3、清朝兵制与新疆治军
清朝的国家治理，是军管体制下的国家行政治理模式。即，皇帝是清朝八旗军的最高统帅，在八旗军监护下，全国各机构、各地区、各部门自上而下实施行政管理。满人和汉人，军府和政府，八旗军和绿营军，采用完全不同的两套体制、两套官制和两套运行模式。
八旗军是大清国的主力部队，也是他们起家的部队。女真人以渔猎为生，早期围猎的时候，每十人分成一个小组，有人持弓射箭，有人追堵抓捕，这十个人组成的渔猎生产单位，就是一个“牛录”。努尔哈赤起兵以后，把这种生产方式转变为组兵方式，仍然以十人为小组，配合作战。随着女真各部不断被兼并，部队的规模越来越大，对作战单位进行扩编，一个牛录扩编到三百个兵。牛录是八旗军最基本的作战单位，相当于今天的一个营，首领叫牛录额真，额真是主子的意思。
五个牛录组成一个甲喇，共一千五百个兵，相当于今天的一个团，领军叫甲喇额真。五个甲喇再组成一个固山，七千五百个兵，相当于今天一个师的规模。
固山，在满语中是旗帜的意思，每个固山采用一种颜色的旗帜。最初只有四个固山，努尔哈赤将这四个联合作战单位改编为四个旗，正黄旗、正白旗、正蓝旗、正红旗。这是兵民合一、
极为高效的军政联合体，入旗的兵丁负责打战，他们的家属继续从事渔猎生产，负责后勤保障，旗内军兵和家属全部归旗主管辖。固山改编为旗，领军职务也相应改变，固山称“都统”，甲喇称“参领”，牛录称“佐领”。
1665年，努尔哈赤吞并了海西女真三部，增设了镶黄旗、镶白旗、镶蓝旗、镶红旗四个旗，旗帜镶上红边作为区别。镶红旗不能再镶红边，镶成白边。满洲八旗从此成为定制。
八旗改编后的十年，努尔哈赤带领八旗兵南征北战，先后统一了建州女真和其他女真部落，向西兼并了喀尔沁蒙古，向南占领了辽东大部分地区。这时候的八旗兵，经历了无数的战火洗礼，每个旗都骁勇善战，以一当十，威震天下。皇太极接位以后，遇到了袁崇焕这个硬骨头，在山海关屡屡碰壁，于是转身向西，纵横大草原，击败了蒙古最后一位大汗林丹汗，蒙古各部落向后金王朝纳“八白之贡”，附属称臣。
1636年，皇太极撤掉后金字号，正式启用大清国号。这时候，明王朝的后院已经着火，李自成、张献忠前赴后继举旗造反，大清国趁中原战乱，完成对草原地区的全面征服，大明王朝在辽东地区的领军统率李永芳、祖大寿、孔有德、耿仲明、尚可喜等人降清。皇太极将归附满清的蒙古军队整编为蒙八旗，将入关以前投降满清的明朝降兵整编为汉八旗。
1644年，吴三桂投降清朝，引领清军入关，八旗军号称“二十万大军”，实际总兵力十二万，包括已经入编的蒙古八旗两万人、汉八旗三万人。
清军入关初期，控制着长江以南地区的南明王朝，仍然有近百万大军，一亿左右人口。但这个奄奄一息的王朝已经被马士英、史可法等人控制，在东林党人的权力斗争中，四分五裂，迅速崩溃。清军入关后，不善于在山地纵横、水域交错的中原和南方地区作战，大量明朝降兵投降归清，成为南明覆灭的主力军，这是一串写不完的汉奸大名单，仅总兵级官员，就有吴三桂、吴六奇、田雄、徐勇、李国英、张天福、刘芳名、高弟、张天禄、卢光祖、李化熙、胡茂祯、孔希贵等十余人。明朝降军被清军收编后，统一使用一面绣着飞龙的绿色旗帜，他们在八旗军的监督和配合下，充分发挥步战、水战等优势，最终扫平汉地，灭掉了南明。
