左宗棠在同治三年十月底，交卸了兼署浙江巡抚的职司；在杭州全城文武官员，呜炮恭送之下，启程入闽督师。
在此以前，援闽之师分三路出发。西路以帮办福建军务浙江按察使刘典所部新军八千人为主力；会同记名按察使王德榜的两千五百人，由江西建昌入汀州；中路记名提督黄少春，副将刘明灯两部共四千六百人，由浙江衢州，经福建浦城、建宁入延平；东路由署理浙江提督高连升会同候补知府魏光邴，领兵四千五百人，过钱塘江由宁波乘轮船，循海道至福州登陆。
这三路军队的目标都是闽南——李世贤踞厦门之西的漳州；丁太洋在福建、广东、江西三省交界的武平；而汪海洋则在闽南的东西之间流窜。左宗棠的打算是，决不能让他们出海；由北、西、东三面收紧，压迫敌人南窜。福建之南就是广东。两广总督毛鸿宾与广东巡抚郭嵩焘，见此光景，心知不妙。左宗棠如果驱贼入粤，则援闽之师，随贼而至，会形成长毛与“友军”交困的窘境，所以非常着急。
可是由两员副将方耀、卓兴所率领的粤军，不过八千之众；福建延建邵道康国器，虽是广东人，新统一军，亦多粤籍，却不能算粤军，因为是左宗棠的部下，并不听命于广东大吏。毛鸿宾与郭嵩焘迫不得已，一而派方耀、卓兴入闽会剿，明阻长毛，暗挡左宗棠；一面打算奏请起用守镇江的名将冯子材督办东江军务，自求振作。
当援闽之师未到以前，福建陆路提督林文察已与李世贤接过仗。林文察是台湾彰化人，咸丰八年以助饷剿淡水的土匪，授职游击，做了武官；他所统率的台勇擅用火器，剽悍善战，助林文察当到总兵，获得“巴图鲁”的名号。王有龄被困杭州时，曾奉命援浙，而阻于衡州；以后归左宗棠节制，很立了些战功，补实为福建福宁镇总兵，不久擢升为福建陆路提督，随即提兵回台，在他家乡平乱。
乱党的首领，是原籍漳州龙溪的戴潮春；他是中国历史上阴魂不散的老牌乱党白莲教的余孽。在彰化名义上办团练，实际上与长毛是勾通的。
咸同之交，浙江沦陷，在福建的官军，多调闽北浙南；戴潮春认为是起事的好机会，三月间由其党羽林戆晟在大墩起事，五天以后，占领彰化，台湾兵备道孔昭慈被杀。戴潮春自称“东王”；“南王”是林戆晟；此外还有“西王”与“北王”。下面的官职有“大国师”、“左右丞相”、“六部尚书”等等。
这个略仿太平天国建制，沐猴而冠，仿佛戏台出将入相的场面，由于东南战局正在紧要关头，朝廷只应粮道丁日健的力请，派了六百人去攻剿；因而得以维持一时。及至同治二年秋天，左宗棠收复浙江，已有把握，才派林文察回台，号召旧部；福建巡抚徐宗干，亦派久官台湾的丁日健领兵赴援，并授为台湾兵备道，督办全台军务。
于是到了十一月初，彰化收复，继攻下斗六；到了年底，戴潮春被擒于张厝庄、林戆晟败死于四块厝，局面可以算是稳定下来了。
不过肃清残余乱党，亦很费力；尤其是当李世贤占据漳州以后，戴潮春的余党准备接应会合，图谋再举。左宗棠深恐李世贤、汪海洋等人出海，正就是为此。
林文察见此光景，深感为难，一方面要防止死灰复燃，放不得手；另一方面以福建陆路提督为一省最高武官的地位，对于收复漳州、汀州等地，责无旁贷。仔细考虑下来，还是应该回福建；因为能够消灭李世贤，彰化的乱党便失去凭借与指望，不战而自溃。
打定主意，仓卒内渡，同船只带了两百亲兵。他与李世贤交过手不止一次，不敢轻敌；原意到了福建，先作部署，然后出击，那知李世贤早有准备，在万松关设下埋伏，专等他入网。
