准噶尔人在伊犁河两岸南征北战的时候，清朝入关，把家搬到北京城里，东方大国换了字号。
1653年，巴图尔珲台吉去世，给儿子僧格留下了一个横跨亚欧大陆的丰厚家底，准噶尔人重新统一卫拉特蒙古地区，完成对哈萨克、布哈拉两个中亚汗国的征服，盘踞在南疆的叶尔羌汗国向准噶尔部落称臣纳贡。
1670年，僧格被同父异母的两个兄弟车臣汗、卓特巴巴图鲁杀害，车臣汗夺权没几天，僧格的同母兄弟噶尔丹从西藏回来。他本来皈依在五世达赖的门下当黄教和尚，接到母亲指令，还俗回来抢班夺权，新的草原雄主横空出世。噶尔丹娶了僧格的媳妇、自己的嫂子阿奴为妻，整合楚琥尔乌巴什、鄂齐尔图两部人马，剿灭车臣汗，然后和盟友们翻脸，把帮助自己夺取汗位的楚琥尔乌巴什、鄂齐尔图两支势力统统撂翻，成为准噶尔部落说一不二的汗王。
这一年，吴三桂反叛，满清和三藩在南边打得热火朝天。
1878年，一个南疆来的伊斯兰教白山派长老到伊犁准噶尔汗城，求见噶尔丹，怀里揣着五世达赖喇嘛写的一封亲笔信，“他是那个国家的穆斯林的和卓。伊斯玛业勒汗占据了他的国家，将他赶了出来。你应该派一支军队去收复他的国家，并将它交还给他”。这封信的内容，出自贝柳著写的《喀什噶尔史》。他，指的是这个面黄肌瘦的送信人，名字叫希达叶图拉，后来大名鼎鼎的阿帕克和卓。阿帕克是信徒们给他的尊号，是“宇宙之主”的意思。
准噶尔人和叶尔羌汗国打交道的时间，比纳克什班迪教派在南疆分成黑白两顶帽子的时间还要早。15世纪中叶，也先台吉统治瓦剌部落时期，卫拉特蒙古势力就已经扩张到南疆地区，叶尔羌汗国向东边的大明王朝和北面的瓦剌部落同时纳贡。1616年，准噶尔部落西迁到额尔齐斯河流域，蒙古人对南疆的管控进一步加强。信奉伊斯兰教的蒙古后裔们，表面上保持着和中央王朝、准噶尔部落的双重关系，暗地里和西边几个汗国勾连更紧。
1634年，巴图尔珲台吉率领准噶尔人出征哈萨克汗国，攘外必先安内，准噶尔人翻越天山，先到南疆收拾后院，把念经声音最大的几个和卓修理了一遍，立下规矩，从此以后，叶尔羌汗国只能向准噶尔部落一家纳贡，明王朝的朝贡资格也被叫停。
叶尔羌汗国不是政教合一体制，东察合台汗国的后裔们始终掌握着南疆的管理权。白山派和黑山派都是纳克什班迪教派的分支，两个传教团体的掌门人本身也有血缘关系，为了争夺正溯地位，茶壶里面起风暴，在南疆大打出手，斗得你死我活。
伊思玛业勒汗统治时期，黑山派占据上风，伊思玛业勒汗将白山派长老阿帕克赶出喀什。阿帕克先逃往布哈拉，向那里的宗教长老们哭诉。布哈拉汗国也被准噶尔人摁在地上锤打，腾不出手和脑子管白山派的事。阿帕克看明白了，准噶尔人才是这块地头上的土地爷，准噶尔部落首领噶尔丹是五世达赖喇嘛阿旺罗桑加措的亲传弟子，阿帕克和卓抹着眼泪，一路讨饭，走到拉萨，向藏族和尚请求救助。
1680年，噶尔丹举兵南下，不费吹灰之力，把叶尔羌汗国的统治者伊思玛业勒汗押回伊犁。
但叶尔羌汗国并没有就此消亡，只是臣服于准噶尔汗国，叶尔羌王族成员阿卜都拉什特继任南疆地区新的汗王。阿帕克和卓在五世达赖喇嘛面前撒了谎，他把宗教权力和世俗权力混为一谈，称“伊思玛业勒汗占据了他的国家”，他真正觊觎的，是叶尔羌汗国的王位。阿帕克虽然没有得到世俗权力，但在教派斗争中取得了胜利，白山派对黑山派展开血腥镇压，黑山派和卓们“离开了叶尔羌，被迫回到克什米尔和忽毡（今塔吉克斯坦锡尔河南岸）等地，阿帕克和卓占据了很大的上风”。
