导语 ——
《新疆同治回乱的黑与白》在公众微信平台发布以后，阅读量之高，超过预期。这是一段被统一战线屏蔽掉的历史，无论哪个民族，都已经不知道当初的真相。有人私信留言，“我们的怀里也揣着一个血写的帐本，迟早有一天，会拿出来清算”。能感觉到他的情绪和族别，我们可以抱着最大的善意去揣测人性，但对与错，罪与罚，终究要摆到桌面上说一说，不能让做恶者继续有理，这是我书写历史的本意。
《新疆同治回乱的黑与白》发布后，留言区非常对立，各方叫骂都很刺耳，最后被平台关闭。中国是全世界历史文献最丰富的国家，我们的祖先从甲骨文时代就有了书写历史的传统，国家有史官，地方有史志，家族有家谱。受汉民族修书治史的传统影响，各民族都有自己相对清晰的文史资料。我写的不对，你可以依据自己的史料重新书写，只要不肆意编造和歪曲，只要有检讨和反思精神，只要为中华民族共同体有益，我们就能相互拥抱，在公理和道义的指引下，找到共同前行的方向。
《新疆同治回乱的黑与白》是应时之作，不在计划选题内。当时的目的，只想让大家知道，新疆同治暴乱的背景复杂而多面，有更深的民族矛盾背景，阿古柏只是统一战线上的一只替罪羊。所以，写的很简要，只写到阿古柏统治南疆结束。
从本期开始，平行发布两个选题，“三区革命”和“新疆回乱”，争取每周各发一篇。“新疆回乱”不是对前文的重复，而是对前文的延展和深度写作，每期发布约一万字左右，计划十期写完。至于阿古柏，只能在四五篇以后出场，这也是“新疆回乱”的事实和真相。
《黑白边疆》是计划要写“新疆民国史”的总题目，从本篇起不再使用，留给以后。“新疆回乱”的题目拟定为《血色天山》。
血色天山：新疆同治暴乱那十年（1）
前言
清同治元年（1862年），回民在陕西暴乱，迅速向西转移进入甘肃，形成以宁夏金积堡（今吴忠）、甘肃河州（今临夏）为中心的两个暴乱中心。之后两年，回民暴乱分子不断向新疆渗透，秘密策划新疆暴乱，试图分裂中国西北版图，建立宗教政权。
1884年6月（本站注：应为1864年，可能是作者笔误。），在回民宗教分子的操纵下，库车、古城子（奇台）、乌鲁木齐、吉木萨尔、阜康、吐鲁番、哈密、伊犁、玛纳斯、喀什、叶尔羌（莎车）、和田等地区相继发生暴乱，到1866年末，新疆全面沦陷。清朝救援部队先被山东和河南的捻军纠缠，后被陕甘回乱纠缠，阻挡在河西走廊以东地区。
从1864年新疆回乱暴发，到1874年左宗棠在肃州整军入疆，整整十年，如同漫漫长夜，新疆成为一座悬浮于塞外的孤岛，从巴里坤、乌里雅苏台、科布多到新疆的各路台站全部被捣毁，通讯、交通完全中断，援兵、粮草、军饷、装备等人员和物资失去供应，各地方，各府衙，各军队，各民团，相互之间失去联系，各自为战。
最黑暗的十年，也是可歌可泣的十年，新疆人民奋起反抗，与各种分裂势力英勇斗争，天山南北遍地烽火，谱写了一部中华民族英雄不屈的壮烈史诗！
新疆同治暴乱，是清朝收复新疆以来、到今天为止，在新疆历史上的性质最严重、后果最惨烈的民族分裂事件，计入甘肃在内的人口死亡约一千四百多万，新疆境内人口死亡无单独统计，但所有资料都表明，全疆各地“十室九空”，死亡人数“十之七八”。以至于素有“塞外江南”美称的伊犁，连基本农业生产都无法组织，一直到辛亥革命前后，粮食生产才勉强恢复到同治暴乱以前的水平。
清朝中前期，新疆版图面积210万平方公里，约占清朝国家总疆域的七分之一。到清朝末年，新疆版图面积缩减到166万平方公里，损失领土达55万平方公里之多，相当于今天的甘肃和宁夏面积之和。十九世纪中叶以后，沙俄通过《瑷珲条约》《北京条约》，侵占我国东北地区约160万平方公里领土，相当于今天东北三省面积之两倍。
