1月18日，毛泽东主持召开中央政治局会议，讨论通过了由他起草的《中央关于皖南事变的指示》和《中共中央发言人对皖南事变的谈话》。会议同时决定：八路军总部不再向蒋介石呈报任何文电。
《中央关于皖南事变的指示》全文如下：
一、皖南新四军军部及主力8000余人于本月4日起，开始遵照党中央向国民党让步的决定，服从蒋介石命令，向江北移动，不料国民党当局早有“聚歼”计划，我军行至泾县之茂林即为国民党军队7个师重重包围，激战7昼夜，全部覆殁。这是抗战以来国共两党间，也是抗日民族统一战线内部空前的严重事变，应该引起全党及全国人民的注意。国民党现已公开宣布新四军叛变，叶挺交军法审判。国民党这一政治步骤，表示他自己已在准备着与我党破裂，这是“七七”抗战以来国民党第一次重大政治变化的表现。
二、国民党这一表现的原因是：第一，亲日派何应钦及西西系陈立夫等经过反共，准备投降的阴谋活动。第二，顽固派头子及英美派代表，由于英美集团与德意日集团间矛盾之扩大与英美拉拢中国之积极，及日本在中国的进攻行动受到了英美的牵制等原因，他们的气焰大为高涨，认为此乃向我党进攻以巩固其统治的有利时机。皖南事变即是三国同盟以来国民党内亲日派、英美派同谋的一连串反共事变的继续发展。
三、皖南事变及国民党的公开处理，在全国人民及全世界公正人士前面，暴露着国民党破坏抗战破坏团结的真面目，暴露着他们的阴险毒辣，没有信义，没有道德，它将使国民党的威信大受损失，同时揭破其关于统一军令政令之宣传的全部虚伪性。因此，皖南事变同时造成了我们在政治上给国民党亲日派、英美派向我们的进攻以有力回击的有利条件。新四军是积极抗日的，北移是服从命令的，现在得着的是被消灭，被宣布为叛变与被交军法审判。一切理由都在我们方面。
四、为了反对国民党的进攻，中央特决定：
（甲）在各抗日根据地内经过刊物，报纸，会议，群众大会，对于国民党亲日派，顽固派同谋歼灭皖南新四军的行动，提出严重抗议，并到处提出下列口号：（子）立刻释放叶军长，释放一切被俘将士，抚恤伤亡，惩办祸首！（丑）立刻停止华中20万大军前进剿共，反对内战，中国人不打中国人，前线国军同八路军新四军团结起来，枪口一致对日！（寅）立刻停止陕甘宁边区周围的碉堡线，把一万万元的碉堡建筑费，用到国防建设上去，用到改善人民生活上去！（卯）取消一党专政，改革政治机构，实行民主政治，召集真正代表民意的国民大会，释放张学良、杨虎城、马寅初以及一切抗日救国的政治犯。保障言论、集会、出版的自由！（辰）坚持抗战，坚持团结，坚持进步，驱逐亲日派头子何应钦、陈立夫！
（乙）在宣传鼓动工作中应无情地揭破国民党当局自抗战以来对人民，对革命分子则肆意压迫与屠杀，对日寇、汉奸则消极应付与宽容，有功者罚，有罪者赏等一切倒行逆施的黑暗的反动的方面，指出只有改革政治机构，实行民主，才能使抗战坚持到最后胜利。
（丙）八路军、新四军在政治上、军事上应充分提高警觉性和作战的充分准备。
（丁）在大后方应经过各种不使党的组织遭受破坏的，侧面的，间接的方式去动员舆论与群众，特别抓住物价高涨去提高人民的不满情绪到要求驱逐亲日派，改组国民政府，实行民主抗日的水平。
《中共中央发言人对皖南事变的谈话》全文如下：
