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从1851年太平天国开始，到1882年伊犁回归结束，是华夏文明史上至暗到极寒的三十年，民族动乱，自相残杀，全国人口锐减近四分之一。这场人类历史上罕见的大动乱，被后来的冷血笔吏们书写成“革命”和“起义”，他们看不见大好河山下面那些沽沽流淌的鲜血，他们听不见一个民族三十年在死亡线上苦苦挣扎的呻吟。
所幸，我们还有被他们凌辱着、咒骂着的儒家精神，在先哲们“修身齐家治国平天下的”谆谆教诲下，涌现了曾国藩、左宗棠、李鸿章这样的人物，是他们力挽狂澜，在那个黑暗到没有边际的年代，将中华民族从水深火热中拯救出来。
这三十年动乱，有一脉相承的源流关系：因为太平天国暴动，才有了中原的捻军和西北的回乱，才有了新疆分裂，才有了后来的沙俄入侵伊犁。中国近代史一直在污蔑满清政府昏暗无能，却从来不扪心自问，满清抵御外寇、收复疆土的时候，以华夏正统自居的那些人，他们在干什么？他们在拆提坝引洪水，他们在放火、打劫、暴乱、杀人。那些今天被认为割地赔款、丧权辱国的条约，都是在这样的背景下签订的。面对这样的历史，只有指责，没有羞耻，还谈论什么黑暗、昏庸、压迫和腐朽！
1882年4月30日，伊犁将军金顺率军进驻伊犁，历时二十年之久的西北暴乱终告结束。新疆被民族暴乱分子和沙俄侵略者分裂十八年以后，重新回到祖国怀抱。
暴乱以后的新疆，城垣、衙署、房舍、庙宇、文化、教育，几乎毁灭殆尽。伊犁将军驻地惠远“城内仓库、官廨、兵房，荡然无存”；惠宁、拱宸两城“坍塌尤甚”；绥定、塔勒奇、瞻德三城“亦多损坏”；熙春、广仁城“城垣楼橹坍塌不堪”。乌鲁木齐城圯倾废，“汉城仅剩颓垣，满城已同平地”。奇台老城“城垣及民房官舍被焚毁，荡然无存”。喀喇沙尔（今焉耆县）“城中水深数尺，官署民舍荡然无存”。从喀喇沙尔到库尔勒，“沿途民舍均已烧毁”。叶尔羌河堤决数处，造成“数百里间田庐漂没，驿程梗阻，城堡坍塌”，低洼之处，“遂为群水所汇，竟成泽国”。
暴乱以后的新疆，人口锐减。尤其在北疆地区，满、汉军民“户口伤亡最多，汉民被祸尤酷”。伊犁地区死亡人口三分之一。乌鲁木齐收复时，“满汉两城只余汉民及缠回数十人”。当时的新疆东大门巴里坤，暴乱前“人民之安集，户口之繁庶，道光年间为极盛”，而暴乱后“流离孑遗十只一二”。塔城收复后，满、汉、蒙古、锡伯、索伦等各族人口死亡殆尽，“系属空城一座，并无房间”。南疆重镇喀什自“同治三年，安酋帕夏（指阿古柏）之乱，死亡七八”。1866年，阿古柏在和田对当地维吾尔居民大屠杀，“大约有5万人惨遭杀害，护城河及所有沟沟坎坎都填满了尸体，令人惨不忍睹”。
暴乱以后的新疆，白骨露于野，千里无鸡鸣。乌鲁木齐“疮痍满目，无百金之贾，千贾之肆。自城南望见城北，榛芜苍莽。玉门以西，官道行千里不见人烟。商贾往还无休宿之所”。在过去繁华的丝绸之路北道沿线上，从奇台，到吉木萨尔，到阜康，“城市邱墟，人烟寂绝”，“榛莽丛杂，不便行走”。在南疆地区，“喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔、和阗各城，自同治初年回疆叛变，以至官军克复，迭经围攻，屡有损伤。加以大乱之后，百物昂贵，民人稀少”。