中国近代史对丢失领土的责任清算，全部栽脏给满清政府，说他们“闭关锁国”，说他们“腐朽无能”。却从来不正视国内水深火热的内部斗争和民族问题，在太平天国、捻军、云南回乱、陕甘回乱、义和团等接二连三的内耗和分裂下，清朝晚期的中央政府，几乎把一个国家的政治资源和军事能量发挥到了极限。如果汉族人不没完没了的窝里斗，如果少数民族不心怀叵测的搞分裂，举国上下一致对外，即使土炮对洋枪，百年前的中国仍然是一个世界性强国。以满清立国以后开疆拓土的传统本性，中国断然不会是百年前那幅狼狈不堪的样子。
由于新疆同治暴乱，沙俄通过《中俄堪分西北界约记》直接分割了我国喀什巴什湖以西约四十四万平方公里领土，继而入侵伊犁，再通过《伊犁条约》分割我国霍尔果斯河以东约一万四千多平方公里领土。由于新疆同治暴乱，英帝国主义势力渗透到新疆，扶植阿古柏暴乱集团建立分裂政权，清政府丧失对帕米尔高原南部地区的影响力，间接导致今天的中印领土争端。由于新疆同治暴乱，沙俄帝国主义势力在新疆长期存在，并且由后来的苏联继承，新疆沦为沙俄和苏联的半殖民地区，边界领土被一再侵占，直接导致民国后期新疆“三区革命”爆发，间接导致六十年代新疆“伊塔事件”爆发。
新疆自清乾隆年间回归祖国起，历经嘉庆、道光、咸丰三代皇帝，主要面对浩罕国怂恿下的和卓后裔叛乱。从十九世纪中叶开始，沙俄征服哈萨克草原，完成对中亚三汗国的军事吞并，中俄边境直接接壤。同时期的英国，完成了对印度的殖民统治，向南疆地区展开渗透。
以天山为界，北疆居民族以厄鲁特蒙古为主体，形成土尔扈特、杜尔伯特、和硕特三个聚集区，伊犁、塔城、阿勒泰则由哈萨克牧民居住。南疆地区以信仰伊斯兰教的维吾尔族为主体，经过浩罕人一百多年渗透，来自安集延的乌兹别克人进入喀什、和田。俄国吞并浩罕国以后，大量难民涌入南疆，形成今天的柯尔克孜（吉尔吉斯）族。
十九世纪中后期，西方列强从东南沿海逼近中国内陆，英俄帝国主义从西部边疆渗透进入新疆，国内以太平天国为开端的各种暴乱席卷大江南北，内忧外患，顾此失彼，整个中国陷入风雨飘摇之中，大厦将倾，芨芨可危。新疆也不例外，陷入回归以后最大的一次暴乱和分裂，各族人民血流成河，大好河山沦为焦土。回望百年以前的新疆，鲜血浸透黄沙，高山之上，白骨累累；大河奔腾，仿佛哭喊！
清朝以前，正统文史对暴乱者、反叛者的称呼为“贼”和“逆贼”。民国时期，国民政府对反抗者、起义者的称呼为“匪”。出于对历史真相的认知和义愤，出于对正统国体的认同和尊重，从本文开始，对改朝换代以外的所有暴乱人员和反叛组织，统称为“匪”，并带有人群标签。谁做的恶，谁来认领！
1、库车起事
同治三年四月（1864年6月），库车渭干河上修筑防洪堤坝的维族人托乎提尼牙孜，串通工地上几个民工，杀掉阿奇木伯克库手下的十几个监工和两个满族官员。库车县衙前去捕人，河州回民马隆、马三保和玉门回民杨春煽动维回暴民闹事，围攻府衙。当时，赴南疆上任的英吉沙尔领队大臣文艺、叶尔羌帮办大臣武仁布也滞留在库车，和库车办事大臣萨阿灵一起，被围困在县府衙门。
萨灵阿，锡伯营镶红旗人。父亲额尔古伦，19岁参加武举人应试，入选披甲，嘉庆十九年（1814年）升任锡伯营总管。道光六年（1824年），张格尔在南疆发动叛乱，萨灵阿跟随父亲到喀什救援，冲入维匪阵营，一路拼杀到徕宁城（满城）下，发现城门已经被叛匪用石头堵死，救援无望，又转身杀回来。萨灵阿一战成名，长期担任西宁办事大臣，六十岁那年告老还乡。道光初年，新疆各地差员短缺，清廷征召萨灵阿补缺，六十多岁的萨灵阿接受征召，带领全家老小西出阳关，到库车赴任。
