公元220年以后，魏蜀吴三国君主陆续称帝，三国时代正式开始，三家疆域基本保持了稳定，未再有大的变动。

公元229年，诸葛亮第三次出兵北伐，收复武都、阴平二郡（可能是第一次北伐后丢失）

公元246年，魏国派毌丘俭征讨东北高句丽和濊貊，将东北边境推进到了日本海沿海，恢复到了西汉时期。

公元263年。魏军大举伐蜀，于十一月灭掉了割据益州的蜀汉政权，而在这一年五月，吴国交趾吕兴宣布叛吴投魏，魏国势力一度深入吴国最南部，魏国疆域也于此年达到最大。不过魏国这一最大疆域只维持了一年，因为265年司马炎就篡位自立，建立了晋朝，魏国也由此灭亡。

交趾地区在271年重新被吴国收复，不过此时距离其被晋朝消灭，天下重归一统只有9年的时间了。

两晋风云

公元280年，西晋六路大军水陆并进，吴主孙皓归降，自汉末以来纷争割据了90余年的战乱至此告一段落。重新一统天下的西晋王朝继承了三国的疆域，但没有恢复到东汉极盛时期。

随着开国君主司马炎的病逝，西晋很快爆发了宗室之间的夺权内战，是为八王之乱。内乱很快迎来了外乱，自汉末三国以来内迁的少数民族势力也趁机而起，北方陷入大乱。由于内战耗尽了兵力，西晋很快被匈奴人刘渊建立的前赵所灭，就在前赵建立的同一年（304年），氐族人李雄在巴蜀建立成国（成汉），西晋的统一只维持了23年。混乱的五胡十六国时期开始了。

公元317年，晋朝宗室琅邪王司马睿在江南建康称帝，建立东晋。 东晋建立之时，北方疆土已经丧失大半，虽然凉州张氏仍奉晋室为正朔，但远隔千里，只是名义而已；巴蜀地区早在西晋时期就被氐族人李雄占据；黄河与淮河之间的河南地区与羯人石勒建立的后赵犬牙交错，不能尽有。

自此以后，偏安江左的东晋又延续了百年之久，疆域基本上维持在淮河-秦岭以南的地区。这个偏安政权一方面内乱频发，（曾爆发过王敦、苏峻、桓玄、孙恩、卢循等人的叛乱，几番首都不保，险些改朝换代）；一方面却又频繁北伐西征（祖逖、庾亮、殷浩、桓温、刘裕）。巴蜀同黄河与淮河之间的河南地区也屡次失而复得，三次失去又被三次收复。

西晋末年，晋将祖逖趁前赵与后赵相互攻杀，举兵北伐，一度收复了黄河以南的许多领土，但由于未得到新即位的司马睿的支持而失败。而后赵石勒则趁东晋王敦和苏峻的两次内乱，南下攻晋。后赵在灭亡了前赵以后，已统一北方大部，国势强盛，其兵锋甚至直逼江汉。一度攻陷襄阳等地，中原淮北之地很快就被后赵夺去，东晋北疆退缩回到淮河以南。

346年，桓温西征成汉，灭掉了这个占据巴蜀45年的割据政权，将此地区纳入东晋版图。但西南部的永昌郡于342年弃守。

349年，石勒死后，后赵爆发了宗室争权的内乱，其养孙冉闵也趁机篡赵建，建立冉魏，大杀胡人，北方又陷入割据混战。东晋趁机北伐，桓温一度将北部疆域推进到黄河沿岸，甚至收复了旧都洛阳。

前赵的领土分别被新兴的前秦与前燕所占据，随着鲜卑人建立的前燕的崛起，河南与淮河之地又再度丧失，只保有徐州北部。

随着370年氐人建立的前秦灭掉前燕，一个更强大的敌人出现了，在西线，前秦攻陷了巴蜀地区，直抵长江上游；中线夺取了汉江上游地区，东线濒临淮河。东晋北疆退缩至淮河-武当山-大巴山-长江沿线，疆域收缩到了极点。

