孙文仍计划在广东境内发动第二次武装起义，郑士良本身也是广东惠州惠阳出身，自然乐意在主场作战，便先行回国联系国内会党去了。
日本同志宫崎滔天与平山周也先行赴广州踩点。二人在上海上岸。由于北方形势日渐严峻，宫崎按原计划南下，平山则北上赴京，观察局势。
袁世凯终究还是告了密，变法派成员悉数被捕处刑，百日维新就此落幕。其实，西太后早已做好了对变法派进行武装镇压的准备。袁世凯的告密，充其量只是催化剂，加速了进程。光绪帝的求援密诏早已说明一切，可叹变法派太过天真。
袁世凯在日记中言及，他是在9月21日早间向荣禄告密的。那时，光绪帝已被禁锢了自由，命悬一线。
袁世凯告密前日，光绪帝召见了伊藤博文。但伊藤首相拜访的可不是这个傀儡，而是坐镇垂帘之后的西太后。召见当晚，光绪帝便被幽禁在颐和园。
要说当时的情景，西太后命光绪帝跪在身前，捶胸顿足地训斥，甚至命人呈上鸩酒（赐死用的毒酒）。光绪帝战战兢兢地跪倒在地，也不求饶，只是号啕大哭。幸有军机大臣王文韶等一干重臣死谏，光绪帝才逃过一劫，却免不了被幽禁在瀛台。而光绪帝的倒台，便是变法派劫难的开端。
紫禁城内风起云涌，一堵城墙自然是拦不住消息外泄，京城顿时人人自危。受孙文派遣，出使至香港的平山周，也临时变更计划，北上至京师。他在写给宫崎的亲笔信中分析当前局势道：“风云变色将至。”
9月17日，光绪帝急诏康有为至上海赴任《时务报》监督。康有为的确也是公务繁重，一时脱身不得，拖到如今局势，哪还能光明正大地离京？康有为起初求援于英吉利公使馆，却正逢公使在北戴河避暑，没碰上面。他随之找到上京面圣的伊藤博文，请求其劝说西太后不要为难光绪帝。一直到9月20日，康有为才变装潜逃出京，在塘沽登上招商局的货船“商济”号。他上船后，闻知翌日午间才起航，又赶忙换乘英吉利太古洋行的“重庆”号，翌日一早便起航出发。
荣禄亲率舰队追捕，奈何燃料不足，只得中途折返。他急电至客船经停地烟台地方官，命其缉拿康有为。康有为如有神助，烟台地方官碰巧出差未归，待其赶回时，“重庆”号早已起航。荣禄仍不放弃，又密电命上海道台蔡均缉捕。蔡均连日乘小船，临检南下客船。
英吉利公使虽远在北戴河度假，仍不忘委托上海总领事白利南协助康有为脱身。白利南命待机于威海卫的巡洋舰“BonaVenture”号回航，同时派遣工部局人员赴吴淞港，阻截“重庆”号。于是，康有为便暗中从“重庆”号转乘至前往伦敦的“Bralat”号，由返航的“BonaVenture”号护送其顺利抵达香港。
康有为前脚刚离开塘沽，清廷便派遣步兵统领衙门进行缉捕并转交刑部，其弟康广仁也没能幸免于难。
西太后从颐和园移驾回了紫禁城，重新开始“垂帘听政”。不同的是，她再也不需要帘前龙椅上那“傀儡”了。
京城政变始末自然也传到了日本。孙文闻知，便开会与众同志探讨，这场政变对己方的起义是利是弊。
这场政变，以上大夫拥护皇帝而起，又以士大夫阶层受重挫而落幕，从侧面佐证了孙文那“不与士大夫为伍”的原则。孙文叹道：“士大夫惨败，从一开始便毫无胜算……可笑那帮腐儒，满心以为‘变法’能救中国，视‘革命’如仇寇，结果又如何？”
