乾隆在祭奠班弟和额容安的《双烈诗》末尾写到，“临奠例双忠，惜哉泪涌流”，“我岂为彼哉，长歌旌乃休”。大和卓回到乌什，和霍集斯会合，阿克苏、乌什的白山派信徒已经纠集到五千多人。这样一群乌合之众，不可能形成战斗力。黑山派教徒同样是一群拿着镰刀砍人的农民，看上去气势汹汹，也是一群跳脚的菜鸟，半斤对八两。但白山派后面，有留守在乌什和阿克苏的一千多准噶尔正规军，有班弟派来督战的三百名八旗军，这两砣石头压称，武力值就不一样了。黑山派教徒还没有到阿克苏地界，就被迎面而来的白山派势力打败，一路溃逃到叶尔羌。
黑山派首领玉素甫以为革命就是比比拳头大小，没想到真刀真枪地拼命，受了惊吓，暴病而死。喀什的玉素甫死了，叶尔羌的牙合甫接任黑山派总首领。牙合甫是一个著名经师和学者，在新疆伊斯兰教史上的地位很高。据说，白山派围困叶尔羌的时候，白山派和卓波罗尼敦给黑山派和卓牙合甫写过一封信，大讲白山派教义，劝他放下武器，弃暗投明。牙合甫写了一封回信，把白山派辩驳得体无完肤。在这场书信辩论战中，牙合甫大获全胜。波罗尼敦恼羞成怒，下令攻城，黑山派叛徒打开城门，白山派几乎没费什么力气，轻松占领叶尔羌。
黑山派和卓家族在叶尔羌被俘虏，怎么处置的，没有记录，多数人从此再没有了下落。牙合甫有一个独生儿子，叫纳扎尔，战乱后出逃到今天的印控克什米尔地区，他是黑山派确定的、活下来的后裔，他和他的家人再没有参与过后来的南疆暴乱。白山派夺取了南疆政权，北疆的太上皇准噶尔突然诈尸，阿睦而撒纳在伊犁叛乱，波罗尼敦的弟弟小和卓霍集占也参与进去。阿睦尔撒纳给波罗尼敦派来信使，要求他率领白山派教众赴北疆聚合，一起围攻清军。
卫拉特蒙古的两个反贼，罗布藏丹津和阿睦尔撒纳，都是蒙古人中走出来的吴三桂和汪精卫，他们为清王朝带路，消灭掉自己部族的当家人，企图给清朝当个儿皇帝，却不料清朝的帝王们早已经准备好了变天帐，铁了心要给蒙古人改换中央帝国的字号，两个带路党的目的都没有达到，前赴后继走上了反叛的不归路。波罗尼敦对伊犁的情况无从判断。波罗尼敦在伊犁见到阿睦尔撒纳的时候，阿睦尔撒纳还是班弟帐下的清朝平准北路军左副将军，怎么就反了？他的弟弟霍集占又怎么卷进这场反叛中？波罗尼敦一脸蒙圈，不敢贸然下注，他把跟随监军的清朝八旗军软禁起来，好吃好喝招待着，反复向八旗军统领托伦泰说明，这是左副将军阿睦尔撒纳的命令。
波罗尼敦虚与委蛇的观望态度，为后来的南疆之乱留下了空间。
不久后，策楞和玉保率领清朝平叛大军，以雷霆之势攻入伊犁，霍集占从特克斯出逃，阿睦尔撒纳叛军迅速崩盘。如此变化莫测的形势，连清朝平叛大军都搞不清霍集占到底是黑是白、站在哪个阵营了。霍占集逃到叶尔羌，大和卓波罗尼敦当着八旗军的面，杀掉阿睦尔撒纳派来的信使，将托伦泰和三百名八旗军官兵释放。白山派的表现让清政府产生误判，以为白山派已经归附清朝，南疆不会再有大的问题，坐等大小和卓前来觐见，接受册封。大小和卓叛乱初期，并非白山派公开举旗，造清朝的反，而是当事双方都出现了错误的政治判断。
大小和卓的反叛理由，和黑山派玉素甫叔侄三人如出一辙。南疆的和卓们大半辈子被准噶尔人圈禁在伊犁，大门不出二门不进，哪有什么睁开眼睛看世界的机会。他们以为清王朝屠龙之怒，主要针对北疆的准噶尔人，中原王朝对天山以南地区不会有兴趣，表态站队结束，南疆从此就是他们的地盘。