此次惨变，并非偶然，实系亲日派阴谋家及反共顽固派有计划之作品。查自抗战军兴，南方各省红军游击队不久即合编为国民革命军新编第四军。3年余以来，该军转战大江南北，抗御强敌，屡建奇功，不但国人所尽知，亦为环球所共见。此等抗日有功之部队，理应加以爱护。乃当局人员，于大敌当前国难益深之际，未能凛然于民族第一、抗战第一之义，挟其10年反共之成见，对中国共产党所领导之军队，始终视为异已部队，侮辱、虐待、包围、袭击之事，层出不穷，对新四军当无例外。该军在鄂中之李先念支队，被程汝怀等攻击多次；在苏南之陈毅支队，迭受冷欣压迫；在苏北之管文蔚部，则受韩德勤压迫；在皖东之罗炳辉、淮北之彭雪枫部，则受李品仙压迫。该军在平江、在豫西之后方留守人员及受伤官兵，则迭被惨杀，曾发生有名之平江惨案与确山惨案。即该军参谋长张云逸之老妻幼子，亦被拘捕。此皆过去数年之事实，昭昭在入耳目者。近数月来，更变本加厉，苏北、皖东、鄂中各地，大举进攻，名曰剿匪，江淮一带，早已闹得乌烟瘴气。不宁惟是，去年10月19日何应钦、白崇禧以正副总参谋长之名义，致电十八集团军朱彭总副司令及新四军叶项军长，不顾事实，强调所谓军政、军令，勒令新四军、八路军各部限期集中黄河以北。朱彭叶项为顾全大局起见，允将新四军江南部队北移，是以有佳电之答复。至12月底，新四军叶军长等，业将移动部队准备就绪，正欲开动之际，不意国民党各地言论机关，公开宣布该部北移消息，实际上不啻向敌人告密；同时即闻当局已对顾祝同、上官云相下达袭击命令，有“一网打尽生擒叶项”之语。然外表则说已令各部协助通过，决无留难云云。叶军长等以言出负责当局，料可置信，乃于本月4日毅然开动，计新四军军部及部队共约万人。不意甫经开动，即遭袭击，行至泾县、太平间之茂林村地区，即突被52师唐云山、108师戎纪五、79师段茂林、144 师范子英、40师詹忠言、新7师田钟毅、第10师王劲修等7万余人，统受顾祝同、上官云相指挥，分进合击，大举围攻。叶军长等一面仓促应战，且战且走；一面电告当局，质问理由。乃当局在该部被围血战7昼夜中，始终佯称已电顾祝同询问真相，并诡称已令顾氏撤围放行，实则密令各部实行其聚歼计划。至13日，激战已8昼夜，我遵令北移遭遇袭击之新四军，果已弹尽粮绝，全部牺牲，已达当局聚歼之目的矣！至昨17日国民政府军事委员会已正式发出通令，宣布新四军为“叛逆”，并直认将皖南新四军部队歼灭，又谓该军军长叶挺负伤被俘，副军长项英在逃，正缉获中，并宣布取消新四军番号，将叶挺交军法审判等语。一篇堂皇文告，已将其阴谋消灭抗日部队之真面目，赤裸裸的表白于全国人民面前。事有凑巧，正是17这一天，日本同盟社亦从南京发出了一个惊人电讯。该电略谓：“重庆政府严令长江下游江南地区之共产军，于12月26日以前移往江北，第3战区司令长官为使共产军早日移往江北，遂开始在东流附近围攻新四军及共产军各军队，共产军一部已于10日由荻港附近溃退江北。自14日以来，日军各部亦攻击宣城、金坛附近之新四军，‘国民政府’绥靖部队亦协助日军作战”。至此，一幕消灭抗日武装摧残异己力量之大阴谋惨案之真实内容，乃益大白于天下。所谓限期北移者，不过诱我军入围配合聚歼之诡计。所谓军纪国法者，不过于聚歼之后，尚有宣布叛逆交付审判之一套而已。过去高唱军纪森严国法神圣之滥调，不过是摧残异己阴谋杀人之骗词。新四军为抗日部队，北移乃遵令行动，乃竞遭围击聚歼之惨变，军纪何在？国法何存，盖违令者即下令者，毁法者即造法者，实已无置辩之余地。当江南新四军惨被袭击歼灭之际，当局复令汤恩伯、李品仙、李仙洲、王仲廉、韩德勤等共20余万军队，大举进攻江北之新四军，所谓“一网打尽”之计划，固不仅限于江南一隅而已。同时，在西北方面，包围陕甘宁边区者，亦有军队20余万。