《伊达雅图勒拉传》记载，阿卜都拉什特接任汗王后，对白山派屠杀黑山派教徒的暴虐行径极度不满，任命毛拉阿布都拉为“卡孜（宗教法官）”。毛拉阿布都拉对南疆的伊斯兰教徒们公开喊话，“阿克帕和卓是披着德尔维什（阿拉伯语中的穷人）外衣的伪君子、流氓和无赖”。阿帕克不甘心丢掉权力，鼓动白山派信徒闹事，“汗与和卓之间发生了不和，阿帕克和卓去了山区。阿瓦孜伯克也说了汗的坏话，因此汗也被迫进入山地，把叶尔羌的统治权交给了阿瓦孜伯克和伊斯潘迪亚尔伯克，普拉提库孜伯克被任命为喀什噶尔的阿奇木伯克”。
阿卜都拉什特汗离开叶儿羌后，维吾尔文史对他的下落记录不详，汉语历史却从这个时候神奇接棒，留下了清晰可见的印迹——
《清圣祖实录》康熙三十五年（1696年）八月癸巳条：“议政大臣等议奏郎中满都密报，蒋人回回国王阿卜都里什特，昔年为噶尔丹所诱被扑十四年。今噶尔丹败，始得脱身来归”。
《亲征平定朔漠方略》：“先是郎中满都密报曰，回回国阿卜都里什特汗及其子额尔克苏尔唐自危鲁特噶尔丹出来降，告曰，康熙二十一年（1682年），噶尔丹造入于我，讨王言议事，我等往所约伊里地方。噶尔丹尽扑我父子及从人，带我等行走各处。今皇上大兵击破噶尔丹及次日，我等才得脱身来归圣朝”。
也就是说，1682年，阿卜都拉什特汗被准噶尔部落召入伊犁，圈禁起来。1692年，准噶尔部落征战喀什喀蒙古的时候，阿卜都拉什特汗从伊犁逃出来，归附了清朝。这是一个重要的事件点，不管上千年以来南疆和中央王朝关系深浅，在清朝继承中央之国权力正溯后，阿卜都拉什特汗归附清朝，重新确定了天山以南地区与中央政府的归属关系。
清朝初年，清政府和西藏、蒙古各部落、叶尔羌汗国保持着表面上的朝贡和宗藩关系，但政治结构很松散，蒙古地区对西藏喇嘛的认同，高于对中央政权的认同。在此以前，大明王朝只看好农耕地区那一亩三分地，只要藩属区不生事端，一般都不插手周边事务，“薄来厚往”，送一个苹果来，还十个西瓜去，以富足农业文明维持中央之国的尊严和脸面。满清政府是游牧民族建立的新政权，没有文化束缚，对草原有天然的亲近感，家国是天下，天下就是家国，手能伸到的地方，都要拿回来。
清朝前期，主权领土分“内疆”和“外疆”两个部分。“内疆”包括满清自己带入中原的东北资产和明朝疆土，“外疆”从科尔沁草原大回环，由喀尔喀蒙古、卫拉特蒙古、西藏拉藏汗政权等藩王和土司们分别管理。满清还没有完成对中原地区的经略以前，连西南的云贵、中南的两广、东南的福建都划入“外疆”区域，由吴三桂、尚可喜、耿精忠三个藩王分别管理。平三藩、收复台湾后，清朝将外疆地区纳入中央政府统一管理的战略意志已经非常清晰，中俄《尼布楚条约》签订，是康熙准备收回外疆地区的第一步，他反复叮嘱谈判大臣，清朝的战略重心在新疆和西藏，要安顿好后院，在东北地区适度让步，绝不能让沙俄和蒙古人走到一起。