库车暴动以前，南疆乱局已有征兆，上任路过的英吉沙尔领队大臣文艺、叶尔羌帮办大臣武仁布在库车稍事停留，和萨灵阿一起商讨如何应付时局，结果赶上了库车暴动。
当时，清军主要力量都集中在北疆地区防御沙俄入侵，南疆驻军数量很少，驻防库车的绿营军兵只有三百人。萨灵阿一面组织绿营军和当地汉族商民展开防御，一面派人向乌鲁木齐、喀喇沙尔（焉耆）等地驻军请求救援。伊犁将军常清急调索伦营一千人，由布尔胡德、图库尔率领，从昭苏县穿越夏特古道开赴南疆；乌鲁木齐都统平瑞先派参将穆特奔、富常阿率绿营军八百人赶赴救援；又派库尔喀喇乌苏领队大臣文永，率领绿营军五百人，从达坂城、托克逊南下增援。
在当时的行军条件下，各路救援部队到达库车，都需要一个月以上时间。同治三年五月初三（1864年6月6日），暴匪攻入库车满城，萨灵阿、文艺、武仁布等众大臣率领绿营官兵和汉族商民，与叛匪展开激烈巷战，最后退入库车县衙。满汉官军和汉民共两百余人，将几百公斤火药集中到衙门大堂，点燃引线，集体殉难。
库车暴动后，阿奇木伯克（行政长官）库尔班全家投入到抵抗暴乱的战斗第一线，和其他政府官员、家属一起，在县衙爆炸中壮烈殉国。
点燃火药前，萨灵阿看见儿媳妇怀里抱着六个多月大的小孙子，不忍心让孩子殉葬，命令家人从县府衙门的墙头上扔出去，被好心的维族人捡去收养。这个后来后来取名叫伊丹扎布的孩子，是库车暴乱中唯一幸存下来的满汉血裔。
2、和卓上位
库车暴乱前，米尔扎·鄂对家族是南疆伊斯兰教黑山派领袖、库车最高宗教领导人。清朝平定大小和卓叛乱时，鄂对和卓投靠清政府，为后来的历次南疆平叛战争提供支援，被清朝册封为郡王，世袭罔替。到库车暴动时，鄂对家族已经传世四代，鄂对的曾孙爱玛特继承了郡王头衔。库车暴乱后，爱玛特郡王预感南疆会有更大暴乱，他将自己的儿子、时任阿克苏阿奇木伯克的阿密特急召回，不许他在库车停留，稍做安排后，安排阿密特潜逃出城，去东边的喀喇沙尔躲避。爱玛特郡王自己则躲进曾祖父鄂对的麻扎（陵墓）里。
暴乱后的匪徒们急需要推举出一位有宗教影响力的领导人，维匪首领安拉雅尔、回匪首领马三保阿訇分别代表维回两族，找到躲在麻扎里的爱玛特郡王，要求他出任叛匪总头目。安拉雅尔和马三保对爱玛特抱经宣誓，“阁下祖辈相传管辖此地，熟悉各种公务和政务。因此请您作我们大小穆斯林的领袖，向我们发布各项指令，我们一定竭诚尽智，执行您的旨意，作你忠实的仆人，在一切事务中把您当成我们的起点和导师，拥戴您作我们的可汗”。
这段话来来自《伊米德史》的中文译本，“可汗”是突厥早期对部首领的称呼。伊斯兰地区首领名称带有浓厚的宗教色彩，称“帕夏”、“哈里发”、“苏丹”等。库车暴乱后，最高领导人始终没有为自己取一个符合伊斯兰教义的头衔，多数历史记载将库车暴乱领导人称为“和卓汗”，既有宗教性质，又有世俗权力性质。
爱玛特郡王拒绝了暴乱分子们的请求，他说，“我们祖辈吃的都是皇帝的盐，享受皇帝给的荣华富贵。现在我无论如何也不能成为给我盐吃的皇帝的敌人。虽然皇帝是一个异教徒，我也要信守诺言，尊重我吃过的盐。我不做你们的领袖”。
暴徒们脑羞成怒，将爱玛特郡王扔进坑里，用石头活埋。他们对外宣称，爱玛特已经为宗教殉难。叛匪们把目光转向白山派掌门人热西丁和卓。