从北疆绿洲，到南疆戈壁，漫漫大地沦为焦土，残垣断壁，房舍无存，宛如人间地狱。
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《中俄伊犁条约》签订后，中俄两国在新疆的斗争并没有结束。
《中俄伊犁条约》第三条约定，“伊犁居民，或愿迁居俄国入俄籍者，均听其便。应于交收伊犁以前，询明其愿迁居俄国者，自交收伊犁之日起，予一年期限迁居，携带财物，中国官员不予阻拦”。也就是说，伊犁居民可以自愿选择去留。愿意加入俄国国籍的，在中俄正式交接前做出决定，清政府给予一年期移民时限。
根据此项约定，俄国在《中俄伊犁条约》签订后迅速展开移民行动。1881年7月3日，沙俄完成从阿尔加特到喀拉帕勒塔之间的路线勘察，绘制成移民路线图，并制订出详细的移民安置方案，向伊犁民众散发、宣传。
为胁迫伊犁民众往俄国境内迁移，沙俄政府将清军平定西北回乱时一些重大事件制作成海报，在聚居区广泛张贴，夸大宣传清军在金积堡、肃州、玛纳斯等地的屠杀行为，以此恫吓伊犁居民。各族民众纷纷传言，清政府接管伊犁后，将对参与暴乱的当地民众进行报复和屠杀。
1882年2月17日，塔尔巴哈台参赞大臣升泰先期到达伊犁，与俄国代表弗里德相互递交伊犁交割文书，展开针锋相对的政治宣传。先头部队分化成工作小组，进入乡间地头，向伊犁各族民众宣讲清朝政府安抚政策，对参与暴乱的维回民众一律赦免，不予追责。但沙俄武装人员不断干扰和破坏清政府的宣传活动，清军宣传布告一经贴出，即被沙俄派出人员跟踪撕毁。
在人口争夺的宣传战中，清政府处于下风，明显落败。当地参与暴乱的维回民众对清军接管伊犁心存恐惧，大量人员要求迁移到沙俄境内定居。
1881年10月，第一批伊犁居民迁往沙俄，被安置到赤里克和阿拉木图。
1882年3月，沙俄组织马车九百一十辆，搭载回民四百六十户、2454人，从宁远城出发，迁往阿拉木图。
两次移民，沙俄有意制造声势，出发前举行大规模集会，悲天呼地，一路哭喊。沙俄的气氛营造在当地居民中引起更大的恐慌，人们对于清军接管后必将报复和屠杀深信不疑，更大规模的居民搬迁开始了。
负责伊犁移民的沙俄代表弗里德，在给沙皇的报告中洋洋得意的说，从伊犁掠夺的人口，相当于俄国从本土移民实边二十五年才能达到的成绩。今天多数历史称，今天生活在中亚地区的东干人，是跟随白彦虎逃亡出去的陕西回民，并不准确。他们当中，有很大一部分是当年在沙俄胁迫下迁移出去的伊犁居民，分别被安置在乌塞克、赤里克、喀拉苏、坎特曼四个地区。
金顺率领大部队进入伊犁后，伊犁地区的人口几乎被腾空，伊犁人口已经不能组织起最基本的农业生产，一直到清朝结束前后，伊犁的粮食产量才勉强恢复到同治回乱以前的水平。
关于沙俄从伊犁的本次移民数量，中俄双方的史料记录差异很大。
沙俄方面：
数字准确到性别和民族，称维吾尔族9725户，其中男性24628人，女性20746人，合计45373人；回族1147户，其中男性2439人，女性2243人，合计4682人。维、回族合计50055人。但对被掳掠的哈萨克族人口没有准确记载，只有“阿尔班和素宛部落在五千毡房以上”这样一个笼统数据。据此推算，沙俄记载的维、回、哈人口总计七万多人。
中国方面：