而林文察则又改变了主意。因为他自感兵力孤单，一路收容了许多散兵游勇，杂凑成军；如果粮饷充裕，时间从容，而又有得力的帮手，当然可以将此辈渐渐练成劲旅，否则就只有利用他们急于追求出路，或者怀仇报仇的心理，淬厉士气，作背城借一之计。林文察老于兵事，默察情势，认为不得不速战速决；拖下去徒耗粮饷，且难部勒，将不战自溃。本来左宗棠的檄令，是责成他“力保泉厦”，这是很难的任务，因为漳州以东，直到厦门、泉州，地势平衍，易攻难守，而况彼此兵力众寡悬殊。就方略讲，应该以攻为守；就利害关系来看，以少攻多，虽然吃力，但与其守而败，不如攻而败。因此，在十月初便由泉厦而进，在万松关上扎营。万松关又名万松岭，在漳州以东二十五里的凤凰山上，为由泉厦渡江入漳的孔道。扎营刚定，李世贤派一队人马来攻，用意在试探虚实；哪知副将惠寿不中用，竟让长毛踩了营盘。林文察迫不得已，退驻叫做玉洲的地方，隔了两天出队攻击，小胜而回。
就在这时候又接到左宗棠的札子，指示他“深沟高垒，勿浪战求胜；俟浙军到后，协力规复漳州。”林文察这时不能不听命，驻营在万松岭上，静候援军；另由水师总兵曾玉明，在九龙江近海澄县地方的海口镇，结扎水营，以为犄角之势。
这样守到十月底，左宗棠还未进入福建境内，而先行出发的浙军，三路合围之势，将次形成。李世贤原来是在万松关以西设下埋伏，专候林文察入网；见他按兵不动，而浙军又已入闽，不能不急着打开一条出路，因而在十一月初三，发动突袭。
突袭是分水陆两路进行。袭击水营的长毛，皆以烟煤擦脸，有意扮成狰狞可怖的鬼相；同时亦用作为“自己人”的识别。曾玉明的水师，猝不及防，除了用炮艇上的小炮轰击以处，其余各营，都垮了下来。
在西面万松关上的林文察所部，本是越拖越坏的散兵游勇；听说后路被袭，未战先乱。副将惠寿，游击许忠标，压不住阵，只有溜之大吉；林文察都不肯逃，结果中枪阵亡。溃散下来的乱兵，勉强集结在九龙江东岸，算是保障泉州门户。
三月以后，左宗棠到了浦城，正式进入福建境界；预定就以此为行辕。行辕所收到的第一件战报，便是林文察兵败殉职。
这不是马到成功的征兆，左宗棠大为不悦。在他看林文察是挫了浙军的锐气，也伤了他的威名；虽非死有余辜，却是决不可原谅的。因而出奏时，便不肯专叙此事，只用一个“督师行抵浦城，现筹剿办情形”的案由，在折子中斥责林文察不听调度，致有此失；幸亏高连升军一已由福州赶到闽南，泉厦可保无虞。至于林文察的恤典，申明另案奏请；但可想而知的，恤典不会优厚。
不过局势很快地稳住了。左宗棠最担心的，就是李世贤向东南横窜入海，所以只要高连升一军，能自福州南下，及时拦堵，先挡得一阵；等苏军郭松林、杨鼎勋领兵航海而来，肃清腹地便有十足的把握了。
为此，左宗棠定下东守北攻西压的策略，最先收复闽南偏北的龙岩；接着会同粤军方耀所部，收复闽粤交界的永定。
这两场胜仗才下来，士气大振，指挥更加灵活；左宗棠开始“驱贼入粤”，首先是由毗连江西的汀洲、连城一带、将汪海洋部下的长毛，往南撵向与广东交界的武平、上杭一带。其时援闽苏军已陆续到达，与浙军高连升、黄少春所部，划分防区，而以进取漳州为目标，苏军守漳州之南浙军守漳州之北。这一来，李世贤出海之路是彻底被遮断了。到了四月中旬，浙苏各军由南北同时出击，会功漳州；到了四月廿一，漳州克复，可是李世贤却开西门而走，与汪海洋会合在一起，成为“困兽”了。
当时的形势是东南方面泉、厦、漳沿海一带，兵力最厚；西北永定有七千余人防守；东北的漏洞，亦已及时防补，唯有西面最弱，左宗棠几乎毫无布置。
西面就是广东的大埔、饶平一带，虽有粤军方耀防守，可是决非李世贤、汪海洋的对手，是谁都看得出来的。然则，左宗棠之意何居？明眼人自然看得出来。