清朝收编的明朝国防军总数在六十万左右，人数最多的投降队伍来自史可法精心打造的江南四镇。因为统一使用绿旗，入关以后从明朝投降整编过来的清军统称“绿营军”。大清立国战争中，绿营军是后期战场的绝对主力，“扬州十日”和“嘉定三屠”中，有我们汉族人自己的影子。
大清国立国以后，知道任自己这一百多万人，统治这样一个大国，如履薄冰，必须建立起一套严密、高效的统治体系。在政治方面，剃发易服，强推满化，彰显皇权。在文化方面，则全面向汉文化屈服，尊孔崇儒，开科取士，大量吸收汉人知识分子入朝为官，快速和汉文化融合。终清一朝，共开科取士一百二十期，进士两万六千多名，满人进士只取了三个，蒙古人只有过一个进士，其它名额都给了汉人，兑现了“旗人不占鼎甲”的承诺。
从开科取士的人数可以看出，满清统治阶级的主力，仍然是汉人精英，郡县制地区的体制内官员，多数由汉人担任。
那么，谁来监督这个人数庞大的汉人官僚体系呢？这个任务由分布在全国各地的八旗军承担，皇帝是八旗军的最高统帅。大清国在全国各地设十四个将军府，“驻防将军”由清一色的满人领衔，蒙古人也有出任将军的事例，没有一个汉人担任过清朝的将军。从前清到晚清，只有岳钟琪一个汉人被授予过“宁远大将军”职务，但“宁远”本身不在十四个“驻防将军”之列，岳钟琪的“大将军”是战争时期的统兵官衔，不是编制内的“将军”官衔。
既然“旗人不占鼎甲”，满人不能不以科举入仕，八旗军各级军官以什么标准任用和提拔？清朝建立了一套完善的军功奖罚制度，有功必奖，有罪必罚，军功是八旗军获得官职的唯一通道，皇亲贵胄也不例外。满人早期的军功制度，基本能保证一人入甲、全家供养；皇亲国戚更有固定俸䘵，能保证一辈子衣食无忧。要想当官，则必须从军打战，通过军功获得提拔。皇帝身边的近身侍卫一般都有四品以上官衔，近水楼台先得月，外派到军队中去，起步即可获得相应品级的职位。但要再往上提拔，也只能靠军功说话。清朝是中国历史上军功奖罚制度最为严明的一个王朝，从根子上说，清王朝才是一个不折不扣的军国主义国家。
围绕着皇权和统治，满清政府建立了一套严密、完整的军国主义管理制度。军国主义统治核心，始终是满清从东北起家的八旗军。
满清入主中原后，将八旗军制进行改革，分为三个部分：关外八旗、京营八旗、驻防八旗。
“关外八旗”在历史上出现很少。东北地区是满清起家的龙兴之地，满清主力部队入关以后，东北地区留给亲疏关系相对较远的汉八旗和蒙古八旗驻防，这部分八旗军被称为“关外八旗”。“关外八旗”参与内地战争的机会不多，今天连“蒙古八旗”和“汉八旗”都淡出了历史视野。
“京营八旗”是满清在东北起家的子弟兵，是八旗主力中的主力、精锐中的精锐，驻防京畿，负责首都安全，保卫满清皇帝。部署和统领情况为：亲军营，由内侍卫大臣统领，负责皇帝的近身安全保卫工作。前锋营，由前锋统领管辖，属内卫部队，负责皇宫内外的安全保卫工作。护军营，由护军统领衙门节制，负责紫禁城防卫、皇宫会议安全检查、皇宫飨食采购和内勤事务。步军营，由步军统衙门管辖，负责首都北京的卫戍、警备、治安等工作。骁骑营，是八旗军中规模最大的作战部队，由正黄旗都统节制，长期驻扎京师，是拱卫京师的主要作战力量。其他兵种属于机动部队，如，火器营是配备了强大火力的炮兵部队，神机营是全员配备洋枪的特种部队，健锐营是以骑兵为主的机动作战部队，圆明园护军营是负责圆明园防卫的专门部队。
