１月9日，刘少奇致电毛泽东、朱德、王稼祥，报告说：
“我江南遵令北移被阻，战况激烈，请向国民党严重交涉。”“项、袁、周在紧急关头已离开部队，提议中央明令撤项职，并令小姚在政治上负责，叶在军事上负责，以挽危局。”
毛泽东看到刘少奇的电报，这才知道皖南事变发生了，但具体情况不详，便以他和朱德、王稼祥的名义复电刘少奇说：
“9日电悉。你说项、袁、周已离开部队，我们尚未接到此项消息，他们何时离开的，现到何处，希夷、小姚情形如何，军队情形如何？望即告我们。得叶、项微辰（5日——笔者注）电，他们支（4日——笔者注）夜开动，微晨到太平、泾县间，此后即不明了。”
1月9日晚，叶挺、饶漱石在给刘少奇并转中央的急电中说：
“支持4日夜之自卫战斗，今已濒绝境，干部全部均已准备牺牲。请即斟酌实情，可否由中央或重庆向蒋交涉立即制止向皖进攻，并按照原议保障新四军安全移江北及释放一切被捕军部工作人员。”
１月10日，刘少奇致电毛泽东、朱德、王稼祥，报告说：
“接希夷、小姚9日来电，说项、袁等率小部武装不告而别，行动方向不明。部队受敌包围激战，决定9日晚分批向北突围。他们在何处及情况如何我亦不知，2支队在江南集结，待命行动接应他们，亦不知他们行动。他们应从泾县以北青弋江、宣城向郎溪东进才安全，而先向南行，动到茂林拖了许多天，致受敌包围。”
毛泽东、朱德、王稼祥立即复电刘少奇、陈毅说：
“你们转来叶、姚电悉。叶、姚是完全正确的，望你们就近随时去电帮助他们并加鼓励，惟项英撤职一点，暂不必提。”
1月11日，毛泽东、朱德、王稼祥致电刘少奇并转叶挺、饶漱石并全体同志，电文中说：
“希夷、小姚的领导是完全正确的，望全党全军服从叶、姚指挥，执行北移任务，你们的环境虽困难，但用游击方式保存骨干，达到苏南是可能的。”
1月11日下午，项英、袁国平、周子昆回到石井坑大园村军部。项英问东南局副书记饶漱石：
“我们的事中央知道吗？”
“已经知道了。”
“中央的意思呢？”
饶漱石没有回答，拿了一份电报给他看，电报上说，全党全军服从叶、姚指挥，执行北移任务。项英把电报还给饶漱石，说：
“好吧，既然中央有命令，那你们就负责指挥吧。”
袁国平对叶挺说：
“军长，我向你检讨，我犯了右倾的错误。”
项英说：
“这一切由我负主要责任，如能生还，我将向中央检讨。”
1月12日，中共中央政治局召开会议，通过由毛泽东起草的中央关于新四军由叶挺、饶漱石负责领导的指示电。指示电说：
“中央决定一切军事、政治行动均由叶军长、饶漱石二人总负责，一切行动决心由叶军长下，项英同志随军行动北上。”
接着，毛泽东为中共中央书记处起草了给周恩来、叶剑英的指示电：
“新四军在茂林地区被国民党军队重重包围，有全军覆没之可能，望向国民党提出严重最严重交涉，即日撤围，放我东进北上，并向各方面呼吁，证明国民党有意破裂，促国民党改变方针。”
毛泽东还致电刘少奇、陈毅并转告叶挺、饶漱石说：
“你们当前情况是否许可突围，如有可能，似以突围出去分批东进或北进（指定目标，分作几个支队分道前进，不限时间，以保存实力，达到任务为原则）为有利。望考虑决定为盼。因在重庆交涉恐靠不住，同时应注意与包围部队首长谈判。”
这天晚上，刘少奇、陈毅向中央建议说：为答复蒋介石对我皖南一万人之聚歼计划，“请朱、陈、罗准备包围沈鸿烈，我们准备包围韩德勤，以与国民党交换”。
1月13日，毛泽东、朱德、王稼祥致电刘少奇、陈毅，彭德怀、左权，陈光、罗荣桓，叶挺、项英、饶漱石，周恩来、叶剑英，全文如下：
胡陈，彭左，朱，陈罗，叶衔姚（胡陈转），周叶：
甲、同意胡（指胡服，即刘少奇——笔者注）陈12日电，苏北准备包围韩德勤，山东准备包围沈鸿烈，限电到10天内准备完毕，待命攻击，山东由朱陈罗负责，苏北由胡陈负责，以答复蒋介石对我皖南一万人之聚歼计划。
乙、周叶正在重庆抗议，我们正用朱彭叶项名义发出抗议通电，望叶项电达茂林被围部队，如无法突围应再坚持10天可能有办法。
