王德化跪下回奏：“现在就要行刑。”
“快打！不要姑息！”崇祯回头来望着刘宗周，气呼呼地说：“你们这班有名望的儒臣，只会把错误归给朝廷，博取高名。今日朕不责你，你也莫再啰嗦。下去！”
“既然陛下重责黄道周，臣愈不能不将话说完。说出之后，虽死无憾。”
“你如此执拗，着实可恼！好吧，等打了黄道周、叶廷秀之后，再容你说。暂且起去！”
“臣话未说完，死不起去。”
“那你就跪着等候。”
雷声在紫禁城的上空隆隆响着。午门外的西墀下早已做好了行刑的准备，只是锦衣卫使吴孟明和监刑的东厂提督太监曹化淳想着皇上听了左都御史刘宗周的求情可能赦免黄、叶二人的延杖，所以迟迟没有动刑。如今一声吆喝，廷杖就开始了。
作为崇祯的心腹和耳目，曹化淳坐在午门前的西墀上，监视行刑。吴孟明坐在他的右边，指挥行刑。大约有三十名东厂太监和锦衣卫的官员侍立在他们左右。在西墀下边站着一百名锦衣旗校，穿着有很多褶儿的猩红衣服，手执朱红大根。黄道周被脸朝下按在地上。他的手和脚都被绑牢。有四个人用绳子从四面牵拽，使他的身子不能转动。当崇祯在金台上说出来”快打，不要姑息”的话以后，立刻就由随侍太监将这句话传出午门。吴孟明知道刘宗周求情不准，便对众旗校厉声吩咐：
“搁棍！”
“搁棍！！”站在下边的一百名旗校同声呼喊，声震午门。
喊声刚住，一个大汉从锦衣旗校队中走出，将一根红漆大棍搁在黄道周的大腿上。吴孟明喝一声“打！”下边一百名旗校齐声喝“打！”开始打起来。打了三下，吴孟明为着怕曹化淳在皇上面前说他坏话，大声喝：“着实打！”一百名旗校齐声喝：“着实打！”每打五下换一个行刑的人，仍像从前一样地吆喝一次“着实打”。吴孟明深知黄道周是当代大儒，不忍心使黄道周立刻死于杖下，所以总不喝出“用心打”三个字。如果他喝出这三个字，行刑的旗校只须几棍子就会结果道周的性命。曹化淳明白吴孟明的意思，他自己同黄道周也素无积怨，并不说话。
黄道周的脸碰在地上，鼻子和嘴唇碰破，斑白的胡须上染着鲜血。在受刑中他有时呼喊“苍天！苍天！”有时呼喊“太祖高皇帝”或“二宗列祖”，却没有一句哀怜求饶的话。他的叫声逐渐衰弱。被打到四十棍以后，便不知道疼痛，不省人事，只仿佛听见远远的什么地方有微弱的吆喝声，同时仿佛觉得两腿和身子随着每一下打击震动一下。又过片刻，他的感觉全失了。
锦衣旗校用凉水将黄道周喷醒，因皇帝尚无恩旨赦免，只好再打。打到六十棍时，黄道周第二次死过去了。监刑太监曹化淳吩咐停刑，走到皇帝面前请旨，意思是想为黄道周留下来一条性命。崇祯的怒火丝毫未消，决心要把黄道周处死，给那些敢触犯“天威”的大小臣工做个样子。他只向曹化淳瞟了一眼，冷冷地说：
“再打二十！”
黄道周又一次被人用凉水喷醒，听说还要受杖，他只无力地呼叫一声：
“皇天后土！......”
廷杖又开始了。黄道周咬紧牙关，不再做声，心中但求速死。吴孟明有意关照，所以这后来的二十棍打得较轻。打过之后，黄道周的呼吸只剩下一股游丝般的幽幽气儿。人们按照廷杖老例，将他抬起来向地上摔了三次，然后往旁边一扔。虽然吴孟明使眼色叫大家轻轻摔，但是摔过之后，他第三次死了过去。一个旗校又替他喷了凉水，过了很久才看见他慢慢苏醒。
叶廷秀被打了一百棍子。亏他正在壮年，身体结实，只死去一次。等曹化淳报告两个罪臣都已经打毕，崇帧只轻轻说了两个字：“下狱！”然后把愤怒的眼睛转向刘宗周。这个老臣在地上跪有半个多时辰了。
“你还有什么话说？”崇帧用威胁的口气问。
刘宗周抬起头来说：“方才午门外杖责二臣，喊声动地，百官股栗。今日对二臣行刑，天暗云愁，雷声不歇，岂非天有郁结之气不能泄耶？黄道周学养渊深，并世无二；立身行事，不愧古人；今以垂老之年蒙此重责，故天地为之愁惨。臣不为道周惜，而为陛下惜，为国法惜，也为天下万世惜！”说到这里，他觉得鼻子很酸，喉咙变塞，几乎哽咽起来，只好略停片刻，然后接着说：“昔魏征面斥唐太宗，太宗恨之，曾想杀之而终不肯杀，反且宠之，重之。汉武帝恶汲黯直谏，将汲黯贬出长安，实则予以优容。陛下既然想效法尧、舜，奈何行事反在汉、唐二主之下？这是老臣所惶惑不解的！至于......”