热西丁和卓是谢赫·哲马鲁丁家族的后裔。这位谢赫·哲马鲁丁，正是推动新疆部分民族伊斯兰化的第一人。1346年，察合台汗王后裔秃黑鲁帖木儿在库车遇见伊斯兰教经师谢赫·哲马鲁丁，表示，如果能继承汗位，他愿意皈依伊斯兰教。1347年，蒙古杜格拉特部落拥立秃黑鲁帖木儿为东察合台汗国汗王，谢赫·哲马鲁丁的儿子额什丁毛拉前往察合台汗国王城阿力麻里（今伊犁霍城县西北，兵团四师61团附近），极力游说，秃黑鲁帖木儿正式皈依伊斯兰教，并剪掉长发，施行割礼，起经名阿布·贝克尔··穆罕默德。在秃黑鲁帖木儿的强迫下，约16万蒙古人集体改宗，皈依伊斯兰教。
新疆同治暴乱前，喀什、和田等地维民信奉白山派，阿克苏地区的维民信奉黑山派。热西丁全名谢赫·热西丁，白山派传到他这一代，在库车几乎没有了影响力，热西丁和卓本人在清真寺做经师，靠操持红白事挣点小钱，日子过的很清贫。库车暴乱时，热西丁已经五十六岁，也躲在他的祖上谢赫家族的麻扎中。
红了眼的叛匪们已经不分黑白，安拉雅尔和马三保命令叛匪把热西丁从麻扎里抬出来，直接抬到已经摆好的椅子上。上万人一齐跪倒在地，叛匪首领安拉雅尔大声说，“您过去是我们的开导者和领路人，现在请仍然做我们的开导者和领头人，登上汗位作我们的首领吧，请向我们发布您的命令吧”。
这一天，是1864年6月9日，清同治三年五月初六。这一天，太平天国首都天京被清军攻克，标志着太平天国运动走向灭亡。这一天，恩格斯致信马克思，谈了他对李卜克内西的看法，询问苏伊士运河以及弗吉尼亚战争的情况，并且给马克思邮寄了五英磅生活费。
热西丁家族做为白山派宗教权力的象征，在阿克苏地区被冷落了两三百年，入世无门。面对突然而来的世俗权力，他没有拒绝，他接受了叛匪们的拥戴和加持。热西丁对上万名叛匪发表宣言，“多年来，我们祖祖辈辈生活在卡菲尔残暴者的脚下，卑贱地、忍气吞声地过着日子。宽仁的真主给了我们力量，伊斯兰的宝剑已经砍在卡菲尔的头上，现在我们必须要干的事情是，只要我们还有一口气，我们就要坚决按照真主的指引去战斗，圣战是真主仆人伟大的天职。在什么地方发现了卡菲尔，就在什么地方把他消灭干净”。
新疆同治暴乱最早的策划人是甘肃河州人妥明阿訇。按妥明最初的构想，回乱爆发点应该在乌鲁木齐。但渭干河上修筑堤坝的民工们错误的打响了第一枪，瞬间点燃新疆暴乱的火药桶，库车成为新疆暴乱的第一个根据地。
四十多年后，武昌新军退役老兵酒后闹事，抢夺军械库，引发暴动，打响辛亥革命第一枪。参与暴动的“革命人士”在镇协府衙门强迫黎元洪出任“革命军”领袖。同治暴乱时期的库车，很像辛亥革命时期的武昌，在库车暴乱中被推上前台的热西丁，多少有点像武昌起义时被推上前台的黎元洪。
3、暴乱扩散
上台后的第三天，热西丁将叛匪分成东、西两支队伍，向喀喇沙尔（焉耆）方向、阿克苏方向发动征战。但热西丁对西边抱的希望显然更大一些。一方面，热西丁是浩罕人的后裔，他做梦都想回到自己祖辈生活过的布哈拉，衣锦还乡。另一方面，热西丁对清朝的虎狼之师心有余悸，他并不清楚此时的清王朝已经被中原捻军和西北回乱折磨的精疲力竭，他不敢对天山以北地区心存幻想。
在给西路叛匪的讲话中，热西丁说，“你们办妥了阿克苏、叶尔羌、喀什噶尔的事情以后，如果浩罕、布哈拉的大人们愿意循规蹈矩，俯首听命于我们，那最好不过。如果他们不肯这样做，反而要妨碍我们，那我将增派军队支援你们，你们要竭尽全力夺取西方这块土地”。而对东征，热西丁显的很低调，没有誓师，没有动员，只派出一支一百人的队伍，做样子给拥戴他的叛匪们看。