这个明眼人是远在京城里的军机章京领班许庚身，在五月十二那天，看到发下来的一个奏折，大为诧异；这个奏折是李鸿章所上，作用是在表功，所以案由是“援闽苏军，会合浙军分路进逼，于四月二十一日克复漳州府城”；奏报进攻情形中，有一句话说：“侍逆李世贤潜开西门而遁。”这与同时收到的左宗棠的战报，情况不符。
左宗棠的奏折，案由是“进逼漳西大捷，现筹办理情形”。并未提到漳州克复，再未变到李世贤由漳州西门而遁；只说“李逆世贤经官军叠次击败，势日穷蹙；图由漳北小路绕犯安溪，以抄官军后路。其计未成，又图勾结同安土匪，内讧滋事；经离松林凰带所部两营驰赴同安，会同道员曾宪德将西塘、上宅、浒井各乡匪巢洗荡。”
再看拜折的日期是四月廿六，拜折的地点是福建省城。福州离漳州不过两三日路程；廿一克复漳州，在福州的左宗棠不应该到廿五还不知道。如果已经知道，廿六拜折何以不报捷？
这是莫大的一个疑窦，但稍作参详，不难明白，左宗棠只为李世贤“漏网”，不肯报捷；先说他想“绕犯安溪”，又想“勾结同安土匪”，最后说由郭松林如何如何，是打算将李世贤“漏网”的责任，轻轻推到郭松林头上。
至于左宗棠想“整”郭松林的缘故，亦可以推想得到。原来从林文察阵亡以后，福建陆路提督一缺便补了福山镇总兵的郭松林，虽为署任，总是升官；而如没有左宗棠的奏请苏军援闽，这个武将中最高职衔的提督，请未见得轮得到郭松林。照左宗棠的想法，郭松林的升官，既由援闽而来；而所升的官，又是福建的缺分，则不论感恩图报，还是循名责实，都该照建制归隶他的部下。无如郭松林虽经福建巡抚徐宗干一再催促，始终不肯到任。以福建的武官在福建打仗，却自居于客将的地位，在左宗棠是颇难容忍的；只是当郭杨两军航海南来之前，李鸿章特为声明：郭松林不履任，他亦“不劝驾”。左宗棠曾经同意，此时不便出尔反尔！但又有所憾于郭松林，因而此时先作一个伏笔，一方面隐约其词地表示，追击李世贤是郭松林的责任；另一方面可以看将来的情况，果真同安土匪一时不易收拾，便可正式奏请将郭松林留在福建——以本省的提督剿本省的土匪，天经地义，名正言顺，朝廷不能不准，李鸿章不能不放，郭松林不能不留。
了然于左宗棠暗中的勾心斗角，再来看李鸿章的“援闽获胜，会克漳州府”一折，才会恍然大悟，除表功邀赏以外，还有预先为苏军留下卸责余地的作用。因为折中铺叙战况，对于郭杨两军的防区及部署，说得特别详细，一则谓：“东山在漳州城南十里，系通漳浦大路，郭松林以八营扼之；又十里为镇门，系东山、海澄、石码适中之地，杨鼎勋以五营扼之。海澄县为两军后路，有山径可通漳浦，复派三营分布县城内外，防贼抄袭。”
再则谓：“总兵刘连捷、阜司王开榜在西北；提督高连升、黄少春等军在东路。自苏军扼扎东山，南路已断。”三则谓：“败逆向南靖一路纷逃，各营追剿数里，当会同高、黄等军，折回东南，将东关外放子桥、东岳庙及附近南门新桥各贼垒一律荡平。”处处可以看出，郭扬两军无论防守还是攻剿，都以担当漳州南面为主，东面其次；然则李世贤开西门而遁，责任谁属？不问可知。
这样反复研判下来，许庚身认为左宗棠是在玩弄可怕的权术。从军兴以来，各省带兵大员，以驱贼出境为惯技；而左宗棠则似乎有意以邻为壑，包藏着什么祸心。此非早作纠正不可。
因此，他向恭王与文祥等人，指陈利害，奏明两宫太后，拟发“廷寄”，首先指出李鸿章已有奏报，漳州克复，“侍逆潜开西门而遁”；接下来便说，“漳州别经克复，而渠魁仍未授首，必将与汪逆合谋，计图复逞。现在东南两路局势既尚稳固；东北一路亦有刘明灯等联络扼守，而西面之漳浦、云霄、诏安、平和等城，均为贼踞，该逆必思由此路窜走，已无疑义。粤省饶平、大埔一带，虽有方耀等军防守，尚恐兵力不敷分布，左宗棠等仍当分拨劲旅，绕赴西路，会同粤军，迎头拦截，杜其窜越之路。”