西安特务机关对八路军办事处除实行封锁压迫外，竟于前数日将办事处挑水夫绑去，逼其回去在水内施放毒药；桂林军警机关则压迫八路军、新四军驻桂林办事处立即撤退。至对全国各地共产党员及进步分子，则早已事先调查名单，又要来一个“一网打尽”，大概快要下手了吧！？从这种种事实看来，过去内战之悲惨局面，又有重演之势，3年半全民抗战之英勇业绩，有中道而废之可能。歼灭皖南新四军之无耻罪行，不过是整个阴谋计划公开暴露之一部分，仅仅是亲日派阴谋家和反共顽固派以内战代抗战，以分裂代团结全部阴谋公开实行之开端。此等为敌张目无法无天之罪行，不仅我们共产党几十万党员，我们八路军新四军数十万将士，绝对不能容忍，即全国军民爱国同胞和全世界主张正义之人士，亦绝对不能坐视。我们呼吁全国一切爱国军民同胞，我们号召全世界同情中华民族解放事业的公正人士，与我们团结一致共同奋斗，以达到下述各项目的：
一、严惩阴谋消灭新四军皖南部队之罪魁祸首。
二、释放所有被俘之新四军将士，保障叶军长等军政干部之生命安全。
三、抚恤新四军皖南部队死伤将士及其家属。
四、停止华中数十万大军之剿共战争。
五、平毁西北之反共封锁线。
六、停止全国各地残杀逮捕共产党员及爱国人士的犯罪举动，释放一切爱国的政治犯。
七、肃清何应钦等一切亲日分子。
八、反对一切破坏抗战、破坏团结之阴谋计划。
九、严整抗日阵容，坚持抗日到底。
我们深信全国各党派及无党派的大多数军民同胞，一定以民族国家命运为重，与我们站在一条战线上，反对少数亲日分子及民族败类，打破他们的内战外和、投降卖国的无耻阴谋。中华民族正处在抗战以来的最严重的危机前面，我们共产党人和全国大多数军民同胞深知在此艰危时局中我们应该担负的责任和应该采取的措置。
1月19日，毛泽东与朱德、王稼祥联名致电彭德怀、刘少奇等，对“皖南事变”后我党应采取的应变措施作了指示：
“在政治上全面揭破蒋之阴谋（但暂时不提蒋名字），惟仍取防御姿态，在坚持抗日反对内战口号下动员群众。在军事上先取防御战，必要时打出去。在组织上拟准备撤销各办事处。”
1月20日，中共中央军委主席毛泽东起草并发布重建新四军军部的命令，全文如下：
中国共产党中央革命军事委员会命令
（1941年1月20日，于延安）
国民革命军新编第四军抗战有功，驰名中外。军长叶挺，领导抗敌，卓著勋劳；此次奉命北移，突被亲日派阴谋袭击，力竭负伤，陷身囹圄。迭据该军第1支队长陈毅、参谋长张云逸等电陈皖南事变经过，愤慨之余，殊深轸念。除对亲日派破坏抗日、袭击人民军队、发动内战之滔天罪行，另有处置外，兹特任命陈毅为国民革命军新编第四军代理军长，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。着陈代军长等悉心整饬该军，团结内部，协和军民，实行三民主义，遵循《总理遗嘱》，巩固并扩大抗日民族统一战线，为保卫民族国家、坚持抗战到底、防止亲日派袭击而奋斗。
接着，毛泽东在致周恩来、彭德怀、刘少奇的电报中写道：
“目前我们在政治上取猛烈攻势，而在军事上暂时还只能取守势，惟须作攻势的积极准备，以便在4个月或6个月后能够有力地转入攻势。在准备时期边区及晋西北方面不作大的军事调动，以免震动。八路人员暂时不发表反蒋言论。”
1月22日，毛泽东发表了由他起草的《中国共产党中央革命军事委员会发言人对新华社记者的谈话》。《谈话》中说：