没想到，这一百人在往东的路上，滚成了一个巨大的雪球。在布古尔（轮台），当地维族人听到库车叛匪到来的消息，将把总张祥和仅有的十几个防汛官兵杀害，叛匪兵不血刃占领布古尔。1864年6月13日，库尔勒的暴乱分子打开城门，迎接库车叛匪进城。仅仅半个月，东路叛匪已经发展到两千多人，虽然都是些拿着坎土曼参与进来的乌合之众，但声势浩大，直逼当时的南疆重镇喀喇沙尔（焉耆）。
东征进行的如此顺利，热西丁倍感意外，他急忙派自己的亲戚伊斯哈克前去抢夺胜利果实，接管了东路叛匪的领导权。伊斯哈克是热西丁的堂叔，却也是库车叛匪中唯一能打仗、善谋略的一个匪首，抵达喀喇沙尔的时候，他背后已经有了一支五六千人的队伍。
1864年7月11日，库尔喀喇乌苏领队大臣文永率领的五百援军抵达喀喇沙尔，在距离乌什塔拉台站三十里的新井子，进入库车叛匪埋伏圈，文永和五百绿营军全军覆没，无一生还。
第二天早上，伊斯哈克在喀喇沙尔外围的曲惠（今和硕县东）设下埋伏，打败前来增援的土尔扈特牧民、和硕特牧民，将清军设在铁维尔沟和铁来里克里等地的外围据点全部清理干净。半夜时分，库车叛军在喀喇沙尔四个城门同时爆破，喀喇沙尔办事大臣伊奇里率三百绿营军顽强抵抗，最后效仿萨灵阿等库车殉难大臣，退出官衙，带领残余官兵引爆火药集体自杀。
按热西丁的规划，他的战略重心在西边的阿克苏和喀什，喀喇沙尔是他建立分裂政权的东北边界，所谓东征应该到此为至。但此时的伊斯哈克，已经被胜利冲昏了头脑，他不再想回到库车和热西丁的亲戚们去争权夺势，率领库车叛匪直扑吐鲁番。
4、阿訇妥明
同治元年（1862年），陕甘回乱爆发，甘肃东乡族阿訇妥明率信徒潜入新疆传教。
妥明，字得璘，又叫妥得璘，经名乌德·穆萨，河州回民教派教虎非耶门宦教首之一。虎非耶门宦遵循纳格什班迪耶教团的教义和功修方式，在叶尔羌（莎车）设立道堂，堂主马葆真，称叶尔羌道堂沙·奥里亚的哈里发，有代行沙·奥里亚传教的权利。妥明与马葆真有过接触，号称马葆真五大门徒之一，获得马葆真授予的教权，在吐鲁番创立东堂，到1864年，妥明在乌鲁木齐已经拥有广泛信众，回民传说他是“口外哈里发妥爷老人家”。
1864年初，妥明悄悄潜入乌鲁木齐，居住在绿营提标参将索焕章家里。索焕章的父亲索文，平定张格尔叛乱时任回军守备，入疆作战，因为军功卓著一路提升，道光末年任甘肃提督，同治初年去世，索焕章继承父亲军功披甲入伍。妥明在吐鲁番传教时，索焕章秘密拜见，成为妥明的忠实信徒。妥明达乌鲁木齐不久，被索焕章等虎非耶门宦信徒推举为北梁大清真寺掌教。
妥明在乌鲁木齐回民信徒中散布谣言，说，陕甘回乱前，陕西三原县的老百姓每天晚上都能听到兵马路过的声音。说，同治元年（1662年），甘肃狄道（今临洮县）下了一场鸡蛋大的冰雹，粮食和蔬菜全部受灾。说，那一年八月，青海西宁丹噶尔厅的竹子上开出了一朵朵鲜艳的红花。他四处宣言“西北有兵相”，称暴乱反清是胡大爷的指示。
陕甘回乱爆发后，“陕不留回”，陕西人将暴乱回民驱赶进入甘肃，甘肃成为陕甘回乱的中心地带。回匪在甘肃作乱，又担心在甘肃坚持不了多久，割据、分裂新疆的意图更加迫切，大量陕甘回民从甘肃涌入新疆，在妥明的领导下，为发动暴乱做准备。
妥明派信徒潜入新疆各地，秘密组织串联，库车暴乱主谋杨春和马隆、伊犁暴乱主谋杨兴、阜康暴乱主谋马忠、奇台暴乱主谋马泰和马福、玛纳斯暴乱主谋铁福元和马三等人，都是妥明派往各地的信徒，他最早计划在乌鲁木齐暴乱，各地响应，遍地开花。
库车渭干河民工闹事是意外事件，并不在妥明的暴乱计划内。杨春、马隆以及他们在当地串联起来的回民田满拉、苏满拉等人，迅速利用这一事件，煽动维回暴民闹事，焚烧商铺，攻打县衙，点燃了新疆暴乱的第一只火药桶。
