毛泽东当然已看出庐山会议这场风波同林彪有密切关系。但林彪是“文化大革命”以来的“副统帅”，又是九大党章刚规定的“接班人”，对林的问题必须采取慎重的态度，而且这场风波的幕后情况还有待进一步弄清，因此，他把批评集中地指向陈伯达一人，而对林彪仍不去触动，而采取保护的态度。在《我的一点意见》的手稿上，最初在讲到陈伯达搞的“天才语录”时曾有一句：“陈伯达摘引林彪同志的话多至七条（应为九条。——引者注），如获至宝。”但文件印发全会前，他又删去了这句话，并把修改件给林彪看。
九月一日，毛泽东在有各组召集人参加的中央政治局扩大会议会议上指出：凡是在这次庐山会议上发言犯了错误的人，可以作自我批评、检查。会上，他点了陈伯达的名，要他作检查，还要林彪召集吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作等人开会，听取他们的检查。
毛泽东提出由林彪出面，对有关当事人进行批评，实际上也是给林彪等找个下台阶的机会。全会闭幕当天（九月六日）上午十一时，周恩来约集各组正、副组长，传达了毛泽东指示的主要精神：“加强团结，共同对敌，拥军爱民，读几本书，各作自我批评，严守党纪军纪。”在这里提出“拥军爱民”，自然有要正确处理军队干部和地方干部关系的意思在内。但直到庐山会议结束，林彪以及吴法宪等并没有打算真正认识和揭露问题，更没有作出像样的检讨。他们只是在应付毛泽东。据吴法宪后来说：“我们在叶群家开了会。叶群定了原则，要检讨，主要是我（指吴法宪。——引者注），但是第一不涉及林彪，第二不涉及黄永胜，一定要把林、黄保下来。”情况显然不可能在短时间内完全弄清。在这种情况下，毛泽东决定先结束全会。
九月六日下午，九届二中全会举行闭幕式。毛泽东要林彪主持闭幕会议。这时，主席台上已没有陈伯达。全会基本通过《中华人民共和国宪法修改草案》、批准国务院关于全国计划会议和一九七0年国民经济计划的报告、中央军委关于加强战备工作的报告，并宣布对陈伯达进行审查。
闭幕会上，周恩来、康生发言后，毛泽东分别就党的路线教育、高级干部学习和党内外团结问题发表讲话。他说：
“现在不读马、列的书了，不读好了，人家就搬出什么‘第三版’（指陈伯达编辑的《恩格斯、列宁、毛主席关于称天才的几段语录》中所收恩格斯为马克思《路易·波拿巴特政变记》德文第三版作的序言。——引者注）呀，就照着吹呀。那末，你读过没有？没有读过，就上这些黑秀才的当。有些是红秀才哟。我劝同志们，有阅读能力的，读十几本。基本开始嘛，不妨碍工作。……你不读点，你就不晓得。这次就是因为上当，得到教训嘛，人家是哪一个版本，第几版都说了，一问呢？自己没有看过。”
“不讲团结不好，不讲团结得不到全党的同意，群众也不高兴。”“所谓讲团结是什么呢？当然是马克思列宁主义基础之上的团结，不是无原则的团结。提出团结的口号，总是好一点嘛，人多一点嘛！”
谈到庐山会议上出现的这场风波时，他情绪有些激动地说：
“庐山是炸不平的，地球还是照样转。极而言之，无非是有那个味道。我说你把庐山炸平了，我也不听你的。你就代表人民？我是十几年以前就不代表人民了。因为他们认为，代表人民的标志就要当国家主席。我在十几年以前就不当了嘛，岂不是十几年以来都不代表人民了吗？我说谁想代表人民，你去当嘛，我是不干。你把庐山炸平了，我也不干，你有啥办法呀？”
主持会议的林彪最后简单地说了几句话：“这个会议整个进程中间都是主席亲自指导的。会议过程中间出现的问题，主席很敏锐地发现了，顺利地解决了。这个会，可能成一个是团结的会，还是个分裂的会？经过主席的这种指导，依然变成了一个团结的会，胜利的会。”
九月九日下午，心绪难以平静的毛泽东离开庐山。