崇祯不等他说完就大声喝道：“尽是胡说！听说汝平日讲学以诚敬为主。对君父如此肆意指责，诚敬何在？”
宗周说：“臣在朝事君之日不多，平日岁月大半在读书讲学，也确实以诚敬为主，并着重慎独功夫。数十年来身体力行，不敢有负所学。臣向来不以面从为忠，故今日不避斧铖，直言苦谏。在君父面前当言不言，既是不诚，亦是不敬。臣今生余日无多，愿趁此为陛下痛陈时弊......”
崇祯将御案一拍，喝道：“不准多说！尔与黄道周同恶共济，胆敢当面责备君父，实在可恶之极！着即革职，交刑部从重议罪。给我拉下去！”
刘宗周被拖出午门以后，崇祯在心中悻悻地说：“唉，没想到朝纲与士风竟然如此败坏！这些大臣们目无君父，不加严处，如何了得！”他向内臣们瞟一眼，无力地低声吩咐：
“宣诸臣近前来，听朕面谕。”
文武百官听了宣召，无声地走到栏杆前边。勋戚、内阁辅臣和六部尚书靠近栏杆立定，其余百官依次而立，班次不免稍乱。御史和鸿肿官股栗屏息，忘记纠仪。全体朝臣除宽大朝服的窸窣声和极其轻微的靴底擦地声，没有任何别的声音。崇祯向大家的低垂着的脸孔上看了看，没有马上说话。刚才他的眼睛里愤怒得好像要冒出火来，现在虽然怒气未消，但多了些痛苦和忧郁神色。他心中明白，尽管他把黄道周和叶廷秀行了廷杖，把刘宗周交刑部议罪，尽管他也看得出如今恭立在他面前的文武百官大部分吓得脸色灰白，连大气儿也不敢出，但是他知道自己的雷霆之威并没有慑服黄道周等三个人，也没有赢得百官的诚心畏服。他从大家的神色上感觉到自己是孤立的，似乎多数文武还不能真明白他的苦衷。在平日上朝时他说话往往口气威严，现在他忽然一反往常，用一种很少有的软弱和自责的口气说：
“自朕登极以来，内外交讧，兵连祸结，水旱洊臻，灾异迭见。朕夙夜自思：皆朕不才，不能感发诸臣公忠为国之心；不智，不能明辨是非邪正，忠奸贤愚；不武，不能早日削平叛乱，登吾民于袄席。此皆朕之德薄能寡，处事不明，上负神明，下愧百姓，故‘皇天现异，以戒朕躬’！”
百官很少听到皇上在上朝时说过责备自己的话，很多人都心中感动。但是大家也都明白他此刻如此，另一个时候就会完全变个样儿，所以只有一个朝臣向崇祯说几句阿谀解劝的话，别人都不做声。
崇祯喝了一口茶，又说：“人心关系国运，故有时人已比天心更为可怕。有一等人，机诈存心，不能替君父分忧，专好党同伐异，假公济私。朝廷不得已才行一新政，他们全不替国家困难着想，百般阻挠，百般低毁。像这等人，若论祖宗之法，当如何处？看来这贼寇却是易治，衣冠之盗甚是难除。以后再有这等的，立置重典。诸臣各宜洗涤肺肠，消除异见，共修职掌，赞朕中兴，同享太平之福。”
全体文武跪奏：“谨遵钦谕！”
崇祯叫大家起来，又戒谕他们不要受黄道周和刘宗周二人劫持，同他们一样目无君父，诽谤朝廷，阻挠加征练饷，致干重谴。最后，他问道：
“你们请臣还有什么话说？”
几位阁臣趁机会跪下去为刘宗周求情，说他多年住在绍兴蕺山①讲学，只是书生气重，与黄道周原非一党，请皇上对他宽有。崇祯说：
①蕺山——在绍兴北郊，上有蕺山书院，为刘宗周讲学地方。
“自从万历以来，士大夫多有利用讲学以树立党羽与朝廷对抗，形成风气，殊为可恨。这刘宗周多年在蕺山讲学，是否也有结党情形？”
一位阁臣奏道：“刘宗周虽在蕺山讲学多年，天下学者尊为蕺山先生，尚未闻有结党情形。”
崇祯想了想，说：“念他老耄昏聩，姑从清先生之请，暂缓议罪。他身居都宪，对君父如此无礼，顿忘平生所学。着他好生回话。如仍不知罪，定要加重议处，决不宽容！”
他还要对叶廷秀的事说几句话，但是刚刚开口，一阵狂风夹着稀疏的大雨点和冰雹，突然来到。五风楼上，雷电交加。一个炸雷将皇极门的鸱吻击落，震得门窗乱动。那个叫做金台的御座猛烈一晃，同时狂风将擎在御座上的黄罗伞向后吹倒。崇祯的脸色一变，赶快站起，在太监们的簇拥中乘辇跑回乾清宫。群臣乱了班次，慌张地奔出午门。那威严肃穆的仪仗队也在风、雨、冰雹、雷电中一哄跑散。
回到乾清宫以后，崇祯对于刚才雷震皇极门，动摇御座，以及狂风吹倒黄罗伞这些偶然现象，都看做大不吉利。他的心情十分灰暗，沉重，只好去奉先殿向祖宗的神灵祈祷。