1883年5月15日（光绪九年四月九日），伊犁将军金顺在《俄兵撤闾井筹办边防奏折》中说：“现今俄兵既撤，其随去之逆党以及就近入俄籍之狡照陕汉各回、缠头、哈萨克、布鲁特等不下数十万众，悉安置于霍尔果斯河以西之新分交界沿边一带居住”。
1885年2月22日（光绪十一年一月八日），伊犁将军金顺在《俄国情形叵测请后裁兵奏折》中说：“俄人未化，垂涎伊犁，既收我十余万叛亡，以为党羽；复遇事要胁恫吓，以寻衅端。”
袁大化、王树枬于1908 编纂的《新疆图志》记载，“自伊犁交收之时，俄国趁人心未定，胁迁而去者十之六七”。新疆省府衙门1910年编纂的《新疆外交报告书》记载：“查伊犁交收之时，俄国趁入心未定，胁迁而去者，十之七八。”
金顺是清政府交接伊犁的最高领导人，他的数字虽然不准确，但可信度很高，沙俄在伊犁地区的移民人口应该在“十数万”。再对比后续文献以及当时的伊犁人口数量，被虏掠人口应该在十二万左右。
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长庚，珍妃的堂兄，祖上原是宋朝汉民，姓赵，靖康之难时被俘虏入金，清朝前期赐姓伊尔根觉罗，入满洲正黄旗。咸丰初年，随父亲屯住江宁满城。太平天国攻陷南京后，全家五十余口被杀，长庚背着母亲逃出南京，经绥远都统景廉推荐，投奔乌鲁木齐都统平瑞。妥明率叛乱回军攻陷乌鲁木齐巩宁城（满城）当晚，长庚抱着乌鲁木齐都统平瑞的儿子突围，孩子被平瑞妻子抢夺回去，投身火海。长庚再次众战火硝烟中逃脱出来，被伊犁将军荣全收留在帐下。
1872年，白彦虎向西逃窜到吐鲁番，投降往北进攻乌鲁木齐的阿古柏叛军。两股暴乱势力合流后，在沙山子（巴里坤西部）地区，将长期与妥明回军开展游击战的徐学功民团包围。长庚奉命率兵赶赴东疆救援，与黑龙江马队营总伊勒和布东西夹击，一举打败初到新疆的白彦虎叛军。长庚的优异表现引起清政府注意，从此一路飚升，清朝收复伊犁当年，长庚升任四品衔伊犁副都统。
1888年，长庚出任驻藏大臣。1890年，长庚返回天山脚下，出任伊犁将军。
清朝收复伊犁后，俄国提出，以游牧为生的哈萨克人没有国家和边境意识，冬夏两季牧场迁移，长期往来于中俄两国，成了两不管的流民，双方都应该承担哈萨克人的安置责任。俄国要求租借巴尔鲁克山，做为俄方境内哈萨克人游牧的游牧地区。中俄双方签了为期十年的租借协议。
巴尔鲁克山位于伊犁和塔城之间，西面与俄国接壤，南邻精河、奎屯河，北邻博尔塔拉，东北方向是今天塔城的老风口。巴尔鲁克山是多个地理版块的链接地区，战略和交通位置极其重要，这个地方今天有一个很响亮的名字，“小白杨哨所”。小白杨哨所现在已经废弃，成为旅游观光点，站在略显矮小的老旧哨楼上，看对面的哈萨克斯坦，依然有一种俯瞰大地、居高临下的感觉。
长庚以军人的敏感，认为巴尔鲁克山的地势就像俄国人伸入中国境内一只拳头，如果中俄两国发生战事，俄国人从这一区域进入新疆，如猛虎下山，对伊犁、塔城威胁很大。
1893年（光绪十九年），巴尔鲁克山租借期满，俄国人不出所料准备耍赖，提出续借。此时的黄海，战云密布，中日两国紧张对峙，清政府担心俄国人在西部挑起战乱，迟迟不做表态。长庚上疏朝廷，称，“此山一日不收，则伊塔一日不能宁靖，实为失地利、扰行旅、断后路、危疆域之大害”。