九届二中全会离九大不过一年多时间。然而，竟酿成全会上这样大的一场“风波”，使与会的大多数人卷入其中。这是毛泽东始料所不及的。全会不可能延期太久，有着丰富政治经验的毛泽东，对会上暴露出来的严重问题决不会轻易放过。他需要继续弄清情况，需要继续观察事态的发展，在弄清情况后再进一步作出判断和采取措施。
离开江西庐山后，毛泽东的专列先到长沙，停在支线休息。十五日到了武汉。十六日，他批阅了汪东兴就庐山会议上跟着主张要毛泽东当国家主席所犯错误而写的第二次书面检讨，并约汪东兴谈话。毛泽东说：“他们（指吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作。——引者注）在各组一起动作，煽动，他们几个，还有黄永胜报名要发言，都用了语录，但他们的简报（指华北组以外的简报。——引者注）未发。一说不行了，记录就收回，这当中好像是有点名堂”。又说：“我劝林应好好地想一想，表一个态嘛！今天未想通，待想通后表态也可以。”他还嘱咐汪东兴回京后把他对汪东兴检讨的批示面交林彪、周恩来、康生等阅读，并转告他的这些意见，以“争取犯错误的人早点觉悟”。
九月十九日，毛泽东回到北京。当天他找陈先瑞、吴德谈话。一开始就问：庐山开会你们传达了没有？接着说：“庐山开会，有人反对现在修改的宪法，这是康生、春桥他们搞的，是按我的意思写的。天才问题，关于天才地、全面地、创造性地继承、捍卫、发展了马克思列宁主义，在九大新党章起草时和这次修改宪法，康生等同志几次写上，三个副词我都勾掉了。不设国家主席，也是我提的。陈伯达明明白白知道这件事，而他却说这是反对我的。”“要读几本马列主义的书，三十本多了，可选读一些，使大家知道马列主义是怎样发展起来的。不要以为马、恩、列宁是外国的，就不读了。”
几天后，周恩来根据毛泽东的意见，在汪东兴已经作出书面检讨的情况下，要求黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作在想通后“写一书面检讨，揭露事实真相，与陈（伯达）完全决裂”。过了一个星期，吴法宪向毛泽东交上第一篇书面检讨。吴在检讨中先说：“在党的九届二中全会上，我犯了严重的错误，干扰了主席，干扰了主席亲自主持的二中全会，干扰了林副主席，破坏了主席教导的要把全会开成团结的会、胜利的会的方针，我内心万分沉痛。”但对这样做的原因，仅仅说是“由于我对陈伯达这个坏人没有识破，盲目地认为他读的书多，是‘理论家’，所以对他搞的语录就相信，根本没有通过自己的脑子想一想是否对，在发言时就念了这些语录，上了当，受了骗”，是自己“政治上极端幼稚”的表现。这不只是避重就轻，而且是在蓄意掩盖他们幕后策划的事实真相。
吴法宪的检讨在毛泽东那里搁了半个月。十月十四日，毛泽东终于写下口气严厉的批语：“作为一个共产党人，为什么这样缺乏正大光明的气概。由几个人发难，企图欺骗二百多个中央委员，有党以来，没有见过。”“办事组（指军委办事组。——引者注）各同志（除个别同志如李德生外）忘记了九大通过的党章、林彪同志的报告（指林彪在九大所作政治报告。——引者注），又找什么天才问题，不过是一个借口。”对吴法宪检讨中所说犯错误原因旁批道：“这些话似乎不真实。”批语还驳斥了所谓“有人利用毛主席的伟大谦虚，贬低毛泽东思想”的说法，指出：“什么伟大谦虚，在原则性问题上，从来没有客气过。要敢于反潮流。反潮流是马列主义的一个原则。在庐山，我的态度就是一次反潮流。”对吴法宪检讨中讲到他将陈伯达所编“天才语录”，“打印了几份，给了办事组几个同志”，毛泽东特别注意，在下面画了横线，对其中的“给了办事组几个同志”下面更画了双道横线。他还写道：“我愿意看见其他宣讲员的意见”。①
第二天，毛泽东又阅批了叶群十三日送来的书面检讨。叶群在检讨中同样称自己是上了陈伯达的当，对陈伯达的斗争“不够有力”，“也讲了天才问题，本来不准备发言，后来听其他同志发了言，又听说会议快要转到讨论国民经济计划问题，自己也憋不住了，也讲了这个问题。由于情况没有核实清楚，误以为主席思想的贯彻受到阻碍，发言时很激动。”“动机是出于对主席和主席思想的热爱，但效果是很不好的”。②显然，这些都是欲盖弥彰的解释。