“京营八旗”是满清皇室的御林军、禁卫军，所以又叫“禁旅八旗”。从这一名称就可以看出，“京营八旗”一般不离开北京驻地，一般不参加对内、对外战争。京营八旗的官阶非常高，每个营的主官，都是从二品以上官员，与都统、提督、巡抚平级。清朝分布在全国各地的八旗驻军统领，多数是从“京营八旗”中选拔出来的优秀军官。
为了加强对全国各地政治、军事、战略中心的控制，清朝在中心地区、边疆地区、藩属地区长期派遣八旗军驻守，称“驻防八旗”。清朝的战略防线划分情况为：运河驻防线、黄河驻防线、长江驻防线、东南沿海驻防线、京畿驻防线、关外驻防线、塞外蒙古编旗驻防线、甘肃新疆驻防线等。依据驻防线分布，设十四个“驻防将军”，分别驻守盛京、吉林、黑龙江、绥远、江宁、福州、杭州、荆州、西安、宁夏、伊犁、成都、广州、乌里雅苏台。
各地“驻防将军”全部是一品大员，其中，盛京、吉林、黑龙江、伊犁、乌里雅苏台五处将军官高一级，为正一品，与总督同级；其余驻防将军全部从一品，与巡抚同级。
“驻防将军”是事务区域内的八旗军最高统领，官衔略有差异，职责和事务等同，没有谁高谁低。新疆在中国近代史上的情况最为复杂，伊犁将军出现频次太高，所以出现“伊犁将军”被无度拔高的情况，“伊犁将军”被描述成新疆地区的军政一把手，这不是事实。比如金顺，从乌里雅苏台将军调任伊犁将军，是平级调动，没有升官。再比如志锐，从伊犁将军调任杭州将军，也是平级调动，没有降级。
“都统”和“副都统”，是清朝在各国各地设置的另一个军府系统，级别略低于“驻防将军”，但属于独立的作战和军务机构，将军对都统没有管辖权，不是上下级关系，除非战争时期授权节制。
清朝官例中的“副”字，都不是今天的副职，民国以前的中国官例中只有一人主事，一般不设“副职”。包括“副将”、“参将”等，是独立作战单位的一把手主官。比如，副将相当于今天一个团长，参将相当于今天一个营长，不是副手或参谋的意思。
阅读清史，只要“京营八旗”和“驻防将军”，都是皇帝直接统帅的部队，将军们都有专折奏事权，直达天庭，只负责军务，一般不管理地方事务。只要“都统”和“副都统”，都是兵部直接管理的部队，“都统”们比“将军”们多了一个职责，要兼管旗务。满人在各国各地的民政、俸䘵、抚恤、诉讼等事务，都不由地方衙门管辖，由当地“都统衙门”处理。
所以，“都统”们才有军政兼民政的事务统领权。因为这个原因，设立“都统”的地方，多数与设立“将军”的地区重叠，如江宁、福州、杭州、荆州、成都、广州、西安、伊犁、宁夏等地区，既是“将军府”驻地，也是“都统衙门”驻地。从这一点可以看出，“驻防都统”的设置，很大原因是要把“驻防将军”从八旗民政事务中剥离出来，专心军务。“伊犁将军”也不例外。
有清一朝，京营以外的八旗军“驻防都统”设立过三个，察哈尔、热河和乌鲁木齐。全国共设29处“驻防副都统”，不一一例举。另外，在“驻防将军”和“驻防都统”事权区域以外的重点军事管理区，设“专城副都统”四处，分别是，密云副都统、山海关副都统、青州副都统、凉州副都统。