在士大夫眼中，“革命”便是“易姓革命”。所谓“易姓”，指的是如曹魏废刘汉自立一般的改朝换代。简而言之，宣扬革命，便是宣扬灭清朝，废爱新觉罗。这怎是满肚子“忠君爱国”的士大夫能够接受的？他们所呼吁的“变法”，充其量也就是对原有制度的改良罢了。说句不好听的，与其去强扭这不甜的瓜，倒不如做个三五年梦，西太后自然得“下去”（慈禧为道光十五年生人）。瞧瞧洋务派，心里憋了多少不满，等得也不就是那天吗？
“是伊藤访问之后，那老婆娘才着手政变吧？哼，看来有列强干预，老婆娘那一派倒成了傀儡。”
“如此想来，此番蒙难的六位变法先驱若泉下得知，可就死不瞑目了。到可惜了那谭嗣同，他只要躲在日本公使馆，在治外法权的庇护下，本可以留得性命的……瞧瞧那梁启超，不就幸免于难了吗？说句不中听的，比起那梁启超，我倒宁愿活着的是谭嗣同。可惜，他字复生，却没让他起死回生……”
肃清帝党期间，京城九门戒严，仅有藏身于享有治外法权的外国公使馆，才能有一线生机。据传，时任日本代理公使的林权助，与维新派也是交往甚密。如今，梁启超便藏身于日本公使馆内。谭嗣同在受刑前专程跑了一趟日本公使馆，却不为避难，而是为了将自己的遗书交于梁启超。遗书有这样一句：
各国变法，无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌夜。有之，请自嗣同始！
他在日本公使馆与梁启超见面时，曾道：“月照、西乡，吾与足下分任之，吾为其难，足下为其意。”——月照与西乡隆盛均为日本维新志士，二人都主张推翻幕府统治，勤王革命失败后，二人在西南萨摩海边投海自尽，月照圆寂，西乡存活，其后辅佐明治成就维新大业。谭嗣同以此比喻，可见变法派对日本明治维新研究之深入。月照投江牺牲，以一死换美名，故之为“易”。西乡获救，却要疲奔于国事，故之为“难”。
梁启超在其后所著《戊戌政变记》中，将谭嗣同捧为“光绪之忠臣，殉国之烈士”。然而，谭嗣同的生平事迹，却远不止于此。孙文拜读其笔下《三十自纪》与《治言》等文章后，曾暗叹，此生不能与谭嗣同为伍，甚是可惜。
谭嗣同祖籍湖南，京师出生，其父为朝廷要员。他喜好野游，年纪轻轻便与京师中的许多江湖侠士结交。岂止是“结交”，在这京师，搬出“谭嗣同”这个名字，各路侠士都要敬让三分。
直至弱冠，谭嗣同才收了心，与江湖侠士断了联系，经父亲介绍，远赴乌鲁木齐，投甘肃新疆巡抚刘锦棠门下为幕僚。此后十年里，他游历各地。他在《三十自纪》中自满于自身的阅历：“合数都八万余里，引而长之，堪绕地球一周。”
在新疆历练数年，其父赴任湖北巡抚，谭嗣同亦随父同往武昌。当时，武昌城有湖广总督张之洞坐镇，其帐下聚集当下名士学者众多。数学家徐建寅，古书收藏家杨守敬，爱丁堡大学出身、精通西洋文学的辜鸿铭——在他们的熏陶下，谭嗣同的武昌之行，受益匪浅。
他所著文章《仁学》，仅有部分节选流传于外。但只是这些片段，便让孙文深感共鸣。文中，谭嗣同主张摒弃儒教“五伦”中的“君臣”“父子”“兄弟”“夫妇”，仅余下“朋友”。前“四伦”均涉及地位高低，只有“朋友”之交，呼吁平等自由，不至于失去自己的立场。他还称宇宙的原理为“以太”，凝缩在朋友之道中。