清朝入关后，忙于中原战事，蒙古对清朝的纳贡一度中断。1646年，多尔衮腾出手来，率八旗军横扫蒙古草原，把心怀不轨的蒙古部落拎出来暴打，从1655年起，喀尔喀蒙古恢复对中央的朝贡。1666年，札萨克图部内乱，成衮取得汗位，喀什喀蒙古各部落不承认成衮的继承权，土谢图汗部又趁机夺取了札萨克图部的一部分领地。成衮找准噶尔部落和西藏的达赖喇嘛告状，领地纠纷一直得不到解决，成衮一纸诉状，把土谢图汗部控告到康熙皇帝面前。
1686年，康熙派理藩院尚书阿喇尼到库伦伯勒尔，召集蒙古各部落会盟。准噶尔部落被冷落，安排在群众代表席位上，没有发言权。被告方土谢图汗部没有派人参加。札萨克图部的汗王成衮已经去世，他的儿子沙喇汗继承汗位，前来参加。这次会盟，提出的争议事项有500多件，争争吵吵，最终形成大家都满意的结果，各部落一致要求土谢图汗部归还侵占的札萨克图部领地。
这次会盟的最大成果，是清政府为蒙古草原推出了一位金光灿灿的活佛，第一世哲布尊丹巴驾着七彩祥云，闪亮登场。草原上的事这么乱，大家又选不出一位武林盟主，以后的事就交给佛来解决吧。一世哲布尊丹巴本来是土谢图汗部的活佛，名字叫札那巴札尔，是土谢图汗王察珲多尔济的亲弟弟。清政府把哲布尊丹巴推到与达赖、班禅并列的高位上，一是要阻止达赖喇嘛对蒙古事务的长期干预，二是要堵住准噶尔部落向东扩张的路。五世达赖喇嘛已经给噶尔丹赐封“博硕克图汗”尊号，清政府明白无误地告诉噶尔丹，蒙古人的事，藏族和尚说了不算。
土谢图汗部占了别人的土地，本来是被告，却成了这次会盟最大的赢家。
准噶尔部落本来就不是黄金家族的血脉，在蒙古地区的地位不高。准噶尔西迁后，一半血统被中亚同化，虽然也信奉黄教，终究低人一头，被喀尔喀蒙古视为天然宿敌。库伦会盟结束后，噶尔丹暴怒，给清政府和土谢图汗写信质问：“库伦伯勒尔伯勒齐尔之盟，哲布尊丹巴与阿旺洛哲嘉措抗礼踞坐，大为非理。达赖喇嘛道法，遍及十方。阿旺洛哲嘉措者，原宗喀巴座上之喇嘛，特遣以主盟议事者也。若竟行钧敌之礼，于理顺乎？”
噶尔丹咋咋呼呼，要求清朝给个说法。清朝的说法还没来，土谢图汗部的说法先到了，察珲多尔济和哲布尊丹巴联名回信，骂噶尔丹是“黄毛杂种”。这个书信没有留下文字证据，但内容大概是真的，有“黄蒙古小儿”、“黄毛小儿”多种说法，总而言之，是在揭准噶尔人的短，说他们身上有突厥人的血统。蒙古草原被土谢图汗部烧成一锅沸水。
1868年，土谢图汗部无视库伦会盟决议，拒不交还札萨克图汗部领地，札萨克图汗王沙喇汗盛怒之下，率部西迁，归附准噶尔部落。准噶尔人终于把手伸进喀尔喀草原。这一年，准噶尔人翻越阿尔泰山，到喀尔喀人的传统游牧区科布多放羊。
1688年（康熙二十七年），土谢图汗王察珲多尔济上书中央政府，请求对札萨克图汗部开战。康熙下旨严厉约束，“若厄鲁特先加兵于尔，尔等还击即是。若尔抢先动手，则以构乱论处”。土谢图汗不接受训告，仍然率兵突袭札萨克图汗部，沙喇汗被俘后溺死，喀尔喀对准噶尔的战争就此打响。
1688年5月，噶尔丹在科布多誓师东进，风卷残云，横扫蒙古草原。9月，喀什喀三大部落在苏尼特旗（今内蒙古锡林郭勒盟辖区）阿鲁额勒苏台召开会议，土谢图汗察珲多尔济，车臣汗乌默克，札萨克图汗策妄札布，三个部落的末代汗王聚集在一起，商量出路。失败已成定局，他们要商量的，只是向北投靠沙俄、还是向南投靠大清国的问题。蒙古汗王们拿不定主意，请哲布尊丹巴活佛出来说话。