1864年6月6日，库车暴乱。6月24日，乌鲁木齐都统平瑞接到库车办事大臣萨阿灵的求援文书，当即派出穆特奔、富常阿带领绿营军八百人出发平叛。三天后，又派遣库尔喀喇乌苏领队大臣文永，率五百绿营军南下增援。
当时乌鲁木齐巩宁、迪化两城，共有绿营军两千余人。由于兵力短缺，第一批救援库车的军兵中，有两百人是临时从监狱里征召入伍的重刑犯。乌鲁木齐两次向库车派出援军约一千三百人（包括重刑犯）后，防卫部队只剩下一千人左右，城防空虚，危若累卵。
就在这个时候，乌鲁木齐东边两百公里外的古城子（孚远，奇台县城旧址，今老奇台镇）出事了。
陕甘回乱爆发后，西北地区汉回民众相互仇视，已经成风气。新疆汉民一直在传言，回民要暴乱，迟一天早一天的事。妥明到达乌鲁木齐后，周边回民开始串联，准备起事。古城子一带的汉民高度紧张，组织团练在各乡各村戒备。7月9日，回民向清真寺聚集，与汉族民团发生械斗，持续十数日，回民死伤八百余人。得到消息的周边回民，从古牧地（米泉）、阜康、木垒等不同方向集结而来，孚远（汉城）被回匪攻破，汉族商民尽遭杀戮，孚远领队大臣保恒率残军三百余人退守满城。
古城子暴乱的消息传来以后，妥明派往库车的信徒杨春也回来了。杨春是库车暴乱的直接策划人，他向妥明汇报了库车暴乱的全部情况，妥明这才知道，伊斯哈克领导的库车叛匪已经到达吐鲁番。
那几天的乌鲁木齐西关清真寺，灯火通明，人进人出，妥明和索焕章纠集回民骨干分子，彻夜密谋乌鲁木齐暴乱计划。
5、乌鲁木齐暴乱
1864年6月24日，增援库车的第一批清军从乌鲁木齐出发。平瑞担心增援兵力不够，从监狱里提取了二百名从内地发配过来的重刑犯，要求他们应召入伍，戴功赎罪。平瑞将这批重刑犯交给回族把总马禄带队，马禄是妥明在绿营军中秘密发展的骨干成员，他直接将这批囚犯带进回匪已经设好的埋伏圈，两百余人惨遭杀害。
有一个掉了队的囚犯，叫朱小贵，他在南关魁星楼发现前面的二百人被砍杀，匆忙逃跑，向迪化城里的乌鲁齐提督衙门报告。提督业布冲额派回营提标参将索焕章前去巡查，索焕章回来禀报，“周履南关一带察看，并无贼踪。该犯谎报军情，煽惑人心，实属大干法纪”。业布冲额听从索焕章的意见，将朱小贵就地正法。在满城的乌鲁木齐都统平瑞感觉事有异端，派人前来索取朱小贵，结果晚到一步，朱小贵已经被行刑正法。
两百应征囚犯尽遭屠杀事件，这就样被轻易蒙混过去。留守在乌鲁木齐的清朝官吏和官兵，都能感觉到脚底下滚烫的岩浆在涌动，但不知道哪一天会汹涌迸发。躲在暗处的妥明和索焕章们，一边磨刀，一边扳着指头计算动手的时机。
终于，支援库车的第二批援军出发了，古城子和库车暴乱的消息接踵而至。在古城子的带动下，吉木萨尔、阜康全面暴乱，各地台站被捣毁，文报不通，交通瘫痪，天山东路的县府和军台各自为战，应接不暇。
7月14日，曾经在库车成功发动暴乱的杨春再次领命，带领乌鲁木齐南山地区的两千多回民悄悄进入达坂城，与当地回民汇合。叛匪不血刃，占领了达坂城。这里是南疆、东疆通往乌鲁木齐的交通要道，也是回匪在乌鲁木齐取得的第一个据点。
1864年7月16日深夜，妥明和索焕章发动乌鲁木齐暴乱，暴乱回匪和叛乱回军在乌鲁木齐南关汇合，开始进攻迪化城。守城士兵早已经被策反，直接打开城门，迎接暴匪入城。当夜的迪化，汉民商铺被纵火焚烧，汉民百姓被四处捕杀，火光映红了整个夜空，到处都是流淌的鲜血和悲惨的呼叫声。
这一夜，迪化城里的汉族商民被杀尽、杀绝。那个死到临头都没有明白过来的乌鲁木齐提督业布冲额，躲进索焕章的家里，羊入狼口，被索焕章杀害。