“此次皖南反共事变，酝酿已久。目前的发展，不过是全国性突然事变的开端而已。自日寇和德意订立三国同盟之后，为急谋解决中日战争，遂积极努力，策动中国内部的变化。其目的，在借中国人的手，镇压中国的抗日运动，巩固日本南进的后方，以便放手南进，配合希特勒进攻英国的行动。中国亲日派首要分子，早已潜伏在国民党党政军各机关中，为数颇多，日夕煽诱。至去年年底，其全部计划乃准备完成。袭击皖南新四军部队和发布1月17日的反动命令，不过是此种计划表面化的开端。最重大的事变，将在今后逐步演出。日寇和亲日派的整个计划为何？即是：
1、用何应钦、白崇禧的名义，发布致朱彭叶项的‘皓’‘齐’两电，以动员舆论；2、在报纸上宣传军纪军令的重要性，以为发动内战的准备；3、消灭皖南的新四军；4、宣布新四军‘叛变’，取消该军番号。以上诸项，均已实现。5、任命汤恩伯、李品仙、王仲廉、韩德勤为华中各路‘剿共’军司令官，以李宗仁为最高总司令，向新四军彭雪枫、张云逸、李先念诸部实行进攻，得手后，再向山东和苏北的八路军新四军进攻，而日军则加以密切的配合。这一步骤，已开始实施。6、寻找借口，宣布八路军‘叛变’，取消八路军番号，通缉朱彭。这一步骤，目前正在准备中。7、取消重庆、西安、桂林等地的八路军办事处，逮捕周恩来、叶剑英、董必武、邓颖超诸人。这一步骤也正开始实施，桂林办事处已被取消。8、封闭《新华日报》；9、进攻陕甘宁边区，夺取延安；10、在重庆和各地大批逮捕抗日人士，镇压抗日运动；11、破坏各省共产党的组织，大批逮捕共产党员；12、日军从华中华南撤退，国民党政府宣布所谓‘收复失地’，同时宣传实行所谓‘荣誉和平’的必要性；13、日军将原驻华中华南的兵力向华北增加，最残酷地进攻八路军，与国民党合作，全部消灭八路军新四军；14、除一刻也不放松对于八路军新四军的进攻之外，在各战场上国民党军队和日军继续去年的休战状态，以便转到完全停战议和的局面；15、国民党政府同日本订立和平条约，加入三国同盟。以上各步，正在积极准备推行中。
以上，就是日本和亲日派整个阴谋计划的大纲。中国共产党中央曾于前年7月7日的宣言上指出：投降是时局最大的危险，反共是投降的准备步骤。在去年7月7日的宣言中则说：“空前的投降危险和空前的抗战困难，已经到来了。”朱彭叶项在去年11月“佳电”中更具体地指出：“国内一部分人士正在策动所谓新的反共高潮，企图为投降肃清道路。……欲以所谓中日联合‘剿共’，结束抗战局面。以内战代抗战，以投降代独立，以分裂代团结，以黑暗代光明。其事至险，其计至毒。道路相告，动魄惊心。时局危机，诚未有如今日之甚者。”故皖南事变及重庆军事委员会1月17日的命令，不过是一系列事变的开始而已。特别是1月17日的命令，包含着严重的政治意义。因为发令者敢于公开发此反革命命令，冒天下之大不韪，必已具有全面破裂和彻底投降的决心。盖中国软弱的大地主大资产阶级的政治代表们，没有后台老板，是一件小事也做不成的，何况如此惊天动地的大事？在目前的时机下，欲改变发令者此种决心似已甚难，非有全国人民的紧急努力和国际外交方面的重大压力，改变决心的事，恐怕是不可能的。故目前全国人民的紧急任务，在于以最大的警惕性，注视事变的发展，准备着对付任何黑暗的反动局面，绝对不能粗心大意。若问中国的前途如何，那是很明显的。日寇和亲日派的计划即使实现，我们中国共产党和中国人民，不但有责任，而且自问有能力，挺身出来收拾时局，决不让日寇和亲日派横行到底。时局不论如何黑暗，不论将来尚须经历何种艰难道路和在此道路上须付何等代价（皖南新四军部队就是代价的一部分），日寇和亲日派总是要失败的。其原因，则是：