眼下九门戒严，除了享有治外法权的外国公使馆，便无变法派安身之处。迈出日本公使馆，留给谭嗣同的道路只通向一个地方——断头台。但他去意已决，还是那句话——变法，无不从流血而成！
西太后贵为保守派魁首，自然不认得谭嗣同之流。谭嗣同虽为变法派干部，毕竟也是不入流的“小臣”。即便是变法派魁首康有为，也只是区区六品官，按朝廷规矩，连给太后请安的资格都没有。因此，西太后的眼中钉只有在朝廷中奔走于变法的重臣，但这帮“眼中钉”皆老练于明哲保身。张之洞、孙家鼐、李盛铎等一干重臣，在事发前，皆以批判康有为学说的形式，与变法派拉开距离。
只有户部侍郎兼总署大臣的张荫桓，不愿苟且求全，誓死坚持变法。他高居正二品，单论品级，可谓变法派之首。而抱病不能赴任的黄遵宪位列其后。结果如何呢？棒打出头鸟，他也是变法派中第一个遭殃的官员。
讽刺的是，西太后懿旨也取不了张荫桓性命。张荫桓曾出席维多利亚女王继位六十周年典礼，被授予英国皇家勋章。英驻华公使窦纳乐得知张荫桓被捕，放出话来——贵国欲处刑我大英帝国授勋人员，置我国于何地？
另外，张荫桓担任了足足五年的驻美公使，美利坚总统麦金莱命驻华公使康格劝说清廷减刑。康格公使专程拜访伊藤首相，试图通过林权助公使向清廷施以压力。
英国政府缘何如此看重张荫桓？在亲俄派大行其道的清廷与总理衙门里，亲英的张荫桓算是一枝独秀了，岂能不救？几番周旋下，张荫桓保全了性命，却难逃流放边疆之难。
9月22日，张荫桓先后参见西太后与光绪帝。当时，光绪帝已被幽禁在瀛台，但有大臣觐见，好歹要做足表面工作。于是，便还是那套，光绪帝坐前面，西太后垂帘其后。
西太后命军机大臣廖寿恒拟圣旨，欲逮捕康有为一伙。廖寿恒将拟诏呈于光绪帝，在光绪帝那儿走个程序后，直接移交于西太后，西太后过目，应允下旨。于是乎，光绪帝不得不下旨捉拿自己的心腹。
《驿舍探幽录》[张荫桓被流放新疆，途中对解差王庆保、曹景郕谈及不少变法之事。之后，王、曹二人据此整理成《驿舍探幽录》。]中记载了光绪帝被迫下旨时的情景：皇上持此旨，目视军机诸臣子，踌躇久之，始发下。
圣旨中，张荫桓也在罪臣之列。当时，英国公使窦纳乐已急递至李鸿章，急递中表示清廷若欲处张荫桓于莫须有之罪名，英国政府不会袖手旁观。远有美利坚的麦金莱总统，近有来天津旅游的日本伊藤首相，都向清廷施加压力，要求减刑。此时的张荫桓自然是不得而知的。
签订甲午讲和条约时，日本政府曾羞辱过张荫桓，如今施以援手，多少有些赎罪的意思。当时，日本政府听闻清廷派遣张荫桓为讲和使，欲逼李鸿章出面——我方以伊藤首相为代表，望贵国亦出使相当人物。
以康有为为首的变法派大多为“小臣”，自然不可能参与此高层决策。只有总署大臣张荫桓，亲身经历了覆灭变法派诏书下达的始末。
《驿舍探幽录》中有云，翌日9月23日辰时（早八点），提督崇礼派翼尉（将校）至。当时，张荫桓尚未进早点，便让翼尉在前厅少歇，待用了早点，正欲随之赴提督官署，翼尉却道：“大人是否要入内与夫人道别？”
张荫桓早有一去不还的觉悟，摇头道：“罢了，免得让她担忧。”