哲布尊丹巴表态，“我辈受天朝慈恩最重。若因避兵投入俄罗斯，而俄罗斯素不奉佛，俗尚不同，视我肤言异服，殊非久安之计。莫若携全部内徙，投诚大皇帝，可邀万年之福”。
1688年，旧历九月初六日，喀什喀蒙古三大部落向清政府提交请降书，“谨率自古以来历世所辖左翼及相附之右翼诺颜等同请归，依皇上大厦，伏乞大沛，鸿恩劻救。臣等朔日吉旦遣奏”。
准噶尔人铁了心要惩办战争的罪魁祸首土谢图汗和哲布尊丹巴活佛。哲布尊丹巴请求中央政府给予保护，上书康熙皇帝，“向蒙皇上鸿恩，励以勤修功德，钦遵谕旨，礼诵靡懈。不意厄鲁特来焚庙宇，弃掷经典，今未知再能仰副皇上圣旨否。久欲入觐天朝，自念生于荒徼，言词粗陋，不能奏对，是以不果。我众弟子众多，愿依皇上神圣太平之治，以副夙望。仰乞圣恩俯恤，赐以水草善地，且望重建前庙。又左右两翼诸台吉皆奉我为师，言呼图克图欲入，则我等愿从”。
康熙皇帝派理藩院尚书阿喇尼到伊犁，与噶尔丹交涉，要求准噶尔人停止对喀尔喀蒙古的进攻，噶尔丹则坚决要求惩办土谢图汗和哲布尊丹巴活佛。康熙派人赴西藏，要求达赖喇嘛出面调停，制止准噶尔人的挑衅。达赖喇嘛提出，“将哲布尊丹巴遣往青海或者西藏，则政教和谐，太平无事矣”。要挟的态度很明显，达赖不希望蒙古草原上有自己的活佛。
准噶尔人向清政府讨价还价，不依不饶，终于为自己惹下灭族之祸。
1696年二月，康熙皇帝亲率15万大军，西征噶尔丹，历时78年的清朝平准战争拉开序幕。历经康雍乾三代皇帝接力，曾经雄霸中亚的准噶尔汗国灰飞烟灭，只留下一个空旷的地名，准格尔盆地。
东方王朝的疆域扩张，一直遵循“师出有名”原则，哪怕是人为制造出一个理由，也要把理由编制得合情、合理、充分，这就是现代文明理念下的所谓“法理基础”。喀尔喀蒙古战败后归附了清朝，准噶尔部落仍然撕咬着不放，这是中央政府发动平准战争的理由，无论你承认不承认，这是法理，也是事实。
统治西藏的拉藏汗世俗政权长期归附清政府，达赖喇嘛串通准噶尔人夺取西藏政权，拉藏汗被赶出西藏，直接跑到青海给康熙皇帝写状子哭诉，要求清朝出兵。这也是清朝收复西藏的理由，封出去的地盘被人抢了，家长当然要出来管事。只不过，现在的当家人是游牧出身的满清八旗，人家不嫌这些地方山高路远，直接没收私产，收归国有。
清朝的边疆之路，既讲武力，也讲法理，光明正大。不像同时期的俄国人和英国人，到处搞小动作，下绊子使坏，一个扮演小偷，另一个干脆就是强盗。
叶尔羌汗国的法定代表人阿卜都拉什特汗归附清朝，重新确定了清政府收复南疆的“法理基础”。只不过，那时候的清政府正在北疆和西藏两个方向对准噶尔用兵，暂时还顾不上南疆的事。
阿卜都拉什特汗被准噶尔人关押后，准噶尔汗国派遣吐鲁番汗王麻哈马特额敏前往南疆，接管政权。这个人，是阿卜都拉什特汗的亲弟弟，他归顺清朝的时间比他哥哥还要早。1681年（康熙二十年）十月，他的名字已经出现在《清圣祖实录》里，“吐鲁番阿奔木匝法尔苏耳覃马哈麻特额敏巴哈笃尔汉造伊思喇木和卓进贡，并疏言，前遗使进贡，曾奉上谕，五年一次进贡。臣国地方，遭逢荒乱，已故未得如期进贡。今幸安宁，造伊思喇木和卓前往进贡。但天朝建都极东，臣地据极西，以后应否照例进贡，请赐载夺”。
