志向宫崎滔天抱怨：“孙文这厮，吃了回亏，看着也没长多少教训！确实，清廷已是强弩之末，但害他之心可分毫未减呀。”
无论是明谋还是暗计，孙文只得硬扛。毕竟日本政界，在处置孙文的问题上，也并非一致保持中立，甚至有观点将孙文视作“筹码”，必要时，随时可以遣返清国。
孙文给自己另取了个日本假名——中山樵。
追溯此名的来源，某日，孙文一行人散步于日比谷公园。孙文发现路边一栋豪宅的门牌为“中山”，忽然好奇，笔谈问滔天道：“‘中山’这个姓氏，在日本算得上稀罕吗？”
“烂大街的姓氏了，比我的姓氏‘宫崎’还常见。这栋宅子的主人是中山侯爵。另外，乞讨窃贼之辈，姓‘中山’的也不在少数。”
“怪哉，孙某觉得这二字颇有眼缘，便用作我的日本姓氏吧。至于名，单名‘樵’便可。不怕诸位笑话，孙某儿时便颇憧憬樵夫这个行当呢。”
顺道一提，一行人中的陈少白久居日本，自然少不得日文名，唤作“服部次郎”。
孙文何曾想到，“中山樵”其名的风头，日后压过了自己其余的一众别名。后世孙文的代号“孙中山”便是引用于此。
此后，孙文在机密信件中多署名为“中山樵”，此名风头愈盛后，才改作其他别名。甲辰年（1904年）之后的机密信件，多以“高野长雄”做署名。此名引用于江户时代，为国事而奔走操劳的日本名医——高野长英。
孙文所主导的改革运动，同时拥有“破坏”与“建设”两面性。其中“破坏”为“推翻清朝”，“建设”为“创立共和”。
他早年便钻研于建国理念，而上述理念孕育于大英博物馆附属图书馆。孙文为其取名为“三民主义”——民族主义、民权主义、民生主义。
实则，直至孙文第二次访日，他的理念仍是混沌的概念。这系统化的“三民”，是其后才渐渐明确的。这段理念混沌的岁月，可以说是孙文的“待机阶段”。
人皆有惰性，孙文亦不例外。这日，他脑中冒出一个念头：这数年下来，着实是倦怠了。是时候歇一歇，过上几日轻悠的田园时光。
身旁的滔天略作思量，取出随身携带的纸笔，写道：“养浩然之气？”其后的问号写得很是显眼。
一旁的陈少白笑着解释道：“宫崎先生这是在邀请逸仙你到他的故乡，熊本县荒尾村去做客呢。”
孙文一愣，急忙托少白问滔天道：“孙文正欲到乡村消遣数日，宫崎兄竟能看透孙文内心所想，莫非有读心术不成？宫崎兄的家乡，孙某自然是一万个愿往。”
于是乎，1897年11月，宫崎滔天领孙、陈二人至自己的故乡熊本县荒尾村做客。在整整十日的度假期间，滔天妻子津智的悉心招待，让二人忘却烦恼。此后每每回忆，总是万分流连。