两人到官署时已是中午时分，署内却无人坐镇。张荫桓预感到要苦等一日，甚至让下人将衣物搬到大牢中，但其后连续两日，既无拷问，更无严刑。被移交到刑部，张荫桓才闻知除自己外，谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第、徐致靖、杨深秀等变法“小臣”也沦落为阶下囚，加上第一个被捕的康广仁，此番落难统共八人。
9月28日，刑部“备车出决”，也就是准备运送死囚的囚车。囚车共六架，八人中唯有张荫桓与徐致靖幸免于难，他们俩也莫名其妙。
菜市口行刑，刑部尚书刚毅掌刑。谭嗣同临刑前，怒吼道：“有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉！”
刘光第仍不服，朝刚毅喊道：“祖制虽强盗临刑呼冤，当复讯。吾辈纵不足惜，如国体何？如祖制何？”
刚毅无言以对：“本官只管责督刑，无权过问其他。”
所谓“国体”，乃先祖代代沿袭之法，相当于“宪法”。刘光第是刑部主事，精通清国祖法，临死提及“国体”，不为喊冤求生，只是愤慨于朝廷做法有悖“国体”。
原本，刑部判官已做好讯问准备，谁知上头突然下令，表示无讯问必要，直接押送刑场。如此无视“国体”还真是罕见，判官们也面面相觑。
此番就义的六人，被誉为“戊戌六君子”。“六君子”之中，林旭辈分最小，年仅二十三岁。他十九岁便考中福建省解元，更是两江总督沈葆桢孙婿、鸦片战争英雄林则徐一族门人。林妻闻知丈夫死讯，服毒殉情而去。
“六君子”遗族中，殉死者非林旭妻子一人。御史杨深秀之妻亦服毒自尽，刘光第遗孤整晚恸哭于亡父尸首旁，悲痛之下气绝身亡。
杨锐为湖广总督张之洞门下“坐京”（留守京师为地方长官收集情报者）。他虽是变法派成员，却不似同志那般师尊康有为，中途便投到张之洞门下。事发前，杨锐有求张之洞庇护，但张之洞与李中堂斗争多年，为明哲保身，还是忍痛弃他于不顾。
无视国体，强行处死“六君子”的是刑部尚书赵舒翘。依清制，在朝刑部尚书有两人，一满一汉，满臣为刚毅。所以，有伤“国体”的不是其他人，正是清国最高法务官僚。他们很清楚，行刑在即，迟则生“变”。
“变”为何？很显然是列强干涉。之前已有先例，西太后最为仇恨张荫桓，不就是因为英、美、日三国干涉，无法除去此眼中钉吗？行刑翌日9月29日，张荫桓被流放新疆，同样苟活的徐致靖被终身监禁。
政变来势汹汹，梁启超与王照避难于日本公使馆。梁启超为康有为座下最有力臂膀。礼部主事王照曾上书建议光绪帝游历各国，但上书刚呈递，即被礼部尚书驳回。王照不服，在厅堂上高声抗议，被弹劾了一道“咆哮公堂”之罪。
外国使馆享有“治外法权”，清国官府逾越不得。但一旦踏出公使馆门槛一步，清廷便是雷霆手段。此时京师内云谲波诡，也怪不得平山寄给宫崎滔天的信中用到“大裂变”一词。
一直藏在公使馆内终非长久之计，代理公使还得想法子将二人平安送出清国。某日，他招呼了一大群日本人来到公使馆内，平山也在其内。送客时，便让两人混在宾客中逃出。那年月，男人皆戴帽，梁、王两人也换上了一套别扭的和服。两人穿不惯木屐，使馆还特意弄来两双草鞋。
日本宾客中，除平山，还有山田良政、小村俊三郎、野口多内等孙文的日本革命同志。一干日本人佯装谈笑，一股脑儿走出公使馆。俩中国人不懂日语，就负责大笑。两人逃出京师，登上停泊在大沽口的日本军舰“大岛”号。