383年，统一了北方的前秦企图给予东晋致命一击，完成统一大业，但却在淝水之战中大败而归，北方重新陷入割据混战的局面，东晋趁机再次北伐西征，收复了巴蜀地区，并将北疆再次推进到了黄河沿岸，再度进入洛阳。

但在386年之后，随着北方羌人建立的后秦与鲜卑人建立的后燕的崛起，河南之地又再次沦陷，河南西部被后秦夺取，东部的山东半岛地区则被从后燕分离出来的南燕占据。东晋则因孙恩、卢循之变与桓玄之乱而无暇北顾，谯纵又于405年趁乱反晋，割据巴蜀自立，巴蜀地区也第三次丧失。

409年，趁南燕主慕容德病死，东晋派刘裕出兵北伐，于次年灭掉南燕；413年刘裕又西征谯纵，灭掉谯蜀，第三次收复巴蜀失地。417年，刘裕又趁后秦主姚兴病死，内部生乱之际北伐后秦，攻入关中，灭掉后秦，占领长安。连灭三国的刘裕将东晋版图拓展到了最大——西有关中、北抵黄河，不但再次收复旧都洛阳，中部甚至跨过黄河占据了河东要地——这也是整个六朝时期疆域最大之时。

但这一极盛时期只是昙花一现，东晋占领了关中却无法守住，留在朝廷内主持大局的刘裕亲信刘穆之突然病死，刘裕担心远征在外不归，有大权旁落的危险，于是仓促裕急于南返，只留下一万兵力驻守长安。结果守军将领内讧，第二年关中就被赫连勃勃的胡夏夺去。420年，位极人臣的刘裕在建康称帝，取代东晋，建立了刘宋，南朝开始了。

南朝嬗代

刘裕于公元420年建立刘宋，取代东晋，共分宋、齐、梁、陈四朝的南朝也由此开始。四朝之中刘宋疆域最大，陈朝疆域最小，南齐国祚最短，萧梁国祚最长（557年陈朝取代梁朝后，梁朝宗室在荆州治所江陵重建梁朝，依附于西魏与北周，史称“西梁”，一直到587年才隋文帝被取消）

为对抗北朝的进攻，南朝有三道天然防线，最北边是黄河，中部防线为淮河，最后一道防线则是长江。

刘宋建立之初继承东晋末年的疆域，北部疆域西至潼关、北临黄河，是南朝中疆域最大、国力最强的朝代。但刘裕建宋后两年就病死，北方的北魏趁机南下攻取了刘宋自洛阳到滑台的黄河以南地区（河南的北部三镇——洛阳、虎牢、滑台等地）。此后刘宋数次北伐，一度兵临黄河；北魏也几度南征，甚至饮马长江。但此后三十年刘宋的北部防线大致维持在秦岭—颍川以南至今山东半岛一线。

刘宋末年朝政混乱，内斗严重，无暇顾及边防。已统一北方的北魏趁机南进，刘宋的山东和淮北地区全部丧失，淮河以北只剩濒临大海的一隅之地，国土北界基本退至第二道防线——淮河一线。南部交州的日南郡也因被林邑国侵占，北退至北纬18度横山一带。

萧道成于479年取代刘宋建立南齐，北疆大致维持在秦岭淮河一线，但不久北魏迁都洛阳（494年），开始大举南侵。而南齐内部又爆发叛乱与内战，无力抵御，沔北（汉水以北）南阳等地以此丧失，与魏军在襄阳隔汉水对峙；在东线的魏军则越过淮河拿下寿阳、合肥，突破了第二道淮河防线。随着雍州刺史萧衍起兵东下攻进建康，南齐也成为了南朝中国祚最短的朝代，仅有23年。

虽然南梁建立，但北魏的进攻并未停止，趁齐梁易代之际，西线魏军攻下梁州（汉中），甚至深入巴西、梓潼。梁军与魏军展开争夺，一度将战线推进到淮河北岸，双方势力在淮河南北犬牙交错。