甘肃行政西移后，乌鲁木齐行政权管辖划归甘肃，乌鲁木齐参赞大臣改职乌鲁木齐都统，统领吐鲁番、哈密两个札萨克行政区和北疆甘肃行政辖区的八旗军民事务。
“都统”和“副都统”以下，八旗军各级军事主官为：协领，相当于今天的团长；参领，相当于今天的营长；骁骑校，相当于今天的连长。
在《新疆同治暴乱那十年》中已经讲到，清朝中后期的参赞大臣是地方事务总管，办事大臣是朝廷派驻官员，“领队大臣”是清朝在郡县地区、边疆地区、藩属地区设立的八旗军务兼满人事务官员。再把这几条线梳理出来，清朝的八旗管理制度就清晰了，皇帝直接统领“京营八旗”和“驻防将军”；兵部自上而下，统领“都统”、“副都统”和“领队大臣”。
那么，人数最多的汉军队伍，又是怎么管理的？
如果说，八旗军是清朝手握特权的“护国部队”，绿营军便是清朝真正的国防部队。绿营军结构相对简单，与明朝和近现代差别不大，没有那么多错综复杂的权属分配和交织。清朝绿营军总兵力长期保持在六十多万人，分驻在全国各战略要地，归各省的总督和巡抚节制，形成了以省为单位的各个军区。
本省绿营的最高统帅，叫提督，相当于今天的省军区司令。提督下面，是各镇总兵，相当于军分区司令。镇下面是标，标下面是协，协下面是营。营是基本作战单位，每个营五百人左右，与八旗军惯称的牛录人数相当。
清朝的提督，全称为“提督军务总兵官”，官阶从一品，统辖一省陆路或水路的全体绿营官兵。再从职能划分，将一些地区分为陆路提督与水师提督，掌管区域通常能扩大到一到两个省。清朝在全国各地共设置陆路提督12位，分别是：直隶、福建、湖北、陕西、甘肃、新疆、四川、湖南、广东、广西、云南、贵州。水陆提督2位，分别是江南、浙江。
由满人统领的“提督”只有一个，是大名鼎鼎的“九门提督”，全称“提督九门步军巡捕三营统领”，由步军统领衙门管辖，是绿营军以外唯一官称“提督”的国家保卫机构。
新疆提督最早设在巴里坤，称“巴里坤提督”。乾隆后期移驻乌鲁木齐，称“乌鲁木齐提督”。新疆建省后，移驻喀什，称“喀什噶尔提督”。无论叫什么名称，清朝在新疆只设立一个提督，是新疆绿营军最高统帅。
清朝的“总督”号称封疆大吏，是管辖区域内绿营军最高统帅，对提督有节制权，位高权重，“总督”却不是军职，仍然是行政事务官员。所以，“提督”才是清朝汉人军队的最高官职。太平天国以后，为了奖励战争有功人员，给很多战功卓著的汉族军官封赏“记名提督”，这是一个虚衔和荣誉，不代表实际掌兵权。
清朝的总兵官和明朝又有区别，明朝国防实行“卫所制”，“总兵”属于军衔性质，有事派出去打仗，负责一处卫所，没事在家闲着。清朝的总兵是实权实职，一个萝卜一个坑，“记名总兵”和“记名提督”一样，不具有实职。清朝在全国各地的总兵定员共83名，其中，陆路总兵70名，水路总兵13名，统辖全国十八省614个防营，总兵力约63万。
总督辖提督，提督辖总兵，总兵辖各级作战单位。总督以上，绿营军的统兵权属于兵部，但总督权力太大，兵部基本上没有作战指挥职能，只负责军队调配和后勤物资调配，类似于今天的国防部职能。反过来，为加强总督对绿营军的节制权，很多重要岗位的总督在战争时期，都要补授一个“领兵部尚书衔”，强化总督在战争时期的统兵、调兵权力。