这一大串长长的名字，“阿奔木匝法尔苏耳覃马哈麻特额敏巴哈笃尔汉”，是这位马哈麻特额敏的封号，“造伊思喇木和卓”是他的宗教身份。他给清朝上书中说，前面派使者去进贡的时候，皇帝指示我们，五年进贡一次就可以了。我（臣）们这个地方，遇上了兵荒马乱，所以没有按时进贡。现在稍微安宁了一些，赶紧派人把贡品送来。天朝上国的首都在东边，而我们又在偏僻的西边，远得很，以后是不是还要遵照前面的要求进贡呢？请皇上指示。
早在1679年，准噶尔汗国就已经征服了东面的吐鲁番，这个地方离天朝上国近，吐鲁番人两头骑墙，可以理解。不管怎么说，吐鲁番早早归附了清朝，证据是铁定的。而且，准噶尔部落本身也是大清帝国的藩属区，康熙派人调停准噶尔和喀尔喀冲突的时候，噶尔丹对清王朝的态度也老老实实，客客气气，比如噶尔丹写给康熙皇帝的书信中，经常有“跪于威灵前”、“上书请罪”、“凡有谕旨，谨遵行之”等极尽恭顺的话语，相关资料见蒙古堂档，康熙二十五年、二十六年档。
准噶尔统治时期的南疆文史，有《喀什噶尔史》、《和卓传》两部，事件大体一致，但说法相互矛盾。比如马哈麻特额敏上位，《喀什噶尔史》记载是准噶尔部落从吐鲁番派遣过去，而且走了个假惺惺的民主程序，“叶尔羌百官们推举为汗”。《和卓传》的记载则是另一种说法，说白山派教首阿帕克深明大义，把汗位让给了马哈麻特额敏。说明，阿帕克的目标始终是要推翻叶尔羌汗国，企图在南疆建立政教合一的政权。
马哈麻特额敏统治时期，吸取了他哥哥阿卜都拉什特汗的教训，向白山派宗教势力妥协，把自己的妹妹哈纳姆帕德莎嫁给阿帕克和卓，尽量避免政权与宗教发生矛盾。阿帕克和卓也通过这桩政治婚姻，掌握了南疆地区的宗教权力。
短暂的和平很快结束。1688年，准噶尔对喀尔喀蒙古发动战争，噶尔丹的侄子策妄阿布坦趁机反叛，又一个草原雄鹰横空出世，占领伊犁和博尔塔拉地区。马哈麻特额敏有没有和中原王朝取得过联系，不知道，但他确实抓住了这个时间点，宣布南疆地区脱离准噶尔部落统治，整顿武备，向伊犁进发，准备包抄噶尔丹后路。
依靠准噶尔人上位的白山派教徒，不同意和准噶尔人翻脸。阿克帕和卓指示阿克苏教众叛乱，阻挡住从喀什到伊犁的进军路线。《喀什噶尔史》记载：
“阿帕克和卓支持阿克苏统治者虎答扁迭速檀反叛，马哈麻特额敏派遣军队进攻阿克苏，并打死虎答扁迭速檀，还把他的儿子伊斯坎德尔速檀被流放到别处。
汗不满于阿帕克和卓的行为，结果他们之间出现事端。汗以旅游为借口离开城市，阿帕克和卓立刻派人联系儿子，小和卓从喀什赶到叶儿羌占领了汗庭。汗从哈尔哈里克（今叶城），再退到库拉干，阿帕克和卓在河畔扎营。这时米尔扎萨热克、达尔扎·吐列等人背叛汗纷纷倒戈，但汗对他们的行为感到羞耻，自己没有逃跑。
马哈麻特·额敏汗是个非常勇敢之人，他面对了死亡，阿帕克和卓的仆人们杀死了汗。阿帕克和卓木推举自己的儿子为汗，称他为叶海亚汗，以他的名义念了胡图白”。
阿克帕家族通过暴乱，夺取了对南疆的统治权。即使在这个短暂过程中，南疆名义上的统治者仍然不是阿帕克本人，是他的儿子叶海亚。政权统治者仍然称“汗”，而不是和卓。
阿帕克的好日子没过多久，1895年，不堪忍受白山派欺辱的黑山派教徒们，在叶尔羌发动叛乱，阿帕克和卓被愤怒的黑山派教徒砍杀。这位号称“宇宙之主”的宗教长老，并非多数文史所说的“卒于叶尔羌”，他没有寿终正寝，他在宗教暴乱中死于非命。