长庚不等清政府答复，直接派人到塔城与沙俄代表见面，宣布收回土地，不再租借。俄国方面推诿扯皮，将土地交还拖延了半年。长庚开出了硬条件，如果继续拖延，中方将按照“人随地归”的通行原则收回巴尔鲁克山。中方一但在边境线驻防，滞留在该地区的哈萨克牧民将视为中国籍人口，不再允许他们再返回俄国境内。表面上讲的是人口归属，实际在告诉俄国，中方将出兵驻防边境沿线。
俄国耍赖无效，终于答应迁回边民，交还土地，双方签订了交接文约。此时的北京，俄国公使还在对清政府施加压力，总理衙门已经拟好同意续租的奏折，准备奏请光绪皇帝谕批。这时候，伊犁的电报到了，巴尔鲁克山已经收回。
“先是俄使与译署（总理衙门）续借此山，主者佥谓，若拒而不与恐起边衅。不得已，以拟将许之，已将订期于冬月初六日具奏后行之钦遵，乃伊犁已先期电奏到京谓已经交涉回收，此议遂寝。奏闻，上颇嘉美，一时京师哄传，莫不以巨擘称赞，谓近数十年来洋务得意罕闻之事”。中国在苦海中挣扎那些年，巴尔鲁克山的成功收回，是清朝政府内外交困时期最为舒心和轻松的一次外交胜利。
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1900年6月，义和团运动爆发，清政府向西方列强宣战，李鸿章、张之洞等人通电声明“东南互保”。7月4日，陕甘总督魏光焘致电伊犁将军长庚、甘肃新疆巡抚饶应祺，并通知伊塔道各地方官员：“长江、楚、苏、浙、闽、粤各省已与各国议明互相保护，两不相扰。各国已经照会应允，此宗社一大转机。晋、豫、关陇拟商约照办”。长庚、饶应祺分别回电表示，“谨照办”。魏光焘照会各国领事，“陕甘新三省互保”，不参与清朝政府对外宣战。
7月初，天津义和团首领贾永逃窜到伊犁，在惠远城西大庄子设立拳坛，召集团民练拳，形成声势。7月中旬，从直隶、山东等地逃往新疆的拳民越来越多，科布多办事大臣瑞询沿路设防，“一遇流民越境，即为阻回”。伊犁将军长庚派兵抓捕了义和团众徒李金山、黎万顺、姜新福、姜新宽等人，首领贾永逃脱。
7月14日，俄军小股部队往霍尔果斯边境集结，试图闯关进入中国境内。长庚指示伊塔道与沙俄交涉，了解原因。俄国方面称，6月20日，德国公使克林德在北京被团民杀害，俄国对新疆未来局势深感担忧，“领事深信中国官府相待无他，但绥城人多颇有谣诼，又以河回为虑。证之德使被履，各节未免寒心，整修二三百兵，聊以自卫”。俄国人说，他们听到了伊犁绥定城将发生兵变的消息，防患于未然，派军队进入伊犁保护领使馆和侨民。
在乌鲁木齐，甘肃新疆巡抚饶应祺派布政使潘效苏与俄国领事馆接触，潘效苏从俄国方面获得的消息更为确切，“据云此事因伊犁谣言兵变。欲退兵，必须电询有无兵变情事”。
长庚再次派人前往霍尔果斯，告诉边境上的俄军指挥官，伊犁不会发生兵变，驻扎在伊犁的清军有控制局面的能力。但俄国方面不予理会，反而加紧对伊犁的军事部署。7月17日，俄国陆军部通知塔什干驻军，“哥萨克骑兵连长在使用骑兵于军事目的时有权独立行动，不受领事管辖”。7月18日，俄国边防部队向伊犁将军府正式提出入境要求，“俄分统潘科夫，持俄国票照，到卡报称，随带营官石莫宁舍尔巴科夫二员，帮办三员，马兵二百四十七名，前往伊犁，保护领事，请验放入卡”。