绿营军与八旗军的序列、官阶对应，“提督”相当于“将军”，军事管辖范围往往比将军大，但官阶和权力又比将军小。总兵领一“镇”，大约是今天的军级指挥员。副将、参将领一“标”，大约相当于今天的师旅级别。游击、守备领一协，大约相当于今天一个团长。千总、把总领一“营”，是最基础的作战单位。清末新军改制，将清朝中前期的绿营军系统做了简化和细化，每镇2协，每协2标，每标3营，每营4队，每队3排，每排3棚，我国现代部队的军师旅团营连排班由此而来，奠基人正是窃国大盗袁世凯。
把清朝兵制理清楚，就知道，伊犁将军是全国十四个“驻防将军”中的一个，统辖区域为原准噶尔汗国统治区，包括，境外七河地区、伊塔地区、南疆地区。
清史文献中的“回疆”专指今天的南疆，“回疆”不是今天新疆的全部区域，这是被新疆近代史一再混淆的重点。伊犁将军是清朝军府制度在新疆的代理人之一，不具有其他特权。在伊犁将军辖区内，有专管八旗事务的“伊犁副都统衙门”，受兵部管辖。有负责行政、民政、法政等事务的“伊犁直隶厅”，受甘肃布政使管辖。
乌鲁木齐都统是吐鲁番、哈密、甘肃北疆行政区的八旗军统领和八旗事务统领，由兵部节制。新疆提督是新疆境内绿营军最高统帅，受陕甘总督节制。
在战争时期，经过朝廷授权后，伊犁将军一般都会出任新疆所有参战部队的最高统帅，包括内地来的援军，也包括八旗都统、绿营提督、领队大臣。新疆近代史把伊犁将军的节制权严重泛化，比如朝廷某一次授予节制权的谕旨，被引用出来；什么时候收回去了，却不作交代。
军府和郡县并存，八旗和绿营协防，北疆的县令、东疆的札萨克、南疆的伯克们平行共治，是清朝维护新疆稳定的基本模式，是中央在新疆实施有效管理的具体措施，是中华民族多元一体格局在新疆长期存在的历史证据。
4、新疆驻军和分治
—— 决策过程
1759年（乾隆二十四年）8月，清朝收复新疆全境，结束了新疆数百年地方割据、八十年长期战乱的苦难历史。清政府宣称，“准噶尔荡平，凡有旧游牧，皆我版图”。北疆是准噶尔游牧地区，南疆是准噶尔藩属地区，理所当然回归祖国怀抱。天山南北终归一统，清政府决定，将新疆置于中央政府直接、有效的行政管辖范围内，全面部署新疆驻军。
驻军是国家主权的法理体现。新疆主权，是中华民族几千年持之以恒的文化沉淀，是一代又一代人用生命浇铸出来的铁血之花，是中国人民数百年英勇奋战的历史成果。还有，历代中央王朝，历代中央政府，历代中华儿女，前赴后继，接棒接力，为新疆付出的巨大牺牲。
为清晰呈现新疆建省以前国家在新疆的有效治理，对清朝在新疆的驻军情况做以介绍，以国力鼎盛时期的乾隆一朝为例，看看我们的国家为新疆付出了多么大的主权成本。
清朝对新疆的直接行政管辖，从巴里坤开始。1754年（乾隆十九年），乾隆皇帝发动第一次平准战争，清军兵分两路，北路从乌里雅苏台出军，西路从巴里坤进发。战争开始后，乾隆皇帝考虑平准战争结束以后的军事布防问题，“将来事定后，巴里坤仍须驻兵防守”，“巴里坤管辖兵丁办理事务，不可无大员专任”。