公元523年，北魏爆发六镇起义，不久又发生河阴之变——此前每当南朝爆发内乱之际，北朝就趁机南征、攻城掠地。现在轮到北朝内乱，南朝自然也不会放弃这个好机会，梁武帝萧衍趁机北伐，淮南、淮北和梁州等地被完全收复，陈庆之甚至一度攻入洛阳，但很快就因后援不济而被魏军击败。但不久北魏分裂为东西两魏，547年东魏大将侯景以河南十三州地降梁，南梁疆域达到极盛。

但俗话说盛极而衰，河南之地第二年就被东魏夺回，已在位46之久的梁武帝萧衍日渐昏庸，又引狼入室，不但未得到河南地反而引发了侯景之乱。侯景叛军攻下建康，86岁的梁武帝饿死台城，南梁宗室也借讨伐侯景趁机而起，虽然侯景最后被杀，但南朝也陷入争夺帝位的内乱。北朝中的东魏趁机南下，夺取了淮河以南、长江以北的大片领土；西魏也趁火打劫，拿下了汉水流域和西南益州、宁州等地，梁朝巴蜀之地丧失殆尽，只保有长江以南、三峡以东的领土了。

而在南方，梁朝于528年在海南岛设置崖州——自西汉元帝撤销珠崖郡之后，此后历朝都有设置管辖海南岛的机构，但历代州郡的治所都设在大陆上，对海南岛只是“遥领”而已，一直到梁朝才重新在海南本土设置州县，开始有效管辖海南岛全境——此时自西汉元帝弃守已将近600年了。在西南，永昌、宁州被当地土著豪族所据，逐渐脱离了南朝的控制。

经过13年的征战，梁朝大将陈霸先扫灭各地割据势力最终统一了江南之地，但北部防线已退缩至长江，疆域是南朝中最小的一个。此时北方西魏与东魏已分别被北周与北齐所取代，由于北齐国力最强，于是北周遣使来陈与其结盟，约定共同讨伐北齐，平分天下。

公元573-578年，陈宣帝陈顼出兵北伐，不但一举收复了长江以北与淮河以南淮南失地，甚至占据了淮河以北的淮泗地区。但这一全盛时期只维持了4年，不久形势又发生逆转，北周灭掉北齐后又与陈朝开战，淮南之地又被北周夺去。而随着北方的再次统一，陈朝的灭亡也开始进入倒计时。

北朝兴衰

随着前秦大军在淝水之战中的败北，一度统一北方的前秦土崩瓦解，以前被苻坚征服的各族纷纷独立，重新建立自己的王国。其中鲜卑部的一支拓跋氏也在拓跋珪的率领下在386年正式恢复了此前被前秦灭掉的代国， 不久迁都于盛乐，改国号为魏，这就是北魏。拓跋珪即太祖道武帝。

复国后的北魏后来居上，在北方的群雄争霸中先后扫灭后燕、赫连夏、北燕、仇池与北凉等割据政权，于439年继前秦苻坚后再度统一了北方。南北朝中的北朝正式开始。

如果说南朝是疆土不断收缩的话，北朝就是统——分裂——统一。

在西北，北魏灭掉北凉后势力深入到西域东部，于445年占领鄯善，设西戎校尉府，448年占领焉耆。不过高昌已经独立，随着北魏的衰弱，后期势力仅至伊吾，到西魏、北周时已退至瓜州（敦煌）；

而在东北，由于高句丽的兴起与强大，辽东故地在十六国后期被他从后燕手中夺取占据，不复北朝所有。

而在与南朝的争霸中，北魏也逐渐扩展了领土。

422年，魏太武帝拓跋焘乘宋武帝刘裕病逝之机，夺取了黄河以南虎牢(今荥阳西北)、洛阳、滑台(今滑县东)等军事重镇，突破了南朝的黄河防线。

后来北魏又趁南朝内乱与易代之际大举南进，将南界从黄河推进到了淮河，东线一度深入淮南，西线则越过秦岭，进入了蜀地，威胁成都。