他们哪里知道，康雍乾祖孙三代，个个都是血脉偾张的政治家，满清入关以后，反反复复向汉人们表白，他们是中华民族天选的正统皇权。以正溯自居的王朝，可以割让帕米尔高原以西的巴尔喀什湖地区，但昆仑山是中华民族的文化底线，除非彻底灭国，底线牢不可破。
更何况，他们面对的是好大喜功的乾隆皇帝，他的怀里揣着一个十全武功的账本，每天早晨起来，都会手指蘸着唾沫，一页一页翻看一遍账本。大和卓波罗尼敦在伊犁的时候，曾经提出要去北京觐见皇帝。阿睦尔撒纳叛乱前，小和卓霍集占也恳切请求要去北京觐见，并且把自己最心爱的小老婆送到北京，觐献给乾隆皇帝。大和卓离开伊犁去北京的路上，被班弟拦下来，打发到南疆出差。
班弟答应他们，南疆的黑山派叛乱平定以后，立刻护送大小和卓去北京觐见皇帝。谁会想到，放出去的鸽子再也飞不回来了呢！这时候，北疆领军人物已经是清朝历史上功勋卓著的名将兆惠。兆惠对南疆事务也不了解，按照清朝规矩，白山派想要当好南疆的掌门人，应该送来一封言辞恳切的请降书，然后到北京出一趟皇差，接受乾隆皇帝的觐见和册封，把西藏喇嘛们的套路走上一遍，这才符合大清国礼制。
兆惠在伊犁苦苦等待，花儿谢了，眼睛绿了，南疆毫无音讯。
《清实录》记载，小和卓霍集占极力劝阻他的哥哥大和卓波罗尼敦归附清朝。
霍集占说，“甫免为厄鲁特（准噶尔）役使，今若投诚，又当纳贡。不若自长一方，种地守城，足为捍御”。我们给准噶尔人当了几辈子的孙子，如果归附清朝，还是当孙子的命，还要缴税纳贡。不如我们占据南疆，种好地，养好兵，和他们对着干。波罗尼敦不同意霍集占的意见，“从前受辱于厄鲁特，非大国（清）兵力，安能复归故土？恩不可负，即兵力亦断不能抗”。我们过去被准噶尔人奴役，如果不是天朝上国出兵征伐，我们怎么能回到自己的故土？天恩不能辜负，再说我们也干不过啊！霍集占执意要和清朝决裂，大和卓波罗尼敦最后一次规劝弟弟，“我兄弟自祖父三世，俱被准噶尔囚禁。荷蒙天恩释放，仍为回部头目，受恩深重。若尔有负天朝，任尔自为，我必不能听从”。
意思是，要反你自己反，我不跟着你趟这个浑水。
这是平定大小和卓叛乱后，叛乱分子交代的供词，不一定可信。但总体来说，大小和卓叛乱，由小和卓霍集占带头挑起，各方证据都能对应这一事实。叛乱初期，清军一直把大和卓波罗尼敦作为争取对象，但波罗尼敦已经被白山派信徒们裹挟，在世俗力量和宗教力量的双重逼迫下，他已经没有了回头路。
兆惠是清朝军事将领中的一个奇葩，笔帖式入仕，早年一直干文书的活。平定大小金川的时候，才转入军职，长期负责粮草筹划，天生一双打算盘的手，平准战争前期被调到巴里坤前线负责后勤工作。阿睦尔撒纳叛乱，班弟自杀殉难，兆惠挽起袖子要求上战场杀人，被授予定边右副将军，随军进驻伊犁，一代战神就此诞生，成为准噶尔灭族当仁不让的刽子手。大和卓波罗尼敦返回南疆后失去音讯，小和卓霍集占又跑了，派到南疆的清军将领托伦泰还没有回来。
清军不了解南疆情况，从南疆回来的准噶尔人也说不清楚南疆情况。兆惠找到从拜城过来给准噶尔当人质的噶岱默特，请他出于对维吾尔人的了解，分析南疆，到底什么风向？噶岱默特判断，白山派很大概率要反叛，他们以为清王朝对南疆地区兴趣不大。噶岱默特建议兆惠，把塔里木盆地边缘的乌什、阿克苏、拜城、库车、库尔勒这些地区先控制下来，立足观望，进退有余。