到此地步，左宗棠知道撵走郭嵩焘的时机成熟了。在此以前，他曾为蒋益澧下过一次伏笔；并用李鸿章作为陪衬，来提高蒋益澧的地位。这一伏笔，下在九月初，瑞麟与郭嵩焘交恶之时，而于“恳请收回节制三省各军成命”的奏折中，附带一提：“恐两广兵事，尚无已时，若得治军之才如李鸿章、蒋益澧其人，祸乱庶有豸乎！”意思是最好将李鸿章调为粤督，而以蒋益澧升任粤抚；这是隐约其词的试探，朝廷即令没有明确的反应，但蒋益澧可当方面之任的印象，却已在西宫太后与军机大臣的脑中留下了。
此时当然还不能明保蒋益澧升调广东；是用夹片的方式，在“陈明广东兵事饷事”中，攻郭保蒋。首先就说：“广东一省兵事实足观，而饷事亦不可问。军兴既久，各省兵事或由弱转强，粤则昔悍而今弩矣！各省饷事或由匮而渐裕，粤则昔饶而今竭矣！”光是这两句话，便将近两年的督抚一起攻击在内；当然，郭嵩焘的责任应更重于瑞麟，因为他在任之日比瑞麟久。
接着便专责饷事，而此正是巡抚的职责；其中并无一语提及郭嵩焘的名字，而大部分的攻击却集中在郭嵩焘身上，特别提到广东富饶之区的潮州厘税。
左宗棠是这样指责：“臣抵大埔，接晤潮郡官绅士民，询及潮郡厘税，合计杂货之厘、洋药之厘、汕头行厘、船捐，每年所得，共止三万余两，是一年所入，不足六千人一月之饷也。潮州为粤东腴郡，而厘税之少如此，外此已可类推。”这是有意歪曲事实。从钱江创设就货征税的厘金以来，最难办的就是广东；当郭嵩焘莅任之初，就曾会同总督毛鸿宾奏明。广东办厘的情形，有异于他省，主要的原因是洋人的牵掣。广东的形势，“澳门据其西，香港绕其东，所有省河扼要海口，其地全属之洋人，而香港尤为行户屯聚之地。一二大行店皆移设香港，以图倚附夷人，便其私计，一切劝捐抽厘，从不敢一过问。其有意规避捐输者，亦多寄顿香港，希图幸免。统计出入各货，凡大宗经纪，皆由香港转输。是他省但防偷漏之途，而粤东兼有逋逃之薮。”
其次是广东的风气与他省不同。广东的士绅，往往包揽税捐；厘金开办之初，亦由劣绅承包，任令侵渔中饱。而公私交受其病。其后收为官办，则原来包厘的劣绅，因为失去特权，心有不甘，从中煽动捣乱，聚众捣毁厘局之事，不足为奇；官府胆怯怕事，不敢惩办祸首，反而撤去委员，或调动府县地方官，以裘发协。而结果是越迁就，越棘手。
从郭嵩焘到任后，以易除中饮，讲求合情合理的宗旨整顿厘捐，颇有成效，从未设局的琼州府、廉州以及惠州的河源等地，次第开办。至于潮州，就广东而言，偏处东隅，久成化外，直到汪海洋逼近广东边境时，方由潮嘉惠道张铣，设法开办；数目虽少，但总是一个开端。潮州的民风，因势利导，好话说在前面，无事不可商量；强制硬压，则偏不服从。张铣的意思是，只要潮州肯承认厘捐，以后可以陆续增加；而况贼势方急，官府与绅民之间，为此先起争执，是件极危险的事。这个看法，郭嵩焘深以为然；但左宗棠有意抹煞事实，只强调每年只收得三万银子，却不说这三万银子来之不易，而只要能收此三万，以后三十万亦有希望。
最恶毒的是，左宗棠又夸大广东海关的收入：“闻海关各口所收，每岁不下二百万两，其解京之数，无从稽考。此项若能由督抚设法筹办，于正供固期无误；而于该省筹饷大局，实裨益非浅。特此为二百年旧制，非外臣所敢轻议。”接下来便是保蒋益澧了。他说：“臣率客军入粤，偶有闻见，自不敢不据实直陈。至兵饷兼筹，任大责重，非明于开济之才，不能胜任。浙江市政使蒋益澧，才气无双，识略高臣数等，若蒙天恩，调令赴粤督办军务，兼筹军饷，于粤东目前时局，必有所济。”