第二天，暴乱回匪将巩宁城（满城）包围。
乌鲁木齐巩宁城、伊犁惠远城、喀什徕宁城，是当时新疆最坚固的三座城池，高大坚固，城防配备相对完善。在清朝中后期，乌鲁木齐巩宁城和伊犁惠远城由最强悍的八旗军驻防。清朝在新疆的常备军有两种，“驻防军”和“换防军”。“驻防军”是职业军人，由于驻地偏远，允许携带家眷随军。一旦战乱爆发，通常都是一人从军、全家阵亡，意志力和战斗力极其顽强。乌鲁木齐都统平瑞统领的八旗军，属于“驻防军”，是新疆回匪暴乱后最难啃的一块硬骨头。
两万多回匪对巩宁城发起一波又一波的围攻，被城墙上的清军大炮一次又一次的轰回来。期间，平瑞曾经率军出城，在红山嘴下对回匪发起正面突击战，无奈回匪人多势众，倒下一波又涌上来一波，平瑞眼见突围无望，再次退回满城坚守。
而妥明也发现，回匪虽然十倍于清军，但武器装备不如清军，想打赢这场攻坚战，必须要用更多的人力来撼动。妥明想起了杨春说过的库车暴匪，派索焕章前往吐鲁番，与伊斯哈克洽谈合作，请求支援。
6、同流合污
吐鲁番是阿訇妥明在新疆传教主要基地，妥明在这里有广泛的教众基础。库车暴乱后不久，当地回民便串联维吾尔人迈苏木汗和卓发动暴乱，围攻满城。暴乱维民手持镰刀和坎土曼，围着满城攻打了二十多天，连门缝都没有撬开一丝。
库车暴匪到达吐鲁番后，和吐鲁番暴匪合流，由伊斯哈克统一指挥。吐鲁番是一座有悠久历史古城，城高墙厚，叛军复制在喀喇沙尔城下的打法，四面围合，重点爆破，却毫无功效。吐鲁番军民在办事大臣荣庆的率领下，坚守了一个多月，吐鲁番老城仍然严丝合缝，岿然不动，把叛军熬成了疲态，两军对峙，相互叫骂。
伊斯哈克从喀喇沙尔南下的路上，一路捡人，又有吐鲁番暴民加入，此时已经拥有三万之众，也在盘算怎么将势力渗透进北疆。妥明的求援，符合伊斯哈克战略意图，他立即响应，派巴吾东和卓率三千吐鲁番人前往乌鲁木齐，帮助妥明回军围攻巩宁城。派热合提巴图尔、哈吉巴克，率一千人，绕过乌鲁木齐，前往库尔喀喇乌苏（今乌苏市），为进入伊犁做准备。
伊斯哈克是库车叛匪中最有战略思维的一个头领，自大小和卓叛乱以来，南疆地区历次叛乱，都不敢把手伸向北疆，伊斯哈克是第一个进入北疆的南疆叛匪。他派往乌鲁木齐帮助妥明攻打巩宁城的三千匪徒，全部来自吐鲁番，这些人的死活对伊斯哈克并不重要，他的真实目标，是火中取粟，占领整个北疆地区。
1864年7月，伊斯哈克派出他从库车带出来的两名亲信，阿依丁和卓和哈桑卡斯木，率领一万两千名凑齐了刀枪的叛军，绕过吐鲁番，从七泉湖翻越天山，进入吉木萨尔，向东，直扑巴里坤。伊斯哈克企图一举端掉清军巴里坤大营，封锁住新疆的东大门。
在古城子（奇台），库车叛匪和孚远领队大臣保恒派出堵截的队伍遭遇，协领巴哈布率八旗军、知县文光率甘肃人秦巩组织的民团、吉木萨尔参将倭贺率蒙古兵，共一千三百人，向库车叛匪发起阻击战，双方寡众悬殊，清军死伤过半。
关键时刻，巴里坤领队大臣色普诗新派出增援的一支一百零四人队伍到达前线。这支人数单薄的队伍从外围发动冲击，边战边退，把库车叛军的注意力吸引到巴里坤方向。巴哈布和文光终于获救，库车叛匪一路追击到巴里坤城下，将巴里坤老城围成一只铁桶。
7、巩宁城沦陷
这一年，左宗棠湘军和李鸿章淮军被捻匪紧紧撕咬在山东、河南一带，陕西回乱已经转移到甘肃，河西走廊被回匪阻塞，从甘肃通往新疆的台站、驿站全部被占领，只有蒙古科布多地区还有一条可以到达古城子（孚远）的通道。