1755年（乾隆二十年）6月，清政府命令定边左副将军策楞、正白旗蒙古副都统三格，领兵驻扎巴里坤，策楞任巴里坤办事大臣，三格任巴里坤协办大臣，他们是清朝在新疆任命最早的两个官员。1756年（乾隆二十一年）2月，“命给驻扎巴里坤办事大臣和起等钦差大臣关防”，下发印件，这是清朝中央政府直接管理新疆的开始。
平定阿睦尔撒纳叛乱的时候，清朝开始为接管南疆做准备。1757年（乾隆二十二年）11月，清政府决定在南北疆交通要道设立军政机构，位置选择在维吾尔人聚住密集的吐鲁番鲁克察克（今鄯善县鲁克沁镇），设辟展办事大臣。“查鲁克察克、喀喇和卓、吐鲁番俱系回人居住，惟辟展旧堡尚系空闲，应请苫盖仓厫，收贮屯田所获与巴里坤、哈密运来粮饷、军械、农器等件”。辟展是鄯善县的维吾尔语名称，办事大臣衙门设在今天的鲁克沁镇。考虑到“进剿官兵口粮及籽种器具均须大员经理”，辟展办事大臣由署理西安巡抚（陕西巡抚）永贵前往上任，这是一个二品大员，相当于今天的省部级高官。辟展办事大臣是清朝在新疆正式设立的第二个军政机构。
平准战争后期，乌鲁木齐中心地理位置骤然凸显。1758年（乾隆二十三年）1月，乾隆命令一等侍卫努三率队前往乌鲁木齐，考察屯田驻防事宜。努三报告，“木垒至乌鲁木齐屯田约需兵丁六千有奇”。乾隆皇帝命令驻扎在凉州、甘州的7000名绿旗官兵移驻乌鲁木齐，努三就地留任乌鲁木齐办事大臣，“努三从前专办哈萨克贸易事务，其乌鲁木齐屯田，即着兼管”。1760年（乾隆二十五年）1月，清政府颁发“总理乌鲁木齐屯田贸易事务大臣钦差关防”信印，这是清朝在新疆设立的第三个军政机构。
清朝平定在小和卓叛乱初期，军需物资从安西（瓜州）进哈密，转运到巴里坤，再从吉木萨翻越东天山，到吐鲁番七泉湖中转。1758年（乾隆二十三年）7月，陕甘总督黄廷桂奏称，已经勘察出一条从哈密经过火焰山峡谷，直接通往南疆的道路，骡马和骆驼都可以通行。乾隆皇帝决定，此后派往南疆的官兵都走吐鲁番南路，后勤物资基地设在哈密。“传谕（甘肃）布政使衔德舒即赴哈密妥协办理，仍着甘肃巡抚吴达善亲往督率”。吴达善是最后一任甘肃巡抚，在他的任期内，清朝裁撤甘肃巡抚一职，甘肃行政事务由陕甘总督兼理。所以，哈密办事大臣设立，严格来说是甘肃行政范围内的事，“此为哈密驻扎钦差大臣之始，维时一切文移均钤用巡抚关防。嗣后巡抚吴达善回肃，乃用防镇之印”。以今天行政区域而论，哈密办事大臣是清政府在新疆设立的第四个军政机构。
清朝在新疆各地的“办事大臣”均领“钦差大臣”官印，这四个机构，是清朝收复新疆前后，清朝政府在新疆设立的中央直属机构。也就是说，在甘肃行政西移、设立伊犁将军以前，清政府已经开始对新疆部分地区实施直接、有效管辖。
清朝对伊犁的行政管辖起步最早，落地最晚。1756年（乾隆二十一年）9月，清军收复伊犁，乾隆皇帝指示，“若不驻兵屯田，则相近之哈萨克、布鲁特等乘机游牧，又烦驱逐。大臣等自当办理妥协，不可苟且塞责，以图早归。看来驻兵中田，惟当渐次扩充，今岁照原议派兵五百名，回人三百户”。从这时候起，清朝开始在伊犁实行移民屯田政策，从乌鲁木齐到伊犁设四个屯垦点，每个屯垦点驻扎800名屯田兵，派游击、都司各1人，负责管理。