一、中国共产党已非1927年那样容易受人欺骗和容易受人摧毁。中国共产党已是一个屹然独立的大政党了。
二、中国其他党派（包括国民党在内）的党员，懔于民族危亡的巨祸，必有很多不愿意投降和内战的。有些虽然一时受了蒙蔽，但时机一到，他们还有觉悟的可能。
三、中国的军队也是一样。他们的反共，大多数是被迫的。
四、全国人民的大多数，不愿当亡国奴。
五、帝国主义战争现时已到发生大变化的前夜，一切依靠帝国主义过活的寄生虫，不论如何蠢动于一时，他们的后台总是靠不住的，一旦树倒猢狲散，全局就改观了。
六、许多国家革命的爆发，只是时间问题，这些国家的革命和中国革命必然互相配合，共同争取胜利。
七、苏联是世界上第一个大力量，它是决然帮助中国抗战到底的。
因为上述种种原因，故我们还是希望那班玩火的人，不要过于冲昏头脑。我们正式警告他们说：放谨慎一点吧，这种火是不好玩的，仔细你们自己的脑袋。如果这班人能够冷静地想一想，他们就应该老老实实地并且很快地去做下列几件事：
第一，悬崖勒马，停止挑衅；第二，取消1月17日的反动命令，并宣布自己是完全错了；第三，惩办皖南事变的祸首何应钦、顾祝同、上官云相3人；第四，恢复叶挺自由，继续充当新四军军长；第五，交还皖南新四军全部人枪；第六，抚恤皖南新四军全部伤亡将士；第七、撤退华中的‘剿共’军；第八、平毁西北的封锁线；第九，释放全国一切被捕的爱国政治犯；第十，废止一党专政，实行民主政治；第十一，实行三民主义，服从《总理遗嘱》；第十二，逮捕各亲日派首领，交付国法审判。
如能实行以上十二条，则事态自然平复，我们共产党和全国人民，必不过为已甚。否则，“吾恐季孙之忧，不在颛臾，而在萧墙之内”，反动派必然是搬起石头打他们自己的脚，那时我们就爱莫能助了。我们是珍重合作的，但必须他们也珍重合作。老实说，我们的让步是有限度的，我们让步的阶段已经完结了。他们已经杀了第一刀，这个伤痕是很深重的。他们如果还为前途着想，他们就应该自己出来医治这个伤痕。“亡羊补牢，犹未为晚。”这是他们自己性命交关的大问题，我们不得不尽最后的忠告。如若他们怙恶不悛，继续胡闹，那时，全国人民忍无可忍，把他们抛到茅厕里去，那就悔之无及了。关于新四军，中国共产党中央革命军事委员会已于1月20日下了命令，任命陈毅为代理军长，张云逸为副军长，刘少奇为政治委员，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。该军在华中及苏南一带者尚有9万余人，虽受日寇和反共军夹击，必能艰苦奋斗，尽忠民族国家到底。同时，它的兄弟部队八路军各部，决不坐视它陷于夹击，必能采取相当步骤，予以必要的援助，这是我可以率直地告诉他们的。至于重庆军委会发言人所说的那一篇，只好拿“自相矛盾”4个字批评它。既在重庆军委会的通令中说新四军“叛变”，又在发言人的谈话中说新四军的目的在于开到京、沪、杭三角地区创立根据地。就照他这样说吧，难道开到京、沪、杭三角地区算是“叛变”吗？愚蠢的重庆发言人没有想一想，究竟到那里去叛变谁呢？那里不是日本占领的地方吗？你们为什么不让它到那里去，要在皖南就消灭它呢？啊，是了，替日本帝国主义尽忠的人原来应该如此。于是7个师的聚歼计划出现了，于是1月17日的命令发布了，于是叶挺交付审判了。但是我还要说重庆发言人是个蠢猪，他不打自招，向全国人民泄露了日本帝国主义的计划。