军机处命令科布多参赞大臣广凤、乌里雅苏台参赞大臣麟兴，派两万喀尔喀蒙古骑兵从北路出发，增援古城子（孚远），然后西行，配合从伊犁过来的救援部队，解除回匪对巩宁城的围困。此时的乌里雅苏台无论如何也凑不出这两万骑兵，只有科布多方向派出的一千五百人抵达古城子，面对凶悍的蒙古骑兵，占据古城子的回匪不堪一击，迅速溃败。但由于布科多援军得不到最基本的后勤保障，士兵口粮和战马草料供给不上，不得不撤回草原地区。
乌鲁木齐暴乱时，伊犁将军常清统领军队不足六千人，外有沙俄进逼，内有当地维回民众蠢蠢欲动，内外都要防范，用兵捉襟见肘。眼看着乌鲁木齐起火，身为新疆最高统帅的常清不能坐视不管，得到库车已经沦陷的消息后，常清紧急召回刚刚翻过冰大坂的库车增援部队，命令布尔胡德、图库尔率领的索伦营一千官兵，再次翻越天山冰川，直接到达库尔喀喇乌苏，和塔城领队大臣博洛果素带领的五百人汇合，救援乌鲁木齐。
这时候，热合提巴图尔、哈吉巴克率领的库车叛匪已经到达库尔喀喇乌苏，当地回民发动暴乱，迎接库车叛匪入城。库尔喀喇乌苏位于乌鲁木齐到伊犁、塔城方向的中间点，库尔喀喇乌苏暴乱，切断了乌鲁木齐与伊犁、塔城所有联系。
军机处紧急调整部署，命令新任库尔喀喇乌苏领队大臣惠庆到古城子，协助保恒守卫孚远（满城）。命令新任吐鲁番领队大臣札克当阿到哈密，接替文祥的哈密参赞大臣职务。命令文祥率领哈密防卫部队，翻越东天山，沿天山北路西行，援救乌鲁木齐。命令滞留在塔城的叶尔羌帮办大臣武隆额，亲率塔城五百援军，无论如何与布尔胡德、图库尔率领的索伦营取得联系并会师，由武隆额全权指挥从西路救援乌鲁木齐事宜。
面对清政府见缝插针式的调兵遣将，围攻巩宁城的妥明、索焕章叛匪也急了，征调攻打古城子满城的回匪马全所部，征调阜康暴乱的回匪马八所部，与乌鲁木齐回匪汇合，以四万人之众，由最具战斗力的索焕章叛乱回营为主攻，对巩宁城发起猛烈攻击。
此时，东路清军被阿依丁和卓和哈桑卡斯木率领的一万多库车叛匪在巴里坤方向死死拖住，西路清军在库尔喀喇乌苏遭遇当地回匪和库车叛匪的强力阻击，清军在东西两线的救援行动全部失败。
从1864年7月16日巩宁城被围，到10月7日巩宁城沦陷，清军在巩宁城鏊战82天，弹尽粮绝，战马全部被宰杀，树叶和草根全部被吃光。
1864年7月16日，（注：原文如此，此处似应为10月7日）半夜时分，回匪在巩宁城东门爆破成功，攻入巩宁城。
在巩宁保卫战中突围出来的晚清名将、伊犁将军长庚回忆：“九月初三日寅时风起，忽北城上帐房失火，有首缠白市者自帐出，群知为贼谍，争捕之。俄而，城内关帝，城隍两庙皆火起，贼掘东门拥入。忠襄公（乌鲁木齐都统平瑞）在西北城上督战，有请出城图后举者，忠襄公皆眦裂叱之曰，我城亡与亡，诸公生死我不能强顾。遂问城上曰，有敢巷战者从我来。有少年念余辈荷戈相随至鼓楼与余遇，余亦随之行。时鼓楼东贼麇集迎战一时许，从者死过半。忠襄公知事不可为，持佩刀谓众少年曰，我身为大臣不可为贼辱，尔等各觅生路，并厉声谓余曰：无守土者无殉城责，汝其速行！余闻之泣下，意犹未决。忠襄公强之始行。公见众散乃向北叩头起而自戕。余驰入署中抱忠襄公幼子欲奔。忠襄公夫人夺之回，阖宅皆仰药举火以殉。余于是潜出低徊泣涕不知所往”！
据长庚回忆，他冲到府衙抱起平瑞最小的儿子准备突围，孩子被平瑞夫人抢夺回去，转身投入火海，全家人一起殉难。
巩宁城沦陷后，满清品级以上文武官员死难者114人。满汉民众在最后时期集体上城防守，巩宁城坚守长达82天，迟迟不能撼动，令回匪痛恨切齿，妥明下令屠城，“被杀者愈两万，积尸成山”，巩宁城街道和房屋全部被纵火烧毁，满汉两族被屠戮殆尽，几无余生。