阿帕克死后，黑山派教徒从吐鲁番请来阿卜都拉什特汗的另一个弟弟马哈麻特木明，继承汗位，称阿克巴锡汗。黑山派长老达涅尔和卓被推举为南疆地区宗教领导人，阿帕克家族势力遭到沉重打击。叶尔羌在今天的莎车县，距离喀什约二百四十公里左右，在这样的形势下，阿帕克遗体是怎么运到喀什安葬的，不得而知，他的陵墓（麻扎）在今天喀什市浩罕乡一个叫香妃园的景区内。
遭受接二连三的打击后，白山派教徒终于醒悟过来，叶尔羌不是他们的地盘，他们反复争夺“叶尔羌汗国”这个政治躯壳，是在用自己的短板和黑山派较劲。喀什作为南疆地区新的政治中心，被宗教势力勾画出来，白山派在喀什另立山头，和当地的布鲁特（柯尔克孜）人结盟，建立起以喀什为中心的白山派根据地。
1700年（康熙三十年），喀什白山派取得宗教战争的最终胜利，叶尔羌末代汗王阿克巴锡汗在英吉沙尔战死。
从那个时候起，南疆政治中心移位，从叶尔羌（莎车）移到喀什。在宗教战争中获得胜利的白山派也有过短暂的犹豫，建立统治政权的方式有三种，要么恢复叶尔羌汗国旧制，要么归附东方大国和准噶尔汗国。恢复叶尔羌汗国旧制，意味着他们必须和人口数量庞大的柯尔克孜（布鲁特）人分配权力，而柯尔克孜人背后站着他们的同族兄弟浩罕国和布拉特汗国。东方大国暂时靠不上，白山派最终决定归附准噶尔汗国。
《喀什噶尔史》记载，“阿克伯克跟从叶尔羌参战而赶来的人们结盟，以米尔扎阿里木沙伯克为首的叶尔羌伯克们的名义，写信给浑台吉（策妄阿拉布坦）请求援助。浑台吉收到信以后，派朱库剌卡失噶为首的卡尔梅克军队、阿克伯克为首的阿克苏军队和阿瓦孜伯克为首的库车军队前去援助。援军一到，吉尔吉斯人离城逃跑了”。
为了对付新的、共同的敌人柯尔克孜人，白山派和黑山派重新结盟，联名写信给准噶尔部落首领策妄阿拉布坦，请求归属。准噶尔军队抵达南疆的时候，已经占据喀什的柯尔克孜人望风而逃。
《清圣祖实录》对此也有记载，1700年（康熙三十年），哈密札萨克额贝杜拉达尔汉伯克向清朝上书，“侦得策妄阿拉布坦处，哈撒克、布鲁特合兵，欲征哈思葛尔”。这是喀什以新的地名最早出现在清朝文史，“哈思葛尔”即“喀什噶尔”。
另据《和卓传》记载，黑山派宗教长老达涅尔和卓对准噶尔人占领叶尔羌也非常配合，“脱离事端不愿继续抵抗，开城门欢迎准噶尔人”。
准噶尔人再度统治南疆，雄才大略的策妄阿布坦再也不想走过去的老路。在宗教方面，将喀什圈定为白山派势力范围，将叶尔羌、阿克苏、库车等地区划为黑山派势力范围，重点扶持黑山派，鼓励黑山派发展信徒、建立威望，使之发展到能与白山派平等共存的程度。在行政管理方面，不再起用叶尔羌王族后裔，也没有采用今天很多资料所说的“伯克制度”，策妄阿布坦把南疆地区的管理权交给黑山派长老达涅尔和卓。
为限制伊斯兰教权，准噶尔人把白山派和卓阿帕克家族、黑山派长老达涅尔和卓，全部押解到伊犁圈禁起来。策妄阿布坦很快意识到，白山派对世俗权力的反复争夺，才是南疆地区的动乱根源，黑山派对世俗权力从来没有过觊觎之心。达涅尔和卓被解禁，送回南疆，为准噶尔人管理南疆政权。白山派和卓被长期圈禁在伊犁，一直到乾隆平定准噶尔后才解放出来。