毛泽东在批语中尖锐地提出：“思想上政治上的路线正确与否是决定一切的。”他批评叶群等：“爱吹不爱批，爱听小道消息，经不起风浪。”“一个倾向掩盖着另一个倾向。九大胜利，当上了中央委员，不得了了，要上天了，把九大路线抛到九霄云外，反九大的陈伯达路线在一些同志中占了上风。”“不提九大，不提党章，也不听我的话。陈伯达一吹，就上劲了。军委办事组好些同志都是如此。”关于“天才”问题，毛批道：“多年来不赞成读马、列的同志们，为何这时又向马、列求救，题目又是所谓论天才，不是在九大论过了吗？为何健忘若此？”在叶群说到对陈伯达的斗争“不够有力”旁，毛泽东批道：“斗争过吗？在思想上政治上听他的话，怎么会去同他斗争？”叶群检讨中讲到“在北戴河时连续接了几个这方面的电话”，毛泽东看出此中大有文章，反映出事前是经过密商的，在下面画了两道横线。尽管对吴法宪、叶群的书面检讨十分不满意，毛泽东这时仍强调：“党的政策是惩前毖后，治病救人，除了陈伯达待审查外，凡上当者都适用。”③
毛泽东把吴、叶两人的检讨以及他所写的批语都批给了林彪阅。但他所期待的林彪本人的“表态”，却始终不见动静。于是，毛泽东又采取了一系列敦促性举动。用他的话来说，叫作“挖墙角”、“甩石头”、“掺沙子”。
十一月中旬，经毛泽东批准，中共中央发出关于传达陈伯达反党问题的指示。指示中说：“在党的九届二中全会上，陈伯达采取了突然袭击，煽风点火，制造谣言，欺骗同志的恶劣手段，进行分裂党的阴谋活动。④”同时，向党内地、师级以上领导小组或核心小组印发《我的一点意见》一文，使党的高、中级干部对庐山会议的情况有所了解。“批陈整风”运动由此展开。
十二月十六日，毛泽东对第三十八军党委检举揭发陈伯达反党罪行的报告作出批示，建议北京军区党委召开会议，各师要有人到会，“讨论为何听任陈伯达乱跑乱说，他在北京军区没有职务，中央也没有委任他解决北京军区所属的军政问题，是何原因陈伯达成了北京军区及华北地区的太上皇？”⑤不久，他又点名要黄永胜、李作鹏参加北京军区的批陈会议（通称“华北会议”），观察他们在会议上的态度。
十二月十八日，毛泽东在他的书房里饶有兴致地接待了他的美国老朋友埃德加·斯诺，同他进行了话题广泛的交谈。其中多次谈到关于“个人崇拜”和“文化大革命”的问题。以下是两个人的一段对话：
“毛：现在就不同了，崇拜得过分了，搞许多形式主义。比如什么‘四个伟大’，‘GreatTeacher，GreatLeader，GreatSupremeCommander，GreatHelmsman’（伟大导师，伟大领袖，伟大统帅，伟大舵手），讨嫌！总有一天要统统去掉，只剩下一个‘Teacher’，就是教员。因为我历来是当教员的，现在还是当教员。其他的一概辞去。
斯：过去是不是有必要这样搞啊？
毛：过去这几年有必要搞点个人崇拜。现在没有必要，要降温了。
……
斯：对于人们所说的对毛泽东的个人崇拜，我的理解是：必须由一位个人把国家的力量人格化。在这个时期，在文化革命中间，必须由毛泽东和他的教导来作为这一切的标志，直至斗争的终止。
毛：这是为了反对刘少奇。过去是为了反对蒋介石，后来是为了反对刘少奇。他们树立蒋介石。我们这边也总要树立一个人啊。树立陈独秀，不行；树立瞿秋白，不行；树立李立三，不行；树立王明，也不行。那怎么办啊？总要树立一个人来打倒王明嘛。王明不打倒，中国革命不能胜利啊。多灾多难啊，我们这个党。
斯：你觉得党现在怎么样？
毛：不怎么样。
斯：是不是好一点了？
毛：好一点，你说好一点我赞成。你说中国怎么怎么好，我不赞成。两个东西在斗，一个进步的，一个落后的。