按照清朝早期规划，新疆不单独设立行省，并入甘肃。1758年（乾隆二十四年），清政府决定，撤销陕甘总督、四川总督两个职位，陕西、四川两省合督，设“川陕总督”。将甘肃从原来的“陕甘”督署权中剥离出来，与新疆合并，设“甘肃总督”，陕甘总督杨应琚调任新设立的“甘肃总督”。
1758（乾隆二十四年）年11月，“甘肃总督府”从兰州迁移到甘州（张掖），杨应琚赴新疆考察，筹备郡县改制。杨应琚提出方案，当时新疆全境人口只有130多万，居住分散，全面设立郡县的行政资源耗费过于巨大，而且没有可派驻的官员。杨应琚提出“军府模式”，以乌鲁木齐为行政中心，设乌鲁木齐提督一名，在伊犁、阿克苏、叶尔羌三地设立总兵，在阿克苏、叶尔羌、哈密三地设立兵备道。在军府体制下，新疆各地全部设立散厅，只派驻通判、同知等专事官员，负责当地的行政、民政、法律等事务性工作。
杨应琚的新疆行政建制方案最终没有被采纳，一方面，伊犁是当时西北国防的重心，只能加强，不能弱化。另一个原因，清政府确实消耗不起南疆地区过于庞大的行政资源。
1759年（乾隆二十五年），乾隆皇帝收回成命，颁布谕旨，“前因平定西陲，因念陕甘总督所辖既广，势难兼顾，是以准将陕甘总督改为甘肃总督，陕西一省归于川督管辖。今思新辟各处俱有大臣驻扎，无须更设道员，则甘督无鞭长莫及之处，莫若仍旧管辖。著将甘肃总督仍为陕甘总督，管辖二省”。新疆第一次行省建置被搁置下来，陕甘、四川总督各自归位，陕甘总督府迁回兰州。
在这个背景下，新疆实际上被划分为四个行政版块：伊犁将军管辖的准噶尔地区，即今天的伊塔地区和境外七河区，行政管理采用札萨克制；乌鲁木齐都统管辖的东疆地区，即今天的吐鲁番、哈密地区，行政管理采用札萨克制；喀什噶尔参赞大臣管辖的南疆地区，即“南疆八城”，今天焉耆以南地区，行政管理采用伯克制。陕甘总督节制、甘肃布政使管辖的北疆地区，即今天的天山以北、精河县以东地区，人口密度相对较大，行政建制最为完善，行政管理采用与内地一致的郡县制。
1759年（乾隆二十六年）5月3日，随着新疆统一事业的全面完成，乾隆皇帝对陕甘和新疆的行政治理做出进一步指示，“新辟疆土如伊犁一带，内地窎远，一切事宜难以遥制。将来屯田驻兵，当令满洲将军等前往驻扎，专任其事，固非镇绿营所能弹压，亦非总督管辖所能办理。总之，该督（陕甘总督）统辖所及至乌鲁木齐止”。杨应琚根据乾隆皇帝谕旨，仿照已经在哈密、巴里坤设置郡县的隶制，向乌鲁木齐派遣同知、通判、仓大使、巡检等文职官员，拉开北疆地区郡县制建设序幕。
军机处在下发给陕甘总督的谕旨中说，“口外新疆地方辽阔，一切驻兵屯田，原非镇道绿营所能弹压”。这份文件对“口外新疆”的行政范围做了明确，“原专指伊犁以迄回部一带而言，并非谓附近内地等处一概置而不办也”。新疆建省以前，清史资料中的“新疆”，行政范围所指，全部是准噶尔统治时期的境外七河区、伊塔地区、南疆地区，不包括今天的北疆和东疆地区。
这里的乌鲁木齐，也是一个泛区域地名，从1757年（乾隆二十三年）开始，清朝在库尔喀喇乌苏（今乌苏市）驻扎500名绿营兵，归乌鲁木齐提督管辖，受陕甘总督节制。后设立库尔喀喇乌苏厅，归迪化州，是甘肃布政使辖区范围。所以，在没有出现石河子、昌吉这些行政地名以前，清史资料上的乌鲁木齐，包括今天西起精河、东到阜康的全部行政区。