如果大小和卓前来归降，清军顺势接应，把南疆拥入怀抱。如果大小和卓有反叛之心，清军随时可以举兵南下，扫平叛乱。兆惠听从噶岱默特建议，派镶蓝旗蒙古副都统阿敏道率一百索伦兵，派投降过来的准噶尔宰桑锡克锡尔格率两千准噶尔兵，翻越天山，前去接管南疆东四城（乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔）。派去南疆的这两个军事主官，各有各的来头，阿敏道是蒙古名将阿吉斯的儿子，锡克锡尔格是准噶尔末代汗王达瓦齐的宰桑，相当于中原王朝过去的宰相。
阿睦尔撒纳带领清军灭掉准噶尔汗国，锡克锡尔格投降清军，反过来成了围剿阿睦尔撒纳叛匪的排头兵，满世界追杀阿睦尔撒纳。兆惠认为，南疆过去是准噶尔人的领地，准噶尔汗国已经不在了，清军收复南疆地区顺理成章，不需要动武。兆惠甚至给两个军头交代，如果大小和卓要造反，不要伤害他们，直接抓起来，押到北京去觐见皇帝，牛不喝水强按头。南下清军出发不久，班弟派到南疆的托伦泰领着三百名八旗军突然回来，向兆惠汇报了大小和卓诛杀阿睦尔撒纳信使等等情况。
这瞬息万象的变化，让兆惠彻底迷糊了，大小和卓好像没有反叛的意思啊？兆惠怀疑自己以小人之心度君子之腹的时候，天山以北地区再度叛乱，这一次的乱，铺天盖地。在南疆，小和卓霍集占坚持要和清廷决裂，白山派信徒们被打了鸡血，呜哩哇啦靠拢在霍占集一边，大和卓波罗尼敦被完全架空。
霍集占掌控了南疆权力，腾笼换鸟，把与清军关系密切的乌什白山派首领霍集斯调换到和田，把阿克苏白山派首领、霍集斯的哥哥阿不都瓦哈甫调换到叶尔羌。白山派血洗黑山派，南疆各地黑山派长老被捕杀，叶尔羌黑山派麻扎被灌入泥土封埋，南疆最大的黑山派长老、库车的鄂对和卓逃入深山躲藏起来。霍集占紧锣密鼓控制权力，做反叛准备的时候，从伊犁南下的清朝接管军队抵达库车。这是一个让人看不懂的地方，位置像个鸡肋，闹事却总是冲在前面。霍集斯的儿子呼岱巴尔氐恰好在库车留守，他命令白山派教众封闭城门，拒绝清军进入库车。清实录记载，呼岱巴尔氐“诡称因畏惧清军中的准噶尔兵，不敢归降”。而实际情况是，呼岱巴尔氐已经收到他老爹的秘密口信，小和卓霍集占利令智昏，很可能要对清军动手。
霍集斯是那个时代白山派头脑最清醒的长老，他知道反叛必定是自寻死路，他从和田派人到库车，给呼岱巴尔氐传信，告诫儿子，做人留一线，日后好相见。清军不理解呼岱巴尔氐的怪异举动，坚持要进城。跟随清军南下的拜城维吾尔首领噶岱默特也感觉到形势异常，他通过当地维吾尔人得到消息，北线的乌什、阿克苏、库车等地区已经被霍集占势力控制，小和卓霍集占很可能发动叛乱。他劝告清军主帅阿敏道，返回伊犁，请大部队过来控制局面。
阿敏道不信这个邪，在这位蒙古悍将眼里，南疆不过是一群举着砍土曼气势汹汹叫喊的农民，狼一样的准噶尔人都被他们灭了，一群农民能闹出多大事？阿敏道豪言壮语地说，“吾招抚回众，惟期于国有济，何暇他虑？”阿敏道率领一百索伦兵进入库车，噶岱默特则坚持不进城，说服锡克锡尔格，跟随准噶尔军返回伊犁，请求援兵。这时候，北疆已经大乱，狼烟再起，遍地烽火，兆惠自顾不暇，再也腾不出手来解决南疆的事了。