这个文化大革命中有两个东西我很不赞成。一个是讲假话，口里说“要文斗不要武斗”，实际上下面又踢人家一脚，然后把脚收回来。人家说，你为什么踢我啊？他又说，我没有踢啊，你看，我的脚不是在这里吗？讲假话。后头就发展到打仗了，开始用长矛，后头用步枪、迫击炮。所以那个时候外国人讲中国大乱，不是假的，是真的，武斗。
第二条我很不高兴的，就是捉了俘虏虐待。红军、人民解放军不是这样的，他们优待俘虏。不打，不骂，不搜腰包，发路费回家，不枪毙，军官都不枪毙，将军那样大的军官都没有枪毙嘛，解除武装了嘛。不论是士兵还是军官，是大军官还是小军官，解除了武装嘛，你为什么还要虐待啊？我们历来就立了这个规矩的。”⑥
经毛泽东本人审定和批准，中共中央把这次谈话的纪要作为正式文件印发到“党的基层支部，口头传达至全体党员”。
十二月十九日，毛泽东为开好华北会议提出指导性的意见，强调：“要有认真的批评，从批评达到团结的目的。”“这次会议在全军应起重大作用，使我军作风某些不正之处转为正规化。同时对两个包袱（指战争年代所立‘战功’和“文化大革命”中所立‘新功’。——引者注）和骄傲自满的歪风邪气有所改正。”⑦
一九七一年年初，毛泽东就转发济南军区政治部学习贯彻毛泽东关于“军队要谨慎”指示的情况报告批告林彪、周恩来、康生，认为这个报告“从理论和实践的结合上讲清了问题”，“我军和地方多年没有从这一方面的错误思想整风，现在是进行一场自我教育的极好时机了。”⑧
二月十九日，鉴于历时一个月的华北会议并未达到毛泽东所预期的效果和参加会议的黄永胜等既不批陈、也不作检讨的态度，毛泽东在周恩来的一份报告上批示，点了军委办事组：“请告各地同志，开展批陈整风运动时重点在批陈，其次才是整风。不要学军委座谈会（即中央军委召开的批陈整风座谈会。——引者注），开了一个月，还根本不批陈。”⑨
军委办事组向毛泽东写了检讨报告，对他的批评表示“坚决拥护，诚恳接受”。报告称：“由于我们对‘批陈’的重要性认识不足，因此，在‘批陈整风’时，对‘批陈’没有作为重点来进行。这是个严重错误。”毛泽东批道：“你们几个同志，在批陈问题上为什么老是被动，不推一下，就动不起来。这个问题，应该好好想一想，采取步骤，变被动为主动。”“为什么老是认识不足？”“原因何在？应当研究。”⑩
在极度不满中，毛泽东对黄永胜等进行了直截了当的批评。和前几次不同，他这次没有再把阅件批转给林彪看，而只是写道：“周（恩来）、康（生）阅后，退军委。”他心里很清楚，军委办事组的几个人所以在“批陈”问题上的态度，同他们背后的林彪有直接的关系，反映了林彪的抵触情绪。
①毛泽东在吴法宪书面检讨上写的批语，手稿，1970年10月14日。
②叶群向毛泽东写的书面检讨，原件，1970年10月13日。
③毛泽东在叶群书面检讨上写的批语，手稿，1970年10月15日。
④《中共中央关于传达陈伯达反党问题的指示》，1970年11月16日。
⑤毛泽东对三十八军党委检举揭发陈伯达反党罪行给中央军委办事组并报中共中央报告的批示，手稿，1970年12月16日。
⑥毛主席会见美国友好人士斯诺谈话纪要，1970年12月18日。
⑦毛泽东对周恩来关于召开华北会议的报告的批语，手稿，1970年12月19日。
⑧毛泽东就转发济南军区政治部关于学习贯彻毛主席“军队要谨慎”指示的情况报告写给林彪、周恩来、康生的信，手稿，1971年1月8日。
⑨毛泽东对周恩来关于全国计划会议等问题的报告的批示，手稿，1971年2月19日。
⑩毛泽东在中央军委办事组报告上写的批语，手稿，1971年2月。
在毛泽东一再指责下，黄永胜等不得不在二月二十二日召开的军委各总部、各军兵种及有关军事部门负责人的会议上，对庐山会议和“批陈”问题上所犯错误进行“自我批评”。随后，黄永胜、李作鹏、邱会作三人也分别交出了书面检讨，毛泽东在批语中写道：“以后是实践这些申明的问题。”①
然而，一直留在外地的林彪对“批陈”问题仍不作一字表示。