—— 军事组织
1759年（乾隆二十六年）2月，阿克苏办事大臣阿桂调任伊犁办事大臣。8月，“以阿桂总理伊犁事务，为都统”，也就是说，伊犁将军设立以前，清朝名将阿桂曾经担任过两年的伊犁都统。阿桂在伊犁的主要职责是防务和屯田，经过两年多建设，伊犁军政管理机构基本成型。所以，很多人认为阿桂是第一位真正意义上的伊犁将军，只是没有获得这个官称。
1762年（乾隆二十七年）10月16日，清朝颁布谕令，设立“总管伊犁等处将军”。乾隆皇帝在谕旨中说，“伊犁初定新疆之地，现在建城驻兵，此缺应作为将军，颁给印信，镇守地方。今明瑞在彼总办事务，即以明瑞作为总统伊犁等处将车，著该部照例给与印信敕书。钦此”。这个谕旨仅仅确定了伊犁将军的设立，并没有明确伊犁将军的事权范围。
10月23日，军机大臣傅恒等人上疏乾隆皇帝，对伊犁将军的权限提出建议，“此缺（指伊犁将军）系创设之缺，且在新疆，其管辖之区域，调遣之官兵，理合议定具奏，载入敕书，钦遵施行。臣等酌议，伊犁本系厄鲁特（蒙古人）地方，现在彼处设置将军，自伊犁至乌鲁木齐、巴里坤，凡寻常事务，仍照旧例，由各该地方大臣办理。此外，若有兵丁调遣之事，则听将军调遣。回子各城虽有所不同，但与伊犁相距不远，理合以彼此相通为计办理。自喀什噶尔、叶尔羌至哈密所有回子各城，亦照巴里坤等处之例，驻各城官兵，皆听将军调遣。凡寻常事务，皆照旧例办理。又喀什噶尔、叶尔羌等处，皆地处边陲，回子各城地方，若有应急事件，需要调遣伊犁兵丁，亦准各处办事大臣咨商将军，就近调用伊犁之兵。如此是否妥当？恭候训示，钦遵施行”。
乾隆皇帝批复，“著照所议，钦此”！
根据乾隆皇帝指示，军机外颁布谕令，正式明确了伊犁将军的权力范围，“查各处驻防将军，其职掌大略相同。惟新疆当定之初，一切管辖地方调遣官兵，目应酌定成规。臣等谨查，伊犁为新疆总汇之区，既经设立将军，凡乌鲁木齐、巴里坤所有满洲、索伦、蔡哈尔、蒙古官兵，皆听将军总统调遣。至回部与伊犁相同，自叶尔羌、喀什噶尔，以至哈密等处驻扎官兵，亦归将军兼管。其地方事务由各处驻扎大臣仍照旧例办理。再，叶尔羌、喀什噶尔等回城皆在边境之地，如有应调伊犁官兵之处，亦准各处大臣咨商将车，就近调拨”。
这些文件，已经把伊犁将军的事权范围说得非常清楚，驻防在新疆各地的八旗军全部由伊犁将军调遣，“其地方事务有各处驻扎大臣仍照旧例办理”。伊犁将军有最高军事领导权，没有地方事务管理权。
1773年（乾隆三十八年），随着乌鲁木齐行政地位升级，乌鲁木齐参赞大臣改制乌鲁木齐都统。清朝的参赞大臣是一个事权职责不明确的职位，就像一只菜篮子，根据需要，什么菜都能往这个篮子里装。改制都统以后，职责相对明确下来，管满人的事，带八旗的兵。甘肃在乌鲁木齐设直隶迪化厅，乌鲁木齐地方事务归于甘肃，但八旗和满人的事甘肃管不了。清廷谕旨中明确指出，“从前因乌鲁木齐驻防满洲、绿营兵丁，曾放参赞大臣管辖，俱听伊犁将军调遣。今乌鲁木齐所属地方宽阔，而距伊犁遥远，兵民辐臻，应办事业甚繁，收参赞大臣一缺，改为都统一员，于管辖兵丁、办理诸事，尤为有益”，“所有应奏应办之事，一面奏闻，一面知会伊犁将军”。