喀尔喀蒙古部落首领青衮扎布首先造反，清政府从平准前线抽调一万二千将士前往喀尔喀草原平叛。准噶尔部落的两个头领噶勒藏多尔济和巴雅尔，再度率部攻占伊犁，大魔王阿睦尔撒纳趁机返回博尔塔拉。兆惠经历了他一生中最惊险、也最闪光的一次地狱绝杀，率领二千二百名八旗军孤军奋战，从伊犁成功突围出来，千里奔赴巴里坤。兆惠被准噶尔叛军围追堵截在特讷格尔（阜康），两千多八旗军和一万多准噶尔人苦战一个多月，不分昼夜的搏杀，兆惠的战马活活累死，兆惠带领队伍一直坚持到巴里坤援军到达。清军主力在阿尔泰山以东的喀尔喀地区，兆惠大军撤退到巴里坤。
也就是说，这时候的北疆，已经没有了清朝的军事力量。被打成烂泥的阿睦尔撒纳不再是准噶尔部落认可的首领，叛乱以后的准噶尔陷入群龙无首的混乱时期。
小和卓霍集占在伊犁长大，耳目和眼线众多，北疆沦陷的消息传到南疆，霍集占下定决心，抓住这个窗口期，举旗反叛。以当时的局势而论，霍集占的判断也没有错，他认为清军已经被驱赶出北疆，就算准噶尔人以后还能捏合到一起，经过清军几十年打击，已经失去继续控制南疆能力。阿敏道率领索伦兵城进后，被全部缴械软禁。阿敏道被拘禁在库车的几个月里，清朝政府想尽各种办法营救，乾隆皇帝甚至派人给霍集占下达谕旨，要求他无条件放人。
霍集占叛乱的迹象越来越明显，远在和田的霍集斯敏锐意识到，霍集占如果举旗反叛，必定要杀害阿敏道，向清政府和白山派教徒公开宣示分裂决心。霍集斯再次派人给库车的儿子送信，想方设法，安排阿敏道跑路。呼岱巴尔氐接到老爹的指示，悄悄把武器发还阿敏道和索伦兵，安排他们连夜出逃。库车城大门紧闭，清军杀死三十多个白山派教徒，夺门出城。霍集占闻讯，命令库车白山派叛党骑马追杀，步行跑路的一百名索伦兵，被三百多维吾尔骑匪围攻砍杀，全部死难。镶蓝旗蒙古副都统阿敏道被抓获，押回库车。
1757年（乾隆二十三年）三月，阿敏道在库车被斩杀。当时的霍集占人在哪里，没有确切记录，但处死阿敏道的命令是由霍集占发布的。这一事件，标志着大小和卓与清朝决裂，南疆新一轮叛乱正式开始。
当年六月，清政府调集满洲、索伦、蒙古、察哈尔、吉林等地八旗军，再度出征准噶尔。中路军由定边将军衮扎布统率，北路军由定边左副将军车布登扎布、定边右副将军兆惠统率，兵分两路，杀回伊犁，阿睦尔撒纳逃往沙俄境内。北疆局势稍有稳定，南疆传来消息，大小和卓叛乱，阿敏道在库车被杀。成衮扎布和兆惠联名上书，提出平定南疆建议，兆惠请求前往南疆，镇压叛乱。乾隆下旨斥责，“闻回人霍集占等扰乱，戕害副都统阿敏道，俟大兵至伊犁，即前往回城剿灭等语。所奏非是。
此次进兵，专为剿灭厄鲁特贼众，其回部事宜，俟荡平伊犁之后，原可从容办理。至于擒拏阿逆，原议定明岁再行进兵，岂料阿逆自投罗网，由哈萨克逃回。适遇大兵击败。率众数十人奔窜，此正机会可乘，时不宜失。现在两路大兵，应已会合，即当竭力搜捕，明正典刑。其余贼众，尚可徐徐办理，何论回人？纵回人妄逞鸱张，俟平定厄鲁特后，再行办理，亦有何难？……”兵凶战危，却能从容若定，这是政治家和军人的区别。