《和卓传》记载，“洪台吉把四城的和卓权利和汗位都交给达涅尔和卓，允许他回到自己的城市传播自己的教义。这样，达涅尔和卓获得带领教民的资格，并成为叶儿羌的国王，统治了喀什、阿克苏与和田等地。他有时去伊犁拜访卡尔梅克王（策妄阿布坦），择时归来。长时间过着这样的生活”。
达涅尔和卓出任南疆大总管以后，准噶尔人直接往南疆派驻官员，称“哈喇罕”。《和卓传》记载，“每个城镇中有15名准格尔官吏驻守，他们自己监督所在城镇的动态，这些准格尔官吏被称为哈喇罕”。《清高宗实录》记载，“从前额鲁特时，在维吾尔人的各个城市中派一名哈喇罕人，一名和卓，将各城人口服役造册，除老弱外”。
由于文字短缺、语言理解、资料翻译等问题，维吾尔文史把准噶尔派往南疆官员“哈喇罕”所承担的行政管理和赋税征收职责，错误解读为“专门负责办理礼品事宜”，把行政管理下的税收制度描述成“礼品”和“纳贡”，使准噶尔人对南疆的行政管理史严重缺失，以“奴隶制”、“伯克制”一蔽了之。清朝收复南疆后，才有了军府管理下的“伯克制度”，大清国六品以上伯克全部有名有姓，有档案记录。准噶尔统治时期所谓的“伯克”，是维吾尔历史按照本民族语言文字使用的惯称，并不是准噶尔统治政权授予的官方职务。
准噶尔对南疆的统治史，毫无意外地被描写为“掠夺史”“剥削史”和“残酷压迫史”。准噶尔人真有那么坏吗？看一下策妄阿布坦时期禁止私设法庭和禁止奴隶买卖“二号敕令”：
对厄鲁特人与和顿人之间的诉讼，应严正地加以审理。如今与我们有亲密关系的和顿人，应该像同族人一样公正对待，决不应该将不正义同正义混淆起来，稍微差别对待，折磨他们。
对于和顿人，应按旧的法规，普遍履行手续，进行公正的审判。我国人民中不得贩卖别国人作奴隶。如有发现买卖情形，就应逮捕买主或卖主，并有权没收这种买卖的款项。秘密进行人身买卖者，一经发觉，应征收其代价的二倍，作为罚款，并解放那个奴隶。从前已经有奴隶的人，承认所有权，但决不能不公正地对待奴隶；作为战利品的奴隶的人，与奴隶不融洽时，也不能卖，应该不给任何东西逐出家门。
全布哈拉的和顿族也可建立自己的法庭，但主要诉讼案件，应由我们来裁判。
“厄鲁特人”，指南疆地区的柯尔克孜人。“和顿人”，是准噶尔人对维吾尔人的称呼。
叶尔羌汗国时期，奴隶是大地主和维吾尔权贵的私有财产，公开买卖，没有生命权，不受法律保护，汉语文史把这部分人音译为“燕齐”。准噶尔人禁止维吾尔社会继续进行奴隶买卖，保护每个人天然的生命权，是社会文明的一大进步。在一些历史文献中，准噶尔人禁止南疆奴隶买卖的重大举措，被污蔑为“实施经济目的为掠夺的统治方法”，“使一年比一年加重的贡赋来源得到法律保证”。
策妄阿布坦时期，准噶尔部落收缴南疆四城由大地主私造的货币，统一铸造、兑换成新的普尔钱。《西域图志·钱法》记录，“回部旧属准噶尔，所用普尔钱文，质以红铜为之，制小而厚，形圆椭而首微锐，中无方孔。当策妄阿拉布坦时，面铸其形，背附回字，葛尔丹策凌嗣立，即易名更制”。准噶尔人统一货币后的南疆普尔钱，每文重二钱到四钱，正面使用维吾尔文字，背面铸有策妄阿布坦和噶尔丹策凌的字号。在一些历史文献中，准噶尔人统一南疆货币，被认为“在天山南路发行铸钱，是准噶尔汗国对维吾尔人民采取经济剥削和压迫的一个重要手段”。