丙、如皖南部队被蒋介石消灭，我应坚决彻底干净全部消灭韩德勤、沈鸿烈，彻底解决华中问题。
丁、为应付严重事变，华北准备机动部队应加紧。
戊、为应付严重事变，重庆、桂林、西安、洛阳各办事处应即刻准备好对付蒋介石袭击。
己、对皖南事变应公开宣传，对消灭韩沈部署，应绝对秘密。
毛 朱 王 元申
接着，毛泽东以朱德、彭德怀、叶挺、项英的名义，起草了抗议国民党军包围皖南新四军的通电。通电中说：
“我江南新四军军部及部队万人遵令北移，由叶挺等率领行至泾县以南之茂林地区，突被国军7万余人重重包围，自鱼至文，血战7昼夜，死伤惨重，弹尽粮绝。挺等率部遵令北移，并遵顾长官祝同指定路线向苏南转移北上，不意全是诱我聚歼之计。在战斗中据所获包围军消息，此次聚歼计划，蓄谋已久，布置周密，全为乘我不备，诱我入围，其所奉上峰命令有一网打尽生擒叶、项等语。”“我八路军新四军前受日寇之扫荡，后受国军之攻击，奉命移防者则遇聚歼，努力抗战者则被屠杀，是而可忍，孰不可忍？特电奉达，敬恳中央立解皖南大军之包围，开放挺等北上之道路，撤退华中之剿共军，平毁西北之封锁线，停止全国之屠杀，制止黑暗之反动，以挽危局，以全国命。敬恳诸公仗义执言，予以援助。临电悲愤，不尽欲言。”
毛泽东、朱德、王稼祥又致电周恩来、叶剑英说：
“请向当局提出最严重交涉，如不立即解围，我们即刻出兵增助，破裂之责由彼方担负。”
指示电中还嘱令他们立即散发抗议通电。
此后，蒋介石一面诡称：已电告顾祝同查询真相，一面密令国民党部队，切实执行已定的“一网打尽，生擒叶项”的计划。
1月13日下午，国民党军第40师向泾县东流山发动第3次总攻，新四军5团和特务团的阵地相继失守，设在石井大院的军指挥所被冲散，新四军军部秘书、《渔光曲》的作者任光在突围中壮烈牺牲。从东流山后撤的余部，一齐拥向石井坑，原来的建制已经打乱，无法实行统一的指挥，陷于一片混乱之中。
是日晚，军部召开紧急会议，叶挺军长下令，要求大家想办法突围出去，他最后说：
“现在全面突围，走西北角穿过凤村，向铜、繁挺进。集中突围如果不成，就分散突围，三五个人一起都行，过江后到无为会合。明月有缺也有圆，人生有散也有合，留得火种在，不怕不燎原。”
说罢，他亲自率领大家翻过一座大山，向大京王方向退却，第二天拂晓到达大康王。此时，出坑口处已被国民党军108师堵击，封锁了新四军出路。饶漱石主持召开新四军党组织紧急会议，商量对策。参加会议的有叶挺、李一氓、张元寿、钱俊瑞、余立金、王聿先等人。会后，饶漱石对叶挺说：
“你是否可以下山去同国民党军第32集团军总司令上官云相谈判，让在山上的我军指战员能下山回苏北新四军去？”
叶挺说：
“现在谈判是没有条件的。大革命失败后，我离开党已经10年，这是一个惨痛的教训，我是深刻记取的，再也不能有第二次了。”
饶漱石说：
“过去的那些暂时不谈。这一次，是党组织经过慎重研究派你去的，我自应向党中央报告，在座的同志只要有一位能冲出去回到部队，就可以证明是党派你去的。”
叶挺沉思良久，说：
“好吧，如果是党决定派我去的，我就服从。”
叶挺先派了两个参谋拿着他的名片下山联系，结果被国民党军扣留了。
1月14日，毛泽东为中央起草致彭德怀、左权，贺龙、关向应，聂荣臻、彭真，刘伯承、邓小平，吕正操、程子华，朱瑞、陈光、罗荣桓，刘少奇、陈毅，周恩来、叶剑英电，正式宣布：
“中央决定在政治上军事上迅即准备作全面大反攻，救援新四军，粉碎反共高潮。”“除已令苏北、山东迅即准备一切，待命消灭韩德勤、沈鸿烈，同时发出最严重抗议通电，并向蒋介石直接谈判外，我华北各部须遵前令，提前准备机动部队，准备对付最严重事变。”
毛泽东、朱德、王稼祥又致电周恩来、叶剑英说：
“现在不是走何路线问题，而是救死问题，如不停止攻击，即将全军覆灭，请立即要蒋下令停战撤围。”
1月14日下午4时，叶挺带着王聿先、黄炳生、徐冬梅和几个侄子叶育青、叶一舟、叶钦和、叶天流、叶福如，还有两名警卫员和副官、秘书，一行13人下山去和国民党谈判，在鹿角山以西山冲中，被国民党军52师扣押。