在乾隆皇帝看来，南疆维吾尔人叛乱不算事，一举根除准噶尔叛乱，才是大事。他铁了心要把阿睦尔撒纳抓获正法。至于大小和卓叛乱，乾隆反复交代，不要急，慢慢来。如果前线军事指挥官班弟和兆惠都有这样的政治眼光，不在准噶尔覆灭后的南疆窗口期急于动作，让黑山派在南疆掌权一段时间，或者在任用大小和卓这个事上，向朝廷请示、沟通一下，南疆后来的祸乱都有可能避免。
乾隆的这份谕旨中，透露出另一个信息，“至霍集占使人涉呢雅斯，已派员送还回部。如恐其洩漏军情，则即行正法。其五十六、托伦泰等，亦即追回，毋庸遣至回部”。乾隆说，霍集占派到北京的投降代表，我打发回去了，如果你们感觉他有可能泄露军情，直接截拦下来，杀掉算了。我已经派五十六（人名）和托伦泰到南疆慰问，赶紧把他们追回来，免得又去送死。
从这段话可以看出，大小和卓叛乱以前，霍集占已经向北京派出投降代表，乾隆也派人到南疆地区慰问。大小和卓对清朝中央政府在南疆的权力合法性没有质疑，阿睦尔撒纳二次叛乱造成北疆地区政治和军事真空，使霍集占产生错觉，他错误地认为，清政府已经失去了收复新疆的能力。他更大的错误，是误判了中央政府收复新疆、统一新疆的强大决心！大小和卓叛乱后，南疆地区陷入白色恐怖，不但黑山派被全面清洗，白山派内部也出现分裂。霍集占依靠宗教极端思想蛊惑信众，他不得不把极端宗教的旗帜举起来、扛下去。他组建了一支宗教卫队，类似于今天中亚某些地区的宗教警察，所有不符合伊斯兰教法的行为，如男人不蓄胡须，女人不戴面纱等，一有发现，当众处死。宗教狂热一旦被点燃了，就再也遏制不住，这把火终于烧到大小和卓自己头上。
这帮被赋予神权的宗教徒认为，大和卓波罗尼敦和小和卓霍集占两个人，出生在伊犁，从小和准噶尔人生活在一起，他们也是“叛教者”和“异教徒”。一帮宗教狂热分子纠集起来，对波罗尼敦和霍集占组织暗杀。行动失败后，霍集占迅速反制，出动卫队进行肃反，大肆抓捕和处死叛乱分子，白山派内部风声鹤唳，人人自危。
1757年（乾隆二十三年）九月，霍集占完成对南疆宗教势力的清洗，全面掌握了南疆的控制权，在叶尔羌（莎车）建立分裂政权，自称“巴图尔汗”，史料记载为“汗和卓”或“和卓汗”。这是一个将世俗权力和宗教权力合二为一的名称，和伊斯兰教惯用的“帕夏”、“苏丹”、“哈里发”等名称不一样，很明显受了准噶尔汗国的文化影响。从这个意义上说，以白山派领袖自居的霍集占，已经背叛了他祖上信奉起家的纳格什班迪耶教派，成为一个混杂着世俗血统的“异教徒”。
1758年（乾隆二十四年）二月，沙俄交还阿睦尔撒纳尸体，历时78年的平准战争宣告结束。大清王朝终于腾出手来，开始解决南疆问题。
乾隆皇帝钦定的南征队伍，是一支由各民族融合组成的联合团队：靖逆将军雅尔哈善任南征军统帅；吐鲁番额敏和卓、镶黄旗汉军都统哈宁、巴里坤领队大臣爱隆阿，为参赞军务大臣；一等侍卫顺德讷、哈密维吾尔王子玉素普、库车黑山派掌教米尔扎·鄂对和卓、肃州总兵阎相师、镶黄旗察哈尔总管端济布，为各军统领；熟悉南疆事务的拜城维吾尔首领噶岱默特，为随军幕僚。在平叛战争中大放异彩的名将兆惠和富德，都没有进入第一梯队，他们被留在伊犁打扫卫生，干刽子手的勾当。
1759年（乾隆二十五年）八月，清军抵达喀什，大小和卓逃亡到浩罕国被处死，平定大小和卓叛乱之战结束，延绵于阿尔泰山、天山、昆仑山之间的南北疆地区，完整回归祖国怀抱。