伊犁将军府通知，未经新疆地方政府（甘肃新疆巡抚）同意，俄军不得进入我新疆边境。长庚命令400名绿营军官兵到沙俄要求驻军的绥定城防守，并给绥定城守军配备了四门重型火炮。俄军闯过霍尔果斯边卡后，被清军设置的层层关卡阻拦。
7月21日，俄国陆军部向沙皇汇报，“预计我们在伊犁不可避免地要与中国人发生冲突”。沙皇尼古拉二世下达《令枢密院》、《令陆军大臣》，宣布西伯利亚军区所有部队、驻土尔克斯坦军区谢米列奇边省的部队进入“戒备状态”，命令西伯利亚军区各省县和土尔克斯坦军区谢米列奇边省的全体预备役官兵进入现役，并将土尔克斯坦第一步兵旅及其两个炮兵连从塔什干调往扎尔肯特。
为了对中国形成威慑，伊犁领事馆将以上情况通报长庚，再次强调，俄军进入伊犁是为了保护领馆和侨民。长庚“未便遽与决裂”，无奈之下，同意俄军进入伊犁。但是考虑到“绥定闲杂人多，且距领事鸾远，照管难周，易滋事端”，要求俄军驻扎在领事馆所在地宁远城。
7月23日，俄军进入伊犁，驻扎在宁远城俄国领事馆花园。
7月28日，靠近中俄边界的西伯利亚第一哥萨克骑兵团进行军事动员。29日，俄国陆军司令伊凡诺夫下达命令，在中俄伊犁边境准备“相当于师一级的派遣军车队”。8月6日，俄国陆军部在临近中俄边境地区组建两个“派遣军司令部”。到9月初，俄国全面完成进入伊犁的军事准备。
俄罗斯历史上对新疆预谋占领和分割时期，并不在前苏联时期，沙俄才是新疆真正的梦魇。在整个十九世纪，中国的这个北方邻居像一头喂不饱的恶狼，只要清朝中央政府出现危机，沙俄必定闻风而动，像幽灵一样，环伺新疆，做阴谋占领的各种准备。
沙俄在临近伊犁地区设立两个“派遣军司令部”的同一天，俄国驻伊犁领事馆致函长庚，仍然强调其保护领事和在华商民的理由，并进一步提出指责新疆存在严重的匪患问题，“新疆僻在偏陲，蒙回缠哈，种类万殊。缘边数千里，处处与俄疆毗接，又有俄缠俄哈，错杂其间，随牧移徙，向背靡常”，为进入伊犁寻找借口。长庚于第二天回函，“盗贼既敢放枪伤人，则官兵非枪无以抵御自保。因此即不得不多派官兵用枪击贼”。话说的很客气，土匪手里有枪，官兵手里也有枪。你们担心匪患严重，那我们就多派些军队来解决，不烦劳你们。
10月13 日，俄国驻伊犁领事斐多罗福照会清军管带庆秀，称俄国部队要在宁远里过冬，要借军营外面的园子驻扎，第二年春天归还。庆秀不同意俄方要求，指定他们在宁远城外俄国侨民的果园里驻扎。10月22日，俄军给进入伊犁部队送来两门火炮及弹药等军需。至此，沙俄在伊犁驻军两个骑兵连，共300人。
本次沙俄在伊犁驻军事件的发生和解决，与八国联军入侵中国的大环境有关，沙俄做好了趁乱哄抢的准备，但事件没有往更坏的方向发展，原因在于西方列强之间的相互牵制，及清政府与十一国公使签订的《议和大纲》。西方列强进入北京后，如果进一步对中国进行侵占和瓜分，则俄国必定会在第一时间发动战争，侵占伊犁甚至整个新疆。
1901年1月15日，奕劻、李鸿章在西方十一国公使使递交的《议和大纲》上签字，大环境趋于缓和，沙俄投鼠忌器，失去了进一步促进新疆局势恶化的理由。1901年4月，沙俄军队撤出伊犁的。
后面的十几年，是中俄关系史上难得消停的十几年。东方和西方一样，仿佛地火在更深层的岩石下涌动，暗流汹涌，蓄势待发。一个眼花缭乱、目不暇及的时代即将到来，十年以后，中国和俄国政体都将出现两千年未有之大变局，另一种面目的中俄关系史，正在路上，扑面而来！