日本公使馆发函于本国外务省，承认两人难民身份。“大岛”号突然返航，恐招清廷怀疑。日本政府为打消清廷疑念，还特意另外派遣军舰“须磨”号至大沽口，做轮换状。
其实，荣禄早从探子处得知梁启超要从塘沽逃亡，安排了一个叫黄花农的探子，提前在此盯梢，但这黄花农愣是把人给看漏了，估计是让变法派给策反了吧。
梁启超逃亡始末，在林权助的回忆录中有详细记载。他事先与大隈重信外相取得联系，海相西乡从道帮忙派遣了军舰。
那年月通信不便，京师政变的消息，对外多少有误传。远在香港的宫崎滔天从报刊上得到的消息也没个准信，要么说康有为被捕遇难，要么说他逃亡海外。
康有为就此被清廷扣了一顶“无道反贼”的帽子。封建社会盛行“连坐”，康有为落马，不仅是亲族遭殃，康有为在广州所设私塾“万木草堂”其门下弟子也难免受牵连。
私塾的日文教师田野橘次常在广州与香港间往来，巧合之下与宫崎滔天相识。田野得信，便火速安排私塾学生赴香港避难，并叮嘱道：“如今，日本侠士宫崎滔天正滞留香港，你们大可求助于他。”
另一头，康有为所乘“Bralat”号于9月27日抵港。他上岸后便被警方保护起来，任何人不得会面。一来是怕清国派遣刺客；二来是康有为自身也处于崩溃边缘。他虽苟全了性命，但六名同志已殒命。他本人也被诬陷为“进红丸弑帝”的“大奸大恶之徒”。如此看来，自己仰仗的光绪帝怕也是凶多吉少了，西太后这是打算将“弑君”罪名强加在自己身上——康有为一度想效仿那月照、西乡，投海殉国。
英吉利同志极力开导康有为，毕竟还不见光绪帝驾崩的官方消息。但康有为心中挫折绝非数日可平，搬出警署后，他主动拜访宫崎滔天，想要去日本。
田野那句“日本侠士”果真不是虚话，与变法毫无瓜葛的宫崎滔天不仅收留万木草堂四十名学生，还主动奔走联系日本领事馆和外务省，为康有为打点赴日事宜。宫崎所著《支那革命军谈》中，有如下叙述：
吾等如此协助康有为一派，非赞同其主义，只出于一片友情而相助尔。吾等素来支持支那革命主义，且同孙逸仙共誓生死，对康有为之援助，绝非主义上之援助。
于是，宫崎滔天全程陪同康有为，确保其安全抵达日本。在日本平河町三桥旅馆，康、梁师徒重逢，相拥在一起。早在一周前，梁启超便在平山的帮助下，乘军舰“大岛”号抵日。
在宫崎滔天看来，孙文与康有为虽同为救国志士，所持主义却相悖甚远——孙文志在革命，旨在覆灭清国，建立共和国。而康有为却倡导效仿明治维新，旨在改良旧制，建立君主立宪，光绪帝凌驾于《宪法》之上，说白了，就是开明君主独裁，彻头彻尾的“保皇派”，与孙文等“革命派”是势不两立的。
再说变法派中另一位高官黄遵宪，清廷本欲委任其为驻德意志公使，却未得到德大使准允，只得赴湖南任按察使。光绪帝为保其周全，又下旨任之为驻日公使。黄遵宪著有《日本国志》，在日本颇具声望，日政府是一万个应允。但黄遵宪在赴任途中突染恶疾，只得卧病在上海。伊藤博文赶巧在上海逗留，他了解状况后，火速致电于代理公使林权助，表示本国政府已接纳黄遵宪为公使，清廷不得擅自处分，电报日期为10月10日。
翌日10月11日，大隈首相回电林公使，望清总理衙门勿对变法派施以极刑